Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R3
|
779 |
308.9 |
10220750 |
96.7% |
9883465 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,598,952 |
(C)9→8 |
pseudogene (3955/5423 nt) |
CXP41_RS08400 ← |
ECSE_1600 family autotransporter |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,598,944 | 0 | C | . | 95.5%
| 1155.4
/ 50.9
| 271 | pseudogene (3963/5423 nt) | CXP41_RS08400 | ECSE_1600 family autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/8); new base . (91/161); total (101/170) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
AACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACG > NZ_CP025268/1598805‑1599079
|
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAAGGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 2:2273598/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 2:665932/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTCGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 2:3341490/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATCCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTAAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTCCCGCCGATAGTGGTTTAAGCGACACGCAGTGccccccc < 2:5088623/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGGACATTCCCCGGTTTCCATCCTTCGCTATGCATGGGAACGGTTCGGCGATTGGCCAGTTTGCTGCCGATAGTGGTTTTAGGGAGATGCAGTGctccccc > 1:986538/1‑140 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccc < 1:2476409/140‑1 (MQ=255)
ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTCTTCATTTGACCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCGGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccaagg > 2:3868839/1‑136 (MQ=255)
ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccagg > 1:38769/1‑137 (MQ=255)
ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccagg > 2:2035400/1‑137 (MQ=255)
cactttttCCTGTATTGTTGCCTTTCCCGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGCACCGTGCCGCCATTCTCCAGCTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 2:3707295/135‑1 (MQ=255)
cATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCCTTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 1:1735063/140‑1 (MQ=255)
cATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 1:1934856/140‑1 (MQ=255)
cATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 2:1613644/140‑1 (MQ=255)
aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGCACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATa < 2:30270/140‑1 (MQ=255)
aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATa < 1:4602837/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACGGTGCCGCAATTTTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACAAGCAGTG‑CCACCCACAGGCATaa > 1:941602/1‑140 (MQ=255)
gTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACg < 1:126158/140‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACg < 2:2433813/140‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACg < 2:2961980/140‑1 (MQ=255)
ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAAGGTTCa > 1:3661409/1‑140 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:2711682/140‑1 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:450880/140‑1 (MQ=255)
tataGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATc < 1:4422549/140‑1 (MQ=255)
tataGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATc < 1:4406390/140‑1 (MQ=255)
gTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCt < 1:929286/140‑1 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTTGCTATTGATGGGAACCGTGCCGCCATTCTAGAGGTTGCTGCCGATAGCGGCTTTCTCGACACTCAATG‑CCTCCCCCAGGGACGACGGTCATATCAGCTGcgagg > 2:2207369/1‑136 (MQ=255)
tAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATGCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtggt > 2:3143564/1‑140 (MQ=255)
aCGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGa < 2:3918272/140‑1 (MQ=255)
ggTCGGTACAGCCCCCGCTGTCCCCCCTTCGCTGTGCATTTGAGCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACCCGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGCCa < 2:3894845/140‑1 (MQ=255)
gTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACAt < 2:1662667/140‑1 (MQ=255)
cAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTAATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGCCACGAAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACAttt > 2:4994365/1‑140 (MQ=255)
gTACATTCCCGGCTCGCCCCCCTGCCCTATTCATTTGCAGCGTGCCGCCATTCTCCAGGCTGCCACCGATACTGGTTTGAGCTGCACGCAG‑CCGCCCGCTCAGGCATGCCGTTCATATCTCCTGCAGTGGTTTCATTTct < 2:3590263/140‑2 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTc > 2:1039387/1‑140 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:3839591/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:4223408/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:1550152/140‑1 (MQ=255)
cATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGa < 1:4949158/140‑1 (MQ=255)
ttCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa < 2:1368432/140‑1 (MQ=255)
ttCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa > 1:702564/1‑140 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt > 1:3231476/1‑140 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTAATTTGAACCGTGACGCCATTCTCCAGGCGGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACATGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt > 2:1889574/1‑140 (MQ=255)
ccccGGTTTCACCCCTTCGCTATTAATTTGAACCGTGCCGCCATTCGCCAGGTTGCCGCCGAGAGTGGTTTTAGCGACACGAAGTG‑ACCCCCCCAGTCACAACCTTCCTATCACCTGCAGTGGGGACATTTCCCTActta > 2:1684397/1‑137 (MQ=255)
cccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 1:4898034/140‑1 (MQ=255)
ctgTTTCCCCCCTTCTCTATTCATTTGACCCGCGCCGCCATTCTCCACGTTGACGCCGATAGTGGCTTTAGCGACCCGAAGTGCCCCCCCCC‑CGCATCACGTTCATATCCCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATcaca < 2:1531522/138‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGTGTGCCGCCGATGGTGGTTTTAGCGACACGCCGT‑TCCCTCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGGGGTGACATTTCCCGACATCacac > 1:2079014/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAAAGTTCCTATTACCTGCAGTGGTTGCAATTCCCGACATcacca > 1:63497/1‑138 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:179089/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:2029255/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCCCTATTCATTTGAGCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 2:1707612/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:2661116/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:1801390/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCATTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:4527081/140‑1 (MQ=255)
tccccccccTTCGCCTTCCATTTGACCCCTGCCGCCTTTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGTTTTCAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGCCAGCACGTTCATCTCACCTGCAGTGGCGTCATTTCCCGACATCACAcct < 2:609345/137‑2 (MQ=255)
ccacccTTCGCTATTCATTTGAACGGGGCCGCCATCCTGCAGGTTGCCCCCTATGGAGGTTCCAGCGACACGCAGTGCCGTCCCCCA‑GCATAACGTCAAACTGACCTTGATAGGTGACATATCCCTATATCACATGGCTg > 2:328897/4‑140 (MQ=255)
ccctCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:2184128/137‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTCTTCATTTCAACCGGTCCTCCATTCTCCAGGTTCCTGCCGATAGTTGCTTTACCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCACGCATAACCTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:4158010/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:595938/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATGCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:4871138/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTTTTATgg > 2:722334/1‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCGAGGTTGCCGTCGATAGTGGGTTTAGCGACAGGCAGTG‑CCCCCCCCGGGCGTAACGGTCATATCACCTGCAGTGGTGACGTTTCCCGACGTCTCACCGCGGTTATGGa > 2:1947441/1‑140 (MQ=255)
aTTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCCCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTa < 1:4641266/140‑1 (MQ=255)
aTTCAGTTGAACCGTGCCGCCGTTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTa < 2:2588548/140‑1 (MQ=255)
ttCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGTTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATGTCACCTGCAGTGGTGGCATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTaa > 2:1476961/1‑140 (MQ=255)
tttGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAtgtg < 1:2904217/140‑1 (MQ=255)
ttGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATgtgt > 1:4018442/1‑140 (MQ=255)
aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGa < 1:4718463/140‑1 (MQ=255)
aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGa > 1:1653476/1‑140 (MQ=255)
aCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 2:2914784/140‑1 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:2772536/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:2116249/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:1358329/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:3090690/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:3363341/1‑140 (MQ=255)
gccgccTTTCACCAGGTTGCCGCCGATAGTTGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCACCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCCCACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACATGcc < 2:4683753/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:4252944/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 2:868087/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:3178733/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCACGTTCCCGCGGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCCCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 2:408809/140‑1 (MQ=255)
cccgccgTTCTCCAGGATGCCGCCGATCGTGGTTTTCGCGACCCGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATCACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATCAATGTGTTGACTTGcc < 2:4295642/139‑1 (MQ=255)
ccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACCTTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCa > 2:3258379/1‑140 (MQ=255)
gccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCat < 1:1212317/140‑1 (MQ=255)
ctcCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTGCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTAACTTGCCATATTAATg > 1:2840737/1‑140 (MQ=255)
ccAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGc < 1:827287/140‑1 (MQ=255)
ccAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGc < 2:2692763/140‑1 (MQ=255)
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TAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCC < SRR14920166.673799/151‑1 (MQ=60)
TAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCC < SRR14920166.673471/151‑1 (MQ=60)
TAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCC < SRR14920166.3762329/151‑1 (MQ=60)
TAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTGGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCC < SRR14920166.1550688/151‑1 (MQ=60)
CAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCC < SRR14920166.4504390/151‑1 (MQ=60)
GTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCC < SRR14920166.2211898/151‑1 (MQ=60)
TGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCC > SRR14920166.1824625/1‑151 (MQ=60)
GGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCC > SRR14920166.1891699/1‑151 (MQ=60)
TAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacatgcgcagatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaacgcacttcaggtggctccccctcttcc > SRR14920166.2298445/1‑52 (MQ=60)
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GAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGC > NZ_CP025268/1598804‑1599102
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |