Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R2
|
775 |
327.3 |
10718052 |
97.2% |
10417946 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,033,768 |
(C)5→6 |
pseudogene (190/920 nt) |
yedA → |
drug/metabolite exporter YedA |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,033,763 | 1 | . | C | 97.2%
| 924.5
/ 16.6
| 285 | pseudogene (185/920 nt) | yedA | drug/metabolite exporter YedA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/1); new base C (126/150); total (134/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
GTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑C‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCC > NZ_CP025268/2033626‑2033897
|
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAATCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATGCCTGGCAGCCGGTAGTTTATTGCTGGCATTTTTTCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑c‑c > 1:4473716/1‑140 (MQ=255)
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑c‑c > 1:875950/1‑140 (MQ=255)
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑c‑c > 2:1253993/1‑140 (MQ=255)
gTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑c‑c < 2:3241222/140‑1 (MQ=255)
tataTCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑c‑c‑c < 1:798332/140‑1 (MQ=255)
tataTCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑c‑c‑c < 1:2470794/140‑1 (MQ=255)
atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑c‑c‑cc > 2:765886/1‑140 (MQ=255)
atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑c‑c‑cc > 2:4559735/1‑140 (MQ=255)
tttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑T‑c‑c‑ccccgcta > 2:2948775/1‑135 (MQ=255)
ttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTAc < 2:3038199/140‑1 (MQ=255)
ttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCGGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTAc < 2:648611/140‑1 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGt > 1:3494999/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGt > 1:3849625/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGt > 2:2838087/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGt > 2:4227777/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGt > 1:1485619/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGt > 2:5213014/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGt > 2:851627/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGt > 1:1102076/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAACGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCCACTGCGCGGACACAAAC‑T‑CAC‑CCCGCTACGt > 2:4177878/1‑140 (MQ=255)
ggggCTCAACCTATGTTGTCATTCGGATTGGCGTAGAAAGCTGGCCTCCGTTAACGATGGCGGGCGGTCGATTCCTGGCAGCCGGCATTTTACTGCCGGCATTTTTGCTACTGCGGGGCCAAAAAC‑C‑C‑CACCCGCTACgg > 2:940295/1‑139 (MQ=255)
ggggCCCTACCTACTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGCCAGCTGGCCTCCGTTAAGGATGGCGAGCGTTCGCTTTCTCGCAGCCCGTCTTGTTTTTCTGGCATTTTGGCTCCTGCGCGGACACAAACTT‑C‑C‑CCCGCTACGt > 2:2108622/1‑140 (MQ=255)
gCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCg < 1:1820499/140‑1 (MQ=255)
cAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATGTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCgctg > 2:1860935/1‑140 (MQ=255)
cAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATGTTATTGCGGGCATTTTTGCGACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGGTACGTCCgctg > 2:2782985/1‑140 (MQ=255)
aaCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCgctgc > 1:495779/1‑140 (MQ=255)
aCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCgctgct > 1:2657213/1‑140 (MQ=255)
ttttGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATg < 2:2576862/140‑1 (MQ=255)
gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgc < 2:2616621/140‑1 (MQ=255)
gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgc > 2:4296801/1‑140 (MQ=255)
gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgc < 1:1578235/140‑1 (MQ=255)
tCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgcg < 2:5040100/140‑1 (MQ=255)
tCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgcg < 2:3260377/140‑1 (MQ=255)
tCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATCGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgcg < 2:1664588/140‑1 (MQ=255)
cATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCAATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCgcgc > 2:4145460/1‑140 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCgctgct > 1:4405460/1‑125 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCgctgct < 2:4405460/125‑1 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGa > 2:4905914/1‑139 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑GCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGAt < 2:2372611/140‑1 (MQ=255)
cGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGGATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCACTGCCGCGCTGAt > 1:1986228/1‑140 (MQ=255)
aTTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTgg < 2:2230921/140‑1 (MQ=255)
aTTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTgg < 1:4995678/140‑1 (MQ=255)
tGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGcc < 1:2583544/140‑1 (MQ=255)
aaaGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGGAGCCGGTATTTTATTGCGGGCATTTTGGCTACTGCGCGGACACAAACGC‑C‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCGGATTTGCCTGTTATTg > 2:1153012/1‑140 (MQ=255)
cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg > 2:574657/1‑140 (MQ=255)
cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg < 2:3526969/140‑1 (MQ=255)
cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg > 2:4706364/1‑140 (MQ=255)
cTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg < 2:5174370/140‑1 (MQ=255)
gCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctggctg > 2:1087764/1‑140 (MQ=255)
ccTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGt < 1:3736765/140‑1 (MQ=255)
ccTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGt < 1:3233691/140‑1 (MQ=255)
ccGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCgg < 1:889624/140‑1 (MQ=255)
gTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCCTTTTTGCTACTGCGCGGACACAACC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTa < 1:535510/140‑1 (MQ=255)
gTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTa < 2:1488801/140‑1 (MQ=255)
gTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCAACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTa < 1:2948775/140‑1 (MQ=255)
ttAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa > 1:1935685/1‑140 (MQ=255)
ggcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATgg > 1:4376669/1‑140 (MQ=255)
ggcgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATgg > 1:2904622/1‑140 (MQ=255)
cgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTg > 2:1338363/1‑140 (MQ=255)
cgggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTg > 1:3001923/1‑140 (MQ=255)
gggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGa < 2:3697746/140‑1 (MQ=255)
ggcgTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGGGAc > 2:1975698/1‑140 (MQ=255)
ttCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGtt > 2:1553486/1‑140 (MQ=255)
gATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGcc < 1:3834002/140‑1 (MQ=255)
ccGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTgctgg > 1:1682702/1‑99 (MQ=255)
cGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATg < 1:4224549/140‑1 (MQ=255)
ggTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATgg > 2:4524270/1‑139 (MQ=255)
ttttATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGttcct < 1:5214598/140‑1 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt < 1:1260475/140‑1 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt > 1:2490263/1‑140 (MQ=255)
cTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt > 1:4833385/1‑140 (MQ=255)
ggCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATcg > 2:3076522/1‑140 (MQ=255)
ggCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATcg < 1:3333432/140‑1 (MQ=255)
tttttGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATcgccgc < 1:4145460/140‑1 (MQ=255)
ttttGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCgccgcc > 1:3994559/1‑140 (MQ=255)
tGCTACTGCGCGGACACAGAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGCCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTa < 2:3404148/140‑1 (MQ=255)
tGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTa < 1:1846191/140‑1 (MQ=255)
tGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTa < 1:287046/140‑1 (MQ=255)
tGCTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTa < 2:2458188/140‑1 (MQ=255)
cTACTGCGCGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGt < 2:1039614/140‑1 (MQ=255)
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gcgcGGACACAAAC‑TCC‑C‑CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCAt > 2:1508047/1‑123 (MQ=255)
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AACTCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACAGCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCT > SRR14920189.4279334/1‑151 (MQ=60)
ctcCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGT > SRR14920189.3981977/4‑151 (MQ=60)
C‑CCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGC > SRR14920189.2379427/1‑151 (MQ=60)
C‑CCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGC > SRR14920189.2401980/1‑151 (MQ=60)
C‑CCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGC > SRR14920189.402364/1‑151 (MQ=60)
C‑CCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTCCTGCCTGTCGGTAATCGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTCCCCTGTGC > SRR14920189.997405/1‑151 (MQ=60)
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CCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCT > SRR14920189.4334520/1‑151 (MQ=60)
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CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCATCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAG > SRR14920189.3821934/1‑151 (MQ=60)
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|
TTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑CCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAG > NZ_CP025268/2033618‑2033918
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |