Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R3
|
778 |
586.6 |
19747158 |
98.0% |
19352214 |
137.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,598,952 |
(C)9→8 |
pseudogene (3955/5423 nt) |
CXP41_RS08400 ← |
ECSE_1600 family autotransporter |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,598,944 | 0 | C | . | 95.0%
| 2153.4
/ 106.0
| 513 | pseudogene (3963/5423 nt) | CXP41_RS08400 | ECSE_1600 family autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/14); new base . (196/278); total (209/304) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.37e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 594 total aligned reads displayed.
AACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATAT > NZ_CP025268/1598805‑1599083
|
cacggcctcaGGCCATGGTTTCCGGTAGAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTGTCCCCCCTTCGCTATTCAAGTGACCCGGGCCGCCAGACTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGATTGAGCGACACGCAGTGc < 2:6672317/133‑1 (MQ=255)
catcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGGGTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCCTTCTCCCGGTTGCCGCCGCTAGTGGTTTTAGCGCCACGCAGTGcccccc > 2:1122322/1‑140 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:8986073/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:2994163/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccc < 1:381495/140‑1 (MQ=255)
gCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCCTTCTCCAGGTTGCCGCCGAGAGTGGTTTTAGCGGCACGCGGGGccccccccgggc > 2:701053/1‑136 (MQ=255)
gCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACAGGGCGTGcccgccccgggc > 1:9441265/1‑136 (MQ=255)
ccttggctCCGGTATACGTCCCGTAAACGCACAGTCCCTCCCCCGCTGTCCCCACGTCGCTATTCAATCGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGACCGTGGTGTTAGCCACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 2:6079438/133‑1 (MQ=255)
aTTGTTTCCGCTAGAGTTCCCGTTAACGGTCAGCACACGCCCCGGTGACCCCCCTGCGCAATCCATTAGAACCGAGCCGCCATACTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTACCGACACGCAGGGccccccccacgcata < 2:5640469/140‑8 (MQ=255)
ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATaa > 2:7309213/1‑140 (MQ=255)
gTTTCCGGTATAGGTGCCGTTAACGGACAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCAACGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAACg < 2:5135187/140‑1 (MQ=255)
ttCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGtt < 1:8902096/140‑1 (MQ=255)
tCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTc < 1:4195331/140‑1 (MQ=255)
ctgTATAGTTGCCGTTACCGGTCAGTACATTCCCCGGTGTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCACCAGGTTGCCGCCGCTAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 2:4868725/138‑1 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGGCGATTGTGGGTTTAGCGACACGCAGTG‑CGGCCCCCGGGCATGACGTTGat > 1:3511448/1‑140 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:8308297/140‑1 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:4480671/140‑1 (MQ=255)
gTATAGTGGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCACTTCGCTATTCATGTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACTCAGTG‑CCCCCCCCAGGCTTAACGTTCatat < 2:1911636/140‑1 (MQ=255)
tataGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATc < 1:701053/140‑1 (MQ=255)
taGTTCCCGATACCGGTCTGAACATGCCCCGGTTGCCCACCTTCGCTAGTCTTTTGTCCCGTGCCGCCCTTCTCCAGGTTGCCGCCGATCGTGGTTTTAGCTACCCGCAG‑GGCCCCCCCCAGGCATAACTTTCATATCAc < 2:9146530/140‑1 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTg < 1:2743082/140‑1 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTg > 2:7798502/1‑140 (MQ=255)
gtGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTGCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTg < 2:8459387/139‑1 (MQ=255)
gCCGTTAACGGTCAGTACCTTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCGTTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAACGTTCGTATCACCGGcg > 1:1165825/1‑139 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCGGGCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGGGGTTTTAGCGAGACGCCGTG‑CCCCCCCCTGGCATAACGTTCTTATCAGCTGCAgtg > 2:4296707/1‑140 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:1844746/111‑1 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCGCTGGCGTATCGTTCATATCTCCTGCAgtg > 1:9350781/1‑140 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTGGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACCCGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCTCATGCAgtg > 2:754523/1‑140 (MQ=255)
aCGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGa < 1:1991607/140‑1 (MQ=255)
cGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCGATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCCGTGGTGAc > 2:5226568/1‑140 (MQ=255)
ggTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTAGATATTCATTTGAGCCGTGCCGACAGTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACAAGCATTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACa < 2:794388/140‑1 (MQ=255)
gTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACAt < 1:1435970/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGTCACGCAGTGccccccccc > 1:2906059/1‑102 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 2:422115/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:7266739/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCGTCGCTATTCATTTGTACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGAGAGTGGTTTTAGCGACGCGCAGGGCCCCCCCCC‑GGCATAACGGTCATATCACCTGCCGTGGTGagagtgcc > 2:2037537/1‑133 (MQ=255)
caaCATTCCCCGGTTTCCCCCCCTCGCTATTCATTTGACCCCTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTATCGACCCGCCGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACTTTCATATCCCCTCAAGTGGTGACATTTcc < 2:2385474/138‑1 (MQ=255)
aCATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCg < 1:573361/140‑1 (MQ=255)
ttCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGTGAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CGCCCCCCAGGGCGAACGGTCCGATCACCTGGAGGGGTGGCAtttggcggcg > 1:2073767/1‑133 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTTGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCCTTACGTTCATATCACCTGGAGTGGGGACATTTCGCGACAt > 2:1353285/1‑140 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGTCACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATTACGTTCTTATCTCCTGGAGTGGGGGCAGTTCGCGACAt > 1:2382743/1‑140 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGc > 1:5281082/1‑88 (MQ=255)
gggttCCCCCCGGCGCTATTCAGTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATACCGGTCATATCACCTGCAGTGGGGACATTTCCCGACATCacac < 2:4493915/137‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 1:8195564/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:9235384/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:37184/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTGGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATACCGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 2:3401398/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCATTCGCTATACATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGAAGTGGTGACAGTTCCCGACATcaccc > 2:2266426/1‑138 (MQ=255)
tttCCCCCGTTCGCTATTCAATTTAACCTTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCTATAGTGGTTTTAGCGACAAGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:9652917/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:6134151/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:3583398/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:8023081/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:7920727/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:2666258/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:7818115/140‑1 (MQ=255)
ccccccTTCGCTATTCCTTTGAACCGTCCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCCATAGTGGTTTTAGCTACAAGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAAAGTTCATATCACCTGCAGTGGAGACATTTCACGACAGCACACCGCTg < 2:8956476/140‑1 (MQ=255)
ccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 1:1791345/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTCTTCATTTGAACCGTGCCGCCATGCTCCAGGTTGCAGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAACGTTCAAATCACATGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:1053731/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCTTAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:822975/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:3069537/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTAATTTGAACCGTGCCGACATTCTCCATGGTGCCGCCGATAGTGTTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCACCCAGGCATAACGTTCATATCTCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:3709086/140‑1 (MQ=255)
cTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACAGTTCCCGACCTCACACCGCGGGTATg > 1:3350458/1‑140 (MQ=255)
tagCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTATCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAGAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCCCACCGCTGTTATGGa > 2:325198/3‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGACCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATAGCACCTGCAGTGGTGACAGGTCCCGACGTCACACCGGTGGTATGGa > 1:911721/1‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCCTAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGGTATGGa > 1:1616974/1‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATTTCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa < 1:3223297/140‑1 (MQ=255)
tATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAtt < 1:5167463/140‑1 (MQ=255)
gaTTCATTTGATACGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCCGTGGTGACAGTTCCCGCCATCCCCCCGCGGTGATGGttagt > 1:503267/2‑138 (MQ=255)
tgcaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGGTGCCGCAGATAGTGGTTTTAGCGACACGCACT‑TCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGtt < 2:8802144/137‑1 (MQ=255)
gTGCCGCCCTTCTCCCGGTTGCCGACGATATTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCACACCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCAGACATCACACCTCTGTTATGTATATTAATGTGTTGACTTg < 2:1580189/140‑1 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:8683903/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:1057356/1‑140 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTTGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCCCCGGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGGTATGGATATTAATGTGTGGACTTGcc < 2:3873970/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:648156/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:5970743/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:8563938/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 2:3379003/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:2195561/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:6692529/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCAAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc > 2:2777659/1‑140 (MQ=255)
gccgccATGCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGAGACACGCAGTG‑CCACCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCACGACATCACACCGCTTTTATGGATATTAATGTGTTGACTTTcc < 2:3147446/140‑1 (MQ=255)
ccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCa > 2:3307203/1‑140 (MQ=255)
cgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTCGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCat < 2:1212191/140‑1 (MQ=255)
aTTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTaa < 1:8785047/140‑1 (MQ=255)
gTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCt > 1:7477644/1‑65 (MQ=255)
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GTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGGGGGGACATTTCCCGACATCACAC > SRR14920172.4092517/1‑151 (MQ=60)
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ACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCG < SRR14920172.577930/151‑1 (MQ=60)
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GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAAT > SRR14920172.1610678/1‑151 (MQ=60)
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ATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGCGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCC > SRR14920172.7098189/1‑151 (MQ=60)
GTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCC < SRR14920172.89255/151‑1 (MQ=60)
GTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCC < SRR14920172.183068/151‑1 (MQ=60)
GGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCctgtctcttatacacatctccgagcccacg > SRR14920172.5470874/1‑121 (MQ=60)
GGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATGTCCCCCCC > SRR14920172.5955126/1‑151 (MQ=60)
GTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC > SRR14920172.8194524/1‑151 (MQ=60)
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GACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTATTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATAT > SRR14920172.4146021/1‑151 (MQ=60)
GACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATATC < SRR14920172.3202495/151‑1 (MQ=60)
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CCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatctcgtatgccgtc > SRR14920172.6633452/1‑94 (MQ=60)
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GAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGC > NZ_CP025268/1598804‑1599102
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |