Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
775 |
316.5 |
10245680 |
97.2% |
9958800 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,598,952 |
(C)9→8 |
pseudogene (3955/5423 nt) |
CXP41_RS08400 ← |
ECSE_1600 family autotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,598,944 | 0 | C | . | 97.5%
| 1277.7
/ 21.2
| 280 | pseudogene (3963/5423 nt) | CXP41_RS08400 | ECSE_1600 family autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/3); new base . (110/160); total (116/164) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
AACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATAT > NZ_CP025268/1598805‑1599083
|
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ccGTCATCCGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcc < 2:715853/139‑1 (MQ=255)
aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcc < 1:3255118/140‑1 (MQ=255)
aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCACTGcc < 2:4724096/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:1418841/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:4861365/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTCCATTCCCCGCTTCCCCCCCCTCGCTATTCCTTCGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccc < 2:4380152/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccc < 1:865040/140‑1 (MQ=255)
agcccATTGTCTCCGCTATCGTTGCCGTTCACGGTCAGTACATCCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccag < 2:3586178/137‑3 (MQ=255)
ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATGCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAg > 1:3646179/1‑140 (MQ=255)
ccATTGTTTCCGGTATACTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCa < 1:4025409/140‑1 (MQ=255)
cATTGTTTCCTGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTCCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGATTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 2:3740868/140‑1 (MQ=255)
cATTGTTGCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCCGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 2:1610139/140‑1 (MQ=255)
aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATa < 1:1046937/140‑1 (MQ=255)
aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATa < 1:117386/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATaa < 1:3943329/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATaa > 2:3264989/1‑140 (MQ=255)
ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATaa > 1:2478202/1‑140 (MQ=255)
tGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCGTCGCTATGCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTTGCGACACGCAGT‑TCCCGCCCCAGGCGTAAc > 1:3034423/1‑140 (MQ=255)
gTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACg < 1:1408347/140‑1 (MQ=255)
ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 2:645279/140‑1 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGCTAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 2:2929562/140‑1 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:4938714/140‑1 (MQ=255)
cGGTATAGTTGACGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGGCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:949362/140‑1 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTg < 2:603612/140‑1 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGGTCATATCACCTg < 2:2106035/140‑1 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑ACCCCCCCAGGCATAACGTTCATAGCACCTg > 1:4788534/1‑140 (MQ=255)
gCCGTTAACGGTCAGTACAGTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCGGCCGTTCTCTAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCACTCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGcc > 2:3769266/1‑139 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTTCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATATGAACCGGGCCCCCCTTCTCCAGGTTGCCGCCGACAGTGGTATTAGCGACATGCAGTG‑CCCCCCCCTGGCATAACGGTCATACCCCCTGCCgtg > 2:207134/1‑140 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CGCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtg > 1:3092386/1‑140 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtg > 2:4289839/1‑140 (MQ=255)
aCGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGa < 2:2268997/140‑1 (MQ=255)
aCGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGa < 1:4752101/140‑1 (MQ=255)
ggTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACa < 1:1008295/140‑1 (MQ=255)
cATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGa < 1:2993600/140‑1 (MQ=255)
ttCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa < 1:1090406/140‑1 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGCCACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt < 2:3976489/140‑1 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACaa > 1:2221386/1‑139 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt > 2:494233/1‑140 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATACTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt > 1:3767462/1‑140 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTAATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt > 2:4573634/1‑140 (MQ=255)
ccccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATc > 2:4560863/1‑140 (MQ=255)
gccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 1:4522388/139‑1 (MQ=255)
cccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 1:1308350/140‑1 (MQ=255)
cccGGTTACCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTTCCGCCATTCTCCGGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCTGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTGCCCGACATca < 1:5064287/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:3549782/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:2090360/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGTTTTTAATTTGCACACGGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGCTCGTGGTTTTCGCGACCCGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATACCGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:1943308/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGGCCCGGGCCGCCATTCGCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAAGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTGCCCGACATCTCACCg < 2:4169109/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:2191725/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:4959024/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:1477449/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:4281731/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:1238669/140‑1 (MQ=255)
tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCt > 1:4640966/1‑140 (MQ=255)
ccccccTTCGCCATTCATCTGACCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCCATTGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTCGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTg < 2:3199731/140‑1 (MQ=255)
ccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:2737230/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCTTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:411921/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAGCAGACCGCTGTTATgg > 1:1759676/1‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa < 1:1216067/140‑1 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa > 2:5070736/1‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa < 2:482968/140‑1 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa < 2:2494484/140‑1 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa > 1:2695941/1‑140 (MQ=255)
tATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAtt < 1:1543158/140‑1 (MQ=255)
tATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAtt < 1:4452002/140‑1 (MQ=255)
ttCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTaa > 1:73151/1‑140 (MQ=255)
cATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTCGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAtg > 2:1696901/1‑140 (MQ=255)
cATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAtg < 1:2336609/140‑1 (MQ=255)
ttGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATgtgt > 2:4617856/1‑140 (MQ=255)
tGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGtt < 1:4413332/140‑1 (MQ=255)
aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATCGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑ACCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGa > 2:3839356/1‑140 (MQ=255)
aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGa > 1:1715240/1‑140 (MQ=255)
aCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 2:2431261/140‑1 (MQ=255)
ccGTGCCTCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt < 2:2629730/140‑1 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGGCGTTAGCGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑GCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGGCAGTTCGCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:3055904/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGGTAGAGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑TCCCCCCCAGGCATAACGTTCGTATCACCTGCAGTGGTGCCAATTCTCGACATCACACCGCTGTTATGGGTATTAATGTGTTGACTTGc > 1:3054917/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccc > 2:3341428/1‑59 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:2558909/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:50357/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:1376410/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:1132112/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:4914639/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:4588497/1‑140 (MQ=255)
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GTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATC > SRR14920169.4447995/1‑151 (MQ=60)
GTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTTATTTGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCAAGGCAGAACGTTCATATCACGTCCAGTGGTGACGTTTCCCGTCAGCACAC > SRR14920169.4916616/1‑151 (MQ=60)
GTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGGCATTTTCCTACATCCCAC > SRR14920169.1749555/1‑151 (MQ=60)
GTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACAC < SRR14920169.2276378/151‑1 (MQ=60)
atacgagataggctccgggctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACC < SRR14920169.1419399/100‑1 (MQ=60)
ACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCCCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCG > SRR14920169.4717592/1‑151 (MQ=60)
CATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGC < SRR14920169.1348235/151‑1 (MQ=60)
CATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGC > SRR14920169.1591237/1‑151 (MQ=60)
CATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGC < SRR14920169.3000586/151‑1 (MQ=60)
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GCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTA < SRR14920169.4533515/151‑1 (MQ=60)
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TGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTGGCCATA < SRR14920169.4423949/151‑1 (MQ=60)
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GAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAA‑CCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGC > NZ_CP025268/1598804‑1599102
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
