Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
RA |
CP009273 |
888,964 |
C→T |
100% |
intergenic (+75/‑276) |
ybjN → / → potF |
negative regulator of motility; multicopy suppressor of coaA(Ts)/putrescine transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | CP009273 | 888,964 | 0 | C | T | 98.7%
| 1002.5
/ 5.8
| 307 | intergenic (+75/‑276) | ybjN/potF | negative regulator of motility; multicopy suppressor of coaA(Ts)/putrescine transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (141/162); minor base . (3/1); total (144/163) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-01 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GCCCATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGC > CP009273/888818‑889109
|
cccATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTaa < 2:1538979/150‑1 (MQ=255)
tCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGat < 1:3060787/150‑1 (MQ=255)
cAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGatt < 2:2227417/150‑1 (MQ=255)
aaCTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGatta > 1:1284820/1‑150 (MQ=255)
aCTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGattat < 1:4644980/150‑1 (MQ=255)
ctgctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAGAGattatt < 1:595185/150‑1 (MQ=255)
ctgctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGattatt < 2:2964557/150‑1 (MQ=255)
tgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCAc > 2:2280419/1‑150 (MQ=255)
gTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACt < 2:3952034/150‑1 (MQ=255)
tACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTtc > 1:1302063/1‑150 (MQ=255)
aCCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTtct < 2:2333226/150‑1 (MQ=255)
cGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTctct > 1:4877819/1‑150 (MQ=255)
cGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTctct < 1:3896424/150‑1 (MQ=255)
cTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTtgt < 1:2090307/150‑1 (MQ=255)
atgatgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTc > 1:928836/1‑150 (MQ=255)
tgatgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCg > 2:3545875/1‑150 (MQ=255)
tgatgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCg < 1:3182963/150‑1 (MQ=255)
tgatgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCg < 1:1062901/150‑1 (MQ=255)
tgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAAGTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGAtt > 1:1145586/1‑150 (MQ=255)
gaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGAttt < 2:815582/150‑1 (MQ=255)
gaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGAttt < 2:1321642/150‑1 (MQ=255)
aGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTgg < 2:14336/150‑1 (MQ=255)
gggCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGc < 2:4563078/150‑1 (MQ=255)
ggCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCt < 2:3205808/150‑1 (MQ=255)
gCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCtt < 1:2323997/150‑1 (MQ=255)
aaaaCAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTa > 1:138673/1‑150 (MQ=255)
aaaCAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTAt > 2:1744598/1‑150 (MQ=255)
aacaacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATc < 2:3572362/150‑1 (MQ=255)
acaacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATca < 2:75696/150‑1 (MQ=255)
caacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGTTAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcac > 2:2380309/1‑150 (MQ=255)
caacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcac < 1:2901928/150‑1 (MQ=255)
aCCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGc < 1:1495968/150‑1 (MQ=255)
aCCGAAAACTATTTCCTCCACTGAGAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGc < 2:4672526/150‑1 (MQ=255)
ccGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCTGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCa < 2:1071311/150‑1 (MQ=255)
aCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATg < 1:4016728/150‑1 (MQ=255)
aCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATAACATAGAGCAAATATg > 1:527912/1‑150 (MQ=255)
cTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAATATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATATAGCAAATATGc > 1:4392723/1‑150 (MQ=255)
tATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCa < 2:2650662/150‑1 (MQ=255)
tATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCa > 1:3435967/1‑150 (MQ=255)
aTTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTT‑TTAAAGATTATTTAACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATTCATa > 1:2169755/1‑150 (MQ=255)
tttCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATa > 2:1638360/1‑150 (MQ=255)
tttCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATa > 1:3550579/1‑150 (MQ=255)
cctccACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTACAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATaaaa < 2:5084974/150‑1 (MQ=255)
tccACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGTTTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGGTTTATAACATAGAGCAAATATGCATAAAAAt > 1:4070950/1‑150 (MQ=255)
ccACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATGTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAAtt > 1:246035/1‑150 (MQ=255)
ccACTGATAACTCCGTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCGTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAAtt < 2:1284452/150‑1 (MQ=255)
aCTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTg > 2:1686347/1‑150 (MQ=255)
cTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGt > 1:3710465/1‑150 (MQ=255)
cTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGt > 2:1910599/1‑150 (MQ=255)
gATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTTCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTTTCGATTTGTCTTTATCACATAGAGCAAAAATGCATAAAAATTTGTTa > 1:1026205/1‑150 (MQ=255)
gATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTa > 2:532476/1‑150 (MQ=255)
tAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAAACTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTaaa < 1:5321394/150‑1 (MQ=255)
aaCTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTTGTAAAt > 1:5066989/1‑150 (MQ=255)
aaCTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTACAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAAt < 1:4704307/150‑1 (MQ=255)
aCTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATa < 2:2586326/150‑1 (MQ=255)
cTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCCCATATAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATAc > 2:4578975/1‑150 (MQ=255)
cTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATAc < 2:1013485/150‑1 (MQ=255)
cTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCGGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTTTCACATAGAGCAAATATGCAAAAAAAATTGTTAAATAc > 1:1846539/1‑150 (MQ=255)
tCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATAcc < 2:4326838/150‑1 (MQ=255)
ccTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATAcca < 1:2166651/150‑2 (MQ=255)
ttCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGttt < 2:4498084/150‑1 (MQ=255)
cGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTATTGTGTCGATTTTGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATAACGttttt > 1:2582513/1‑150 (MQ=255)
gAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGtttttt > 2:4985744/1‑150 (MQ=255)
aGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTa > 1:5197945/1‑150 (MQ=255)
cACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAAt < 2:3394400/150‑1 (MQ=255)
cGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATcc < 1:2494877/150‑1 (MQ=255)
gCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGAGTTGGCTTTTTCACAAAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTATAGAACGTTTTTTAATCCg > 1:4259935/1‑150 (MQ=255)
cGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCta > 2:3865310/1‑150 (MQ=255)
cTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCtata < 2:65161/150‑1 (MQ=255)
tGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAg < 2:562652/150‑1 (MQ=255)
tGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAg < 2:5175294/150‑1 (MQ=255)
tGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAg < 1:1222616/150‑1 (MQ=255)
tGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGtct < 2:3675706/150‑1 (MQ=255)
tGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAAc < 1:1916512/150‑1 (MQ=255)
gCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATACGAGCTATAGTCTCAAAccc > 2:4153320/1‑150 (MQ=255)
cTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATTGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCt < 2:3303000/150‑1 (MQ=255)
gcgcgcTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTgg < 1:1552772/150‑1 (MQ=255)
cgcgcTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGc > 1:3391936/1‑150 (MQ=255)
cgcgcTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGc < 2:2693179/150‑1 (MQ=255)
cgcgcTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGc > 2:4481699/1‑150 (MQ=255)
gcgcTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACGTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCt < 1:4311106/150‑1 (MQ=255)
cgcTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTa > 2:520387/1‑150 (MQ=255)
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aaaTTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTAt > 1:4428777/1‑150 (MQ=255)
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ACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATAACATAGAGCAAATATG > SRR19973062.530407/1‑150 (MQ=60)
CTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAATATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTTGCTTTATAAAATAGAGCAAATATGC > SRR19973062.4058039/1‑150 (MQ=60)
CTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAATATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATATAGCAAATATGC > SRR19973062.4415226/1‑150 (MQ=60)
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TATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCA > SRR19973062.1232356/1‑150 (MQ=60)
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CCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATGTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATT > SRR19973062.247283/1‑150 (MQ=60)
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TAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAAACTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAA < SRR19973062.5349315/150‑1 (MQ=60)
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CCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCG < SRR19973062.2566232/150‑1 (MQ=60)
CCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCA < SRR19973062.2177596/150‑1 (MQ=60)
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CGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTATTGTGTCGATTTTGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATAACGTTTTT > SRR19973062.2596217/1‑150 (MQ=60)
CGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTT‑TTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTT < SRR19973062.912870/150‑1 (MQ=60)
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AGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTA < SRR19973062.945971/150‑1 (MQ=60)
ACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATC < SRR19973062.657606/150‑1 (MQ=60)
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CGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTA < SRR19973062.3017317/150‑1 (MQ=60)
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TGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAG < SRR19973062.1228299/150‑1 (MQ=60)
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GTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCT < SRR19973062.3834607/150‑1 (MQ=60)
GTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCT > SRR19973062.840262/1‑150 (MQ=60)
GTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCT > SRR19973062.4335657/1‑150 (MQ=60)
TTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTT < SRR19973062.1336926/150‑1 (MQ=60)
TTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTT > SRR19973062.2292349/1‑150 (MQ=60)
TTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTT < SRR19973062.1894281/150‑1 (MQ=60)
TTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTT < SRR19973062.3958789/150‑1 (MQ=60)
TTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTA < SRR19973062.5271397/150‑1 (MQ=60)
CTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAG < SRR19973062.1753077/150‑1 (MQ=60)
CTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAG < SRR19973062.1752723/150‑1 (MQ=60)
TTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGC > SRR19973062.910698/1‑150 (MQ=60)
TTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGC < SRR19973062.4539651/150‑1 (MQ=60)
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ATGCCCATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGC > CP009273/888816‑889113
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |