Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I1 R5
|
785 |
665.2 |
22963641 |
98.6% |
22642150 |
138.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,219,333 |
G→A |
intergenic (‑230/+27) |
iraM ← / ← CXP41_RS24360 |
anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,219,333 | 0 | G | A | 100.0%
| 92.7
/ NA
| 26 | intergenic (‑230/+27) | iraM/CXP41_RS24360 | anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (10/16); total (10/16) |
TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTT > NZ_CP025268/1219202‑1219465
|
ttaattaaAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCaaa < 1:6513757/140‑1 (MQ=255)
aattaaAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATg < 2:4862473/140‑1 (MQ=255)
aataaaatTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAAc > 2:956776/1‑140 (MQ=255)
ataaaatTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACa < 1:6678242/140‑1 (MQ=255)
aatTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGc < 1:2784016/140‑1 (MQ=255)
aGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt > 1:8499995/1‑135 (MQ=255)
aGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 2:8499994/135‑1 (MQ=255)
aGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATg < 1:4908439/140‑1 (MQ=255)
gATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTCTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAAttt > 1:10773431/1‑140 (MQ=255)
ttAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTa < 2:9692541/140‑1 (MQ=255)
gaTTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg < 2:5704121/140‑1 (MQ=255)
gaTTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg < 2:5703689/140‑1 (MQ=255)
aaTAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAATCATAGCCTTTATGCTACATTGTGACAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAAc < 2:2340312/140‑1 (MQ=255)
gTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt > 1:5170662/1‑59 (MQ=255)
gTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 2:5170661/59‑1 (MQ=255)
cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAAt > 1:8578542/1‑73 (MQ=255)
cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAAt < 2:8578541/73‑1 (MQ=255)
cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAATCATGACATGAGAATat > 2:2316649/1‑139 (MQ=255)
cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATaa > 2:2316655/1‑140 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 2:1477973/73‑1 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt > 1:1477973/1‑73 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGttt < 2:6222041/140‑1 (MQ=255)
ttATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt > 2:2576033/1‑45 (MQ=255)
ttATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 1:2576034/45‑1 (MQ=255)
ttATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATaa > 2:4961348/1‑97 (MQ=255)
ttATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATaa < 1:4961349/97‑1 (MQ=255)
tataCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt > 2:6912292/1‑69 (MQ=255)
tataCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 1:6912293/69‑1 (MQ=255)
|
TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTT > NZ_CP025268/1219202‑1219465
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATA > NZ_CP025268/1219184‑1219483
|
CCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATAC < SRR14920198.7413368/151‑1 (MQ=60)
CTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTC < SRR14920198.10189109/151‑1 (MQ=60)
TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACAT < SRR14920198.6557190/151‑1 (MQ=60)
ATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATG < SRR14920198.6722796/151‑1 (MQ=60)
ATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTGTATG > SRR14920198.8556419/1‑151 (MQ=60)
AATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTAC < SRR14920198.2802384/151‑1 (MQ=60)
cccccccccccccattttcaagcagaagacggcatacgagataggagtccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920198.2593112/67‑1 (MQ=60)
cccccccccacaacaccccaccccttttccctactaagacggaatactagataggagtccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920198.3132355/57‑1 (MQ=60)
AGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGC < SRR14920198.4940782/151‑1 (MQ=60)
GAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTCTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTT > SRR14920198.10844517/1‑151 (MQ=60)
cttttcaagcagaagacggcatacgagataggagtccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTA < SRR14920198.11072694/80‑1 (MQ=60)
tcaagcagaagacggcatacgcgataggagtccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGG < SRR14920198.5070903/84‑1 (MQ=60)
gaagacggcatacgagataggagtccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGG < SRR14920198.6958331/91‑1 (MQ=60)
caagcagaagacggcatacgcgagaggagtccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGT < SRR14920198.105040/85‑1 (MQ=60)
tacgcgataggagtccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTAT < SRR14920198.1538609/103‑1 (MQ=60)
tacgagataggagtccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacAGCTATAATGTTATACATTCAAATGAATGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTAT < SRR14920198.4528365/103‑1 (MQ=60)
ctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATG < SRR14920198.4994040/119‑1 (MQ=60)
GTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatcgcgtatgccgtcttctgcttgaaaa > SRR14920198.5204889/1‑81 (MQ=60)
GATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtatgccgtcttctgctggaattggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920198.1402983/1‑36 (MQ=60)
GATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtatgccgt > SRR14920198.8635475/1‑95 (MQ=60)
GTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtatgccgt > SRR14920198.1487767/1‑95 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaagggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920198.3942388/1‑53 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtatgccgtcttctgcttgaaatgggggggggggggggggggggg > SRR14920198.3901552/1‑61 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatcgcgtatgccgtcttct > SRR14920198.9139903/1‑90 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCGACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATT > SRR14920198.6996668/1‑151 (MQ=60)
CTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTT > SRR14920198.4842671/1‑151 (MQ=60)
CTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTT > SRR14920198.4843000/1‑151 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaggggggggggggggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920198.9385692/1‑42 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtattccgtcttgtgctggaaaaggtggggggggggggggggggggg > SRR14920198.2160747/1‑57 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtatgccgtcgtctgctggaaattggggggggggggggggggggggg > SRR14920198.2160413/1‑57 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatcgcgtatgccgtcttctgcttgaaaggggggggggggggggggggggg > SRR14920198.1510864/1‑59 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtatgccg > SRR14920198.2690265/1‑96 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtatgc > SRR14920198.4037960/1‑98 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatctcgtatgc > SRR14920198.9029712/1‑98 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAG > SRR14920198.4054466/1‑151 (MQ=60)
ACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATA > SRR14920198.1398742/1‑151 (MQ=60)
ACATTCAAATGACTGAACATCATGTAATTAAAACAAAGCCTTTAAGCTACTTTGTGCAAATTTGCTAAACATAATGGTTGCCTATTTATctgtctcatatacacatctccgagcccacgagacggaatcctatctcgtatgccgacatctc > SRR14920198.6902432/1‑89 (MQ=60)
|
CCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATA > NZ_CP025268/1219184‑1219483
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
