Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R1
|
782 |
581.3 |
19111616 |
98.4% |
18805830 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,598,952 |
(C)9→8 |
pseudogene (3955/5423 nt) |
CXP41_RS08400 ← |
ECSE_1600 family autotransporter |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,598,944 | 0 | C | . | 95.2%
| 2341.8
/ 104.3
| 548 | pseudogene (3963/5423 nt) | CXP41_RS08400 | ECSE_1600 family autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/17); new base . (177/333); total (186/362) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 613 total aligned reads displayed.
AACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATAT > NZ_CP025268/1598805‑1599083
|
aaCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTGTCCCCCCTTCGCTATTGATGGGGACCGTGCCGCCATTCTCCTGGGTGCCGGCGATGGTGGTTTTTGCGACACGCAGTGc > 2:4701881/1‑140 (MQ=255)
aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcc < 1:6892122/140‑1 (MQ=255)
ctcaGGCCATTGTTCCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACAGTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 2:5435247/139‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:9154061/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccc < 2:1251752/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGGCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATGCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccc < 2:1683356/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTAGAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTACGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccc < 1:8637120/140‑1 (MQ=255)
aGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccag < 1:487691/140‑3 (MQ=255)
cATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 1:1712852/140‑1 (MQ=255)
aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACAGTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATa < 1:8284543/140‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGTAGAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCGATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACg < 2:1884104/140‑1 (MQ=255)
ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAGAACGTTCa > 2:9062137/1‑140 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTGCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:5174783/140‑1 (MQ=255)
ggTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCGATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCGCCCCC‑GGCATAACGTTCata > 2:8357110/1‑140 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACCTTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCAGTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCGGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCGTAACGGTCATATCACCTg > 1:2759771/1‑140 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGCTAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATCACGTGCATATCTCCTg > 2:7235087/1‑140 (MQ=255)
cAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCAGATAGTGGTTTTCGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCCTAACGGTCATATCACCTGCAGTGGTGACAttg > 2:5571050/1‑139 (MQ=255)
gtccagtCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCTTTCTCCAGGTAGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 2:198153/134‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGAGAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGGGGTGACATTTcc < 1:1554348/140‑1 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt > 2:8162069/1‑140 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt < 1:6748357/140‑1 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCAGTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt > 2:4873833/1‑140 (MQ=255)
cccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 1:46661/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCCTTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 1:2425346/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCGCAGGCTTAACGTGCATATCACCTGCAGTGGTGACAGTTCCCGCCCGCacac > 1:9071217/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATTACGGTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGGCATCacac > 1:3786737/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCTCCTGCAGTGGTGAGATTTCCCGACATCacac > 1:3013530/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:4415802/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:4761206/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 2:1308858/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:9205376/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 2:3051913/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCAGTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:5403224/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCACTGGCACAGTGCCGCCATTCTCCAGGGTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGCCCCGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATACCGTTCAGATCACCTGCAGCGGTGACAGTTCCCGCCAtaccac < 2:455154/140‑6 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCGTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:6932852/140‑1 (MQ=255)
ggTGTCCCCCATTCTCTATTCTTTTGAACCGTGCCGCCATTCTCAAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACTCGCTGTG‑CCCCCCCCAGGCATTACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGTCATCacac < 2:8781953/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:7213314/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:9460149/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:8923240/140‑1 (MQ=255)
tctCCCCCCGTCGCTAGTCAATTGCACCGTGCCGCCCTTATCCAGGTGGCCGCCGATAGTGGATTTAGCGACCCGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAACGTTCATATCACCAGCAGTGGTGACATTTCCCGCCACCACACCg < 2:610533/138‑1 (MQ=255)
gttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGAGAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:9543176/139‑1 (MQ=255)
ttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATGTCGCGGCATCacacggg > 2:5798496/1‑137 (MQ=255)
ccccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTg < 1:6505052/140‑1 (MQ=255)
ccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCATGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGAATTG‑CCCCCCCCACGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:3388578/140‑1 (MQ=255)
ccccTTCGCTATTCATTTGAACCGAGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:4131348/140‑1 (MQ=255)
ccccTTCGATATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTGGCCGCAGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:6817363/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:6370440/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:3956207/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:3421460/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:2254085/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:5011420/140‑1 (MQ=255)
cTTCGCTATTCATGTGAACCGTGCCGCCATTCTCCTGGTTGCCGCCGATAGTGGATTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATg < 2:9234120/140‑1 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCCCACCGCTGTTATGGa > 1:3157709/1‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa < 2:38283/140‑1 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCGGTTATGGa > 2:5315989/1‑140 (MQ=255)
tCGCGATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa < 1:5716954/140‑1 (MQ=255)
aTTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTa < 1:7789104/140‑1 (MQ=255)
ttCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTaa > 2:9441278/1‑140 (MQ=255)
acATTTGAACCGTGCCGCAATTCTCCATGTTGCCGCCGATAGTGTTTTTAGCGACACGCAGTG‑CACCCCCCATTCATAAAGTTCATATCACCTTCATTGGTGACATTTCCAGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAt < 2:3220731/139‑1 (MQ=255)
tttGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAtgtg < 1:764260/140‑1 (MQ=255)
gtGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGGTGCCGCCGATTGTGGTTTTAGCGAAACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATACCGTTCATATCAGCTGCAGTGGTGGCAGTTCCGGACATCAGAACGGTGGTTTGGATATTGATgtgt > 2:4460139/2‑140 (MQ=255)
aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGa > 1:33203/1‑140 (MQ=255)
aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGa > 2:2906253/1‑140 (MQ=255)
aCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATTGTGGTATTAGCGACACGCTGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 2:1395397/140‑1 (MQ=255)
aCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 1:5930316/140‑1 (MQ=255)
aCCGTGCCGCCAGTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 2:2618802/140‑1 (MQ=255)
ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt < 1:2274525/140‑1 (MQ=255)
ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt < 1:7586458/140‑1 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATNGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTCCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc < 1:5571669/140‑1 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCCCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTgg > 1:9338794/1‑139 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:1026710/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:7802609/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:8472557/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTGTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACCTTTCCCGACATCACACCGCTGTTAGGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:6386144/1‑140 (MQ=255)
gccgccATTCTCGAGGTTGCCGCCGATTGTGGTTTTTGCGACACGCAGTG‑CCCACCCCAGGCATAACGTTCATTTCACCTGCAGTGGTGACTTTTCCCTACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGTCTTGcc < 2:2348835/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGTTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGTTATTTATGTGTTGACTTGcc < 1:5513312/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTTGTGACATTTCCCGACATCACACAGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:622015/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 2:1132991/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:1369981/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 2:5041837/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc > 1:5233485/1‑140 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:4219975/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:2087114/140‑1 (MQ=255)
cgccATTCTCATGGTTGCCGCGTATTGTGGTTTTTGCTACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCat < 2:934358/140‑1 (MQ=255)
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CTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAC‑‑CTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGAGAGTAATGTGTTGACTTGCCATCTGAATGGCAGAGTCGGA > SRR14920174.2546544/1‑151 (MQ=60)
CTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAC‑‑CTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCGGTGATGGAGAGTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGA > SRR14920174.804911/1‑151 (MQ=60)
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CCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACAAGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAC‑‑CTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAAC < SRR14920174.1412054/151‑1 (MQ=60)
CGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAC‑‑CTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCG < SRR14920174.8772021/151‑1 (MQ=60)
AGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAC‑‑CTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCG < SRR14920174.234416/151‑1 (MQ=60)
GCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAC‑‑CTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTCTGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGC > SRR14920174.3396642/1‑151 (MQ=60)
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TAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAC‑‑CTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCC < SRR14920174.7660876/151‑1 (MQ=60)
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GTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAC‑‑CTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCC < SRR14920174.3490578/151‑1 (MQ=60)
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|
GAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAC‑‑CTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGC > NZ_CP025268/1598804‑1599102
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |