Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I1 R2
|
781 |
700.4 |
23289492 |
98.5% |
22940149 |
138.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,219,333 |
G→A |
intergenic (‑230/+27) |
iraM ← / ← CXP41_RS24360 |
anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,219,333 | 0 | G | A | 100.0%
| 102.3
/ NA
| 28 | intergenic (‑230/+27) | iraM/CXP41_RS24360 | anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (13/15); total (13/15) |
ATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAG > NZ_CP025268/1219214‑1219444
|
agggCTTATATAACCTAAAATTTAAAGCACTGAATCTCAATGGATGTTTAACAAAATGAGATTTTGAGAAAGCAATAAATTATTTAATTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATc < 2:1876761/138‑1 (MQ=255)
gtcTTATATAAAATACAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCt < 2:7941087/138‑1 (MQ=255)
cTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGt < 1:2481/140‑1 (MQ=255)
cAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGcc > 1:427401/1‑140 (MQ=255)
gATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCa > 2:1206621/1‑84 (MQ=255)
gATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCa < 1:1206621/84‑1 (MQ=255)
gagaTTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGt < 2:427401/140‑1 (MQ=255)
tgtgAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTCCTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCttt > 2:9394794/1‑140 (MQ=255)
tAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGa < 1:10846476/140‑1 (MQ=255)
ttGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATaataat > 1:683476/1‑140 (MQ=255)
tGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCaaa > 1:4896616/1‑45 (MQ=255)
tGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCaaa < 2:4896616/45‑1 (MQ=255)
cGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAAtata > 2:7943782/1‑140 (MQ=255)
ttttAGATTAGATTAGCTATAATGTTATAAATTCTAATGACTGCACATCCTGTAATTAAAAAATAGAATTTATTCTACTTTGTGCCAATTTGATAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAAAGTTAATAATGAATATAAg < 2:10878272/140‑1 (MQ=255)
tttAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTaaa < 2:11070895/59‑1 (MQ=255)
tttAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTaaa < 2:11071213/59‑1 (MQ=255)
tttAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTaaa < 2:11071263/59‑1 (MQ=255)
tttAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTaaa > 1:11070895/1‑59 (MQ=255)
tttAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTaaa > 1:11071263/1‑59 (MQ=255)
tttAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTaaa > 1:11071213/1‑59 (MQ=255)
gTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCtttt > 1:1890011/1‑104 (MQ=255)
gTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCtttt < 2:1890011/104‑1 (MQ=255)
cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTtat < 1:10108355/101‑1 (MQ=255)
cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTtat > 2:10108355/1‑101 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCttt > 1:11511549/1‑50 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCttt < 2:11511549/50‑1 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 2:3131691/73‑1 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt > 1:3131691/1‑73 (MQ=255)
|
ATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAG > NZ_CP025268/1219214‑1219444
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATA > NZ_CP025268/1219186‑1219483
|
cccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACAT < SRR14920161.9543141/70‑1 (MQ=60)
taagagacagATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGAC < SRR14920161.7598873/141‑1 (MQ=60)
gatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAAC < SRR14920161.1214772/108‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccccccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAAC < SRR14920161.7604862/47‑1 (MQ=60)
CTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACAT < SRR14920161.2515/151‑1 (MQ=60)
cccccccccccccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGC < SRR14920161.1737978/60‑1 (MQ=60)
cccccccccccccccccccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGC < SRR14920161.7830803/54‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920161.5787793/59‑1 (MQ=60)
GCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCC > SRR14920161.430362/1‑151 (MQ=60)
tcaagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACAT < SRR14920161.60270/86‑1 (MQ=60)
AAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatcgcgtatgccgtcttctgcttgaaaaggggggggg > SRR14920161.1647216/1‑72 (MQ=60)
gcatacgcgatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTA < SRR14920161.696361/98‑1 (MQ=60)
gcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTA < SRR14920161.3808784/98‑1 (MQ=60)
gcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTA < SRR14920161.696333/98‑1 (MQ=60)
gagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAT < SRR14920161.2025655/104‑1 (MQ=60)
tgggctcggagatgtgtataagagacagGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAAT < SRR14920161.10176048/123‑1 (MQ=60)
GCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAAT > SRR14920161.688133/1‑151 (MQ=60)
CAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaagggggggggggggg > SRR14920161.4929357/1‑68 (MQ=60)
TAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAAT < SRR14920161.10918891/151‑1 (MQ=60)
ATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaa > SRR14920161.11145270/1‑81 (MQ=60)
ATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatcgcgtatgccgtcttctgcgtgaggg > SRR14920161.11144900/1‑81 (MQ=60)
ATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatcgcgtatgccgtcttcggcttgaaaa > SRR14920161.11145219/1‑81 (MQ=60)
GTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTGTTATATAACGATctgtctcttatacacatctccgagc > SRR14920161.1902515/1‑126 (MQ=60)
GTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaggggggggg > SRR14920161.11588626/1‑72 (MQ=60)
GTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtatgccgt > SRR14920161.3152737/1‑95 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctggtatgccgtattctgcttg > SRR14920161.3597038/1‑85 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGActgtctcttatacacatctccgagcccacgaga > SRR14920161.6296609/1‑118 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGACTAAGGTTTCAATT > SRR14920161.6477229/1‑151 (MQ=60)
CTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGActgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactaga > SRR14920161.3686674/1‑108 (MQ=60)
ATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtatgccgtcttcggcttgaaaagggggggggggggggggggggggg > SRR14920161.10520877/1‑57 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtatgccgtcttctgcttgaaagtggggggggggggggggggggg > SRR14920161.10941999/1‑59 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAG > SRR14920161.8199860/1‑151 (MQ=60)
GTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtatgccgtcttctgcttgaa > SRR14920161.4892851/1‑83 (MQ=60)
GTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtatgccgtcttctgcttgaa > SRR14920161.4892740/1‑83 (MQ=60)
ATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATA > SRR14920161.10767973/1‑151 (MQ=60)
ACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatcgcgtat > SRR14920161.8836658/1‑100 (MQ=60)
|
CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATA > NZ_CP025268/1219186‑1219483
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
