Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I1 R3
|
782 |
676.6 |
23254289 |
97.6% |
22696186 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,219,333 |
G→A |
intergenic (‑230/+27) |
iraM ← / ← CXP41_RS24360 |
anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,219,333 | 0 | G | A | 100.0%
| 154.4
/ NA
| 42 | intergenic (‑230/+27) | iraM/CXP41_RS24360 | anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (12/30); total (12/30) |
TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATA > NZ_CP025268/1219202‑1219440
|
ttacttaaAATGATGGCTTATATAACATAAAATTTAAAGCAAGGACTCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCaaa < 2:8710248/140‑1 (MQ=255)
aattaaAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATg < 1:810757/140‑1 (MQ=255)
atgatgGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAAc < 2:8528875/140‑1 (MQ=255)
tgGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATcc > 1:8946225/1‑140 (MQ=255)
taaaatTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACAt > 2:9495186/1‑140 (MQ=255)
taaaatATAAAGCAATGAATCTCAATTGATTTTAAACAAAATTATATTTTGTTAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTTTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACAt < 2:8178027/140‑1 (MQ=255)
aatTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGc < 1:9875314/140‑1 (MQ=255)
tttATAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTACACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATATATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACAGAGCCt < 1:10198169/140‑1 (MQ=255)
tttACAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAAGGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 2:8121109/140‑1 (MQ=255)
tttAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 1:4015637/140‑1 (MQ=255)
tttAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 1:6522793/140‑1 (MQ=255)
gATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGTACATCCTGTAAGTAAAACGTCGCGTTTATGCTACTTTGTGCCAAttt > 1:8530133/1‑140 (MQ=255)
gATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATATCCTTTATGCTACTTTGTGCCAAttt > 2:7214632/1‑140 (MQ=255)
gTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 1:11314046/140‑1 (MQ=255)
gTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 1:9495187/140‑1 (MQ=255)
gTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 1:8417332/140‑1 (MQ=255)
gTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 1:5379324/140‑1 (MQ=255)
gTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTATAGCTATAATGTTATACATTCAACTGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 2:6717276/140‑1 (MQ=255)
aaaCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 1:2969441/112‑1 (MQ=255)
aaaCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt > 2:2969440/1‑112 (MQ=255)
aaaCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTaaa > 2:8219779/1‑140 (MQ=255)
aaaCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTaaa < 1:7189378/140‑1 (MQ=255)
aaaCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTaaa > 1:402141/1‑140 (MQ=255)
aaaCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTaaa < 1:7189448/140‑1 (MQ=255)
taTTTTGTGAAATCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGATATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg < 2:10442165/139‑1 (MQ=255)
gaTTTTGTTAAATCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTAGACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg < 2:10442349/140‑1 (MQ=255)
tttGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCt < 1:3474864/140‑1 (MQ=255)
tgtgAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCttt < 2:4734036/140‑1 (MQ=255)
aGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTtatat < 1:9558251/140‑1 (MQ=255)
attGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATTTTATACATTCAAATGACTGAAAATACTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGTTTGCCTTTTTATATAACGAtaataa < 2:1938089/140‑1 (MQ=255)
attGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGAtaataa < 2:1938124/140‑1 (MQ=255)
attGACTTCGATTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGAtaataa < 1:9432994/140‑1 (MQ=255)
ttGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATaataat > 2:4051057/1‑140 (MQ=255)
ttCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAata < 1:3168997/140‑1 (MQ=255)
cGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCttt < 1:2289856/115‑1 (MQ=255)
cGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCttt > 2:2289856/1‑115 (MQ=255)
cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCt < 2:7804120/95‑1 (MQ=255)
cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCt > 1:7804121/1‑95 (MQ=255)
ataATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 2:6135346/76‑1 (MQ=255)
ataATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt > 1:6135347/1‑76 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg > 2:8005865/1‑87 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg < 1:8005866/87‑1 (MQ=255)
tataCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTtg > 2:6674595/1‑57 (MQ=255)
tataCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTtg < 1:6674596/57‑1 (MQ=255)
|
TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATA > NZ_CP025268/1219202‑1219440
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTT > NZ_CP025268/1219184‑1219478
|
CCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCCATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATAC < SRR14920200.9531623/151‑1 (MQ=60)
CCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATAC < SRR14920200.2745735/151‑1 (MQ=60)
AAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATG < SRR14920200.11126363/151‑1 (MQ=60)
AATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCC > SRR14920200.9007830/1‑151 (MQ=60)
AATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCC < SRR14920200.815617/151‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccccccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgagatttctgcctgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAAC < SRR14920200.2129580/47‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccttttcacgcacaagacggcatacgcgatttctgcctgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATG < SRR14920200.5729320/59‑1 (MQ=60)
AATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTAC < SRR14920200.9944107/151‑1 (MQ=60)
atgtgtataagagacagCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920200.2988019/134‑1 (MQ=60)
TTTATAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTACACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATATATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACAGAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920200.10269552/151‑1 (MQ=60)
TTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920200.4040797/151‑1 (MQ=60)
TTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920200.6564481/151‑1 (MQ=60)
GAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGTACATCCTGTAAGTAAAACGTCGCGTTTATGCTACTTTGTGCCAATTT > SRR14920200.8588416/1‑151 (MQ=60)
ccttttcaagcagaagacggcatacgagatttctgcctgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGC < SRR14920200.6717664/79‑1 (MQ=60)
CAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAA > SRR14920200.404598/1‑151 (MQ=60)
GTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGG < SRR14920200.9561140/151‑1 (MQ=60)
GTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGG < SRR14920200.8474711/151‑1 (MQ=60)
GTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGG < SRR14920200.11394726/151‑1 (MQ=60)
GTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGG < SRR14920200.5413047/151‑1 (MQ=60)
AAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTG < SRR14920200.7236500/151‑1 (MQ=60)
AAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTG < SRR14920200.7236430/151‑1 (MQ=60)
acgagatttctgcctgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTAT < SRR14920200.10332609/102‑1 (MQ=60)
ttctgcctgtctcgtgggctcggagttgtgtataagagacagGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAT < SRR14920200.8059850/109‑1 (MQ=60)
gagatttctgcctgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAT < SRR14920200.10802143/104‑1 (MQ=60)
catacgagatttctgcctgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAAC < SRR14920200.10259683/99‑1 (MQ=60)
TTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAAC < SRR14920200.3496719/151‑1 (MQ=60)
tgtataagagacagATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGA < SRR14920200.2304291/137‑1 (MQ=60)
tacgagatttctgcctgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAA < SRR14920200.4902507/102‑1 (MQ=60)
atttctgcctgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAA < SRR14920200.8166757/107‑1 (MQ=60)
AGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAA < SRR14920200.9624733/151‑1 (MQ=60)
ttctgcctgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATG < SRR14920200.6904396/109‑1 (MQ=60)
ATTGACTTCGATTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGC < SRR14920200.9498503/151‑1 (MQ=60)
TTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACA < SRR14920200.3188951/151‑1 (MQ=60)
GATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagac > SRR14920200.7856410/1‑117 (MQ=60)
TTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaggcagaaatctcgtatgc > SRR14920200.6173946/1‑98 (MQ=60)
agagacAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGT < SRR14920200.7286073/145‑1 (MQ=60)
CTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaggcagaaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaggggggggggggggggg > SRR14920200.8519337/1‑64 (MQ=60)
ATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTT > SRR14920200.10777573/1‑151 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaggcagaaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920200.6063357/1‑54 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaggcagaaatcgcgtatgccgtcttctgcttgaaaaggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920200.2972072/1‑54 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATctgtctcttatacacatctcgagcccacgagacaggcagaaatcgcgtatgcc > SRR14920200.407689/1‑98 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaggcagaaatctcgtatgc > SRR14920200.3370985/1‑98 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaggcagaaat > SRR14920200.2166394/1‑107 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaggcagaaat > SRR14920200.2166617/1‑107 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAG > SRR14920200.7259794/1‑151 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAG > SRR14920200.2977746/1‑151 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAG > SRR14920200.2971086/1‑151 (MQ=60)
GTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAGACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTT > SRR14920200.5129340/1‑151 (MQ=60)
GTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATctgtctcttatacacatctc > SRR14920200.6019870/1‑131 (MQ=60)
|
CCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTT > NZ_CP025268/1219184‑1219478
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
