Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F9 I0 R1
|
103 |
124.7 |
2465218 |
97.5% |
2403587 |
230.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,697,739 |
T→G |
14.5% |
V428G (GTG→GGG) |
bcsE → |
cellulose production protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,697,739 | 0 | T | G | 14.5%
| 309.0
/ 5.4
| 124 | V428G (GTG→GGG) | bcsE | cellulose production protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/62); new base G (19/2); total (60/64) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
AAGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTGCCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTG‑CCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCA‑ATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697502‑3697976
|
aaGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGt > 2:133773/1‑238 (MQ=255)
aGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTg < 2:1175837/238‑1 (MQ=255)
tatCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGt < 2:121867/239‑1 (MQ=255)
tatCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGt < 2:316816/239‑1 (MQ=255)
tatCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGt > 2:586139/1‑239 (MQ=255)
cACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGGTGtttt > 1:246249/1‑238 (MQ=255)
tACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTtctct < 2:623262/239‑1 (MQ=255)
cTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGTTATCATGACCATTGGCGGGAATTGGCTGGTGCTGtttctttctt > 2:886355/1‑237 (MQ=255)
ttGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑Att < 1:1084148/239‑1 (MQ=255)
tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTTCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑At > 2:724820/1‑237 (MQ=255)
tGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGt < 2:1205441/239‑1 (MQ=255)
tCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGATGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATTGGCTGGGGGTGGTTTCCTC‑ATTCTGTCg > 1:470030/1‑239 (MQ=255)
actGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGCATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATTGGCTGGGGGCTTTtctctccattcctggg > 1:1052572/3‑228 (MQ=255)
aaTGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTTTTTCTCCC‑ATTCCGTCg > 2:1026309/1‑237 (MQ=255)
aaTGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGa > 2:661268/1‑239 (MQ=255)
gACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTa < 1:445107/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAAc < 2:392454/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAAc < 2:954795/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAAc < 2:1059645/239‑1 (MQ=255)
aGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGTTTCTCTC‑ATTCTTTCGGATTAACGa > 2:564550/1‑238 (MQ=255)
aGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGCTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGAGGCGTTTTCCTC‑AATTTGTCCGGTTAACGa > 1:174989/1‑238 (MQ=255)
cAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATa < 2:1003992/239‑1 (MQ=255)
tGCGTGTTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATCAATAACCTTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGCTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGCCGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg < 1:780938/239‑1 (MQ=255)
tGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACAGGATGAATAACCCTCTATTGCCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAGCAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATAGCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg < 2:54771/239‑1 (MQ=255)
cGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGGTTCTCTC‑CTTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGtt > 2:51598/1‑239 (MQ=255)
ggTTTCCACAAGTGGGGGGTGTGCTCGAACGCCATCATCATCATGATGAATACCCCTCCATTACCGTCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTCCGTCCGGTACCGGTTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCTCCGTAACCGTGCCGTCGATATCATGACCATTTGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGaa < 1:941708/239‑1 (MQ=255)
ggATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGGTCTGGATACCGCGTTTAATCATATTTTTCCAt > 2:755298/1‑239 (MQ=255)
ggATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCa < 1:724820/238‑1 (MQ=255)
tGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCCGGGGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGCTTATAGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTTCCTACtcg > 1:634787/1‑237 (MQ=255)
tAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGAt > 2:769228/1‑196 (MQ=255)
tGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTTATCGGCCGGTGCCGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGGTTTACGGTCTTGATACCGCGGTGACTCTTTTTTTCCCATTTCCTACTGGcca > 1:291200/1‑235 (MQ=255)
tCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGTTTTTCTC‑CTTCTGTCGGAGTTACGATCCGGGGACCGCGTTGAATCATTTTTTTCCCTTGCCTACATGCGCAAttttt > 1:1218652/1‑238 (MQ=255)
tCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACAttttt > 2:958124/1‑238 (MQ=255)
tgaATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTATTCTGGCGGCGCTTTTTCTCCC‑ATTCTTTTGGATTAATGATCTTGTTACCGCGCTGAATCATTTTTTCCCATTTTCCTCTGGCGGCGTTTTTTCCAACCGTAtt > 1:55192/1‑238 (MQ=255)
aTAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGt < 2:1043221/238‑1 (MQ=255)
aTAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTc < 1:500038/239‑1 (MQ=255)
aCCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCCTATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATTGTCTgg > 2:805450/1‑239 (MQ=255)
aCCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCCGGGGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTTACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCCTTGCCTACTGGCGACATTTTTTCAAACCGTATGGTTTgg > 2:582321/1‑239 (MQ=255)
tctATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTg > 2:1191920/1‑239 (MQ=255)
tATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGTTTCTCTC‑CTTCTGTCGGCTTTACGCTCTTGTTACCGCGTTGAATTATATTTTCCCATTTCCTACTGGCGCCATTTTTTCAAAACGCTTGGTCTTTTTTgta > 1:168247/1‑237 (MQ=255)
tATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCCGGATACCGCGTTGAATCATATTTTTCCATTTCCTACTGGCGACATTTTCTCAAAACGTATGGTCTTGTTTGaa > 2:670167/1‑239 (MQ=255)
agtACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAg < 2:301335/237‑1 (MQ=255)
aTTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAg < 1:1191920/239‑1 (MQ=255)
ccTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAgatga > 2:174482/1‑239 (MQ=255)
cTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAgatgat < 2:1078134/239‑1 (MQ=255)
cccACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCaa > 2:866323/1‑239 (MQ=255)
ccACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTTACGATCTGGATACCGCGTTTTATCATATTTTCCCCTTGCCTACTGTCGCCACTTTCTCAAACCGTATGGTCTTGGTTTTAGATGATCaaa > 1:790503/1‑239 (MQ=255)
cACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAAt < 2:718567/239‑1 (MQ=255)
gTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCATAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAgatgat < 2:894351/230‑1 (MQ=255)
tCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCATAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGTTTTTCTC‑ATTCTTTCGGATTTACGGTCTGGGTACCGCGGTTAATCATATTTTCCCCTTGGCTTCTGGCGACATTTTTTCAAAACGTATGGCCTGGGTTTTAGATTGTCCAATCAATg > 1:894351/1‑230 (MQ=255)
tGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAg < 2:650694/238‑1 (MQ=255)
cccttctCCGGTAGCGGGTCTCCGCGGTGAACAAGCCCTGGCGCTTTGTCCTCCTTACCGTTCCCGGCATATCCTGACCATTGGCGGTAATCGGCATGGGGTGTTTCTCTC‑ATTCTTTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATgc < 1:945985/233‑1 (MQ=255)
ccTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGt < 2:778874/190‑1 (MQ=255)
ccGGTTCCGGGTATCCTCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCgcttgct < 1:100733/239‑1 (MQ=255)
ccGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCgcttgct < 1:687630/239‑1 (MQ=255)
ccGGTACCGCGTACACGCTTTGAACAAGCCCCGACGCTGTGTCGGCCTAACAGTACCGGCTATATCATGACCATTGGCTGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCgcttgct < 1:279107/239‑1 (MQ=255)
gTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGGTACCGCGTTGGATCATATTTTTCCCTTTCCTTCTGGCGCCATTTTTTCCAACCGTATGGTCTGGt > 1:778874/1‑190 (MQ=255)
gTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTTGGTACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAAACAGTGCCGAGCCGGGGCAGATTCgcttgcttt > 2:390898/1‑237 (MQ=255)
cGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTGCCCCa < 1:958349/239‑1 (MQ=255)
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ggTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTGccc < 2:419770/235‑1 (MQ=255)
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atacctggacaatgggggttatccGGTTGGTG‑TGGTTCTCTTAATTCTGCC‑GATTTACGGGCTGGATTCCGGGTTGAATCATTTTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCCGGGTTGAAGATGATCAAATCAGGGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTGCCCCAGAAAAATGGGGCATGGCGCTG‑GCCTTAACGCAAAGGTCCAAACCGGTCATCA‑ATg < 1:953161/216‑1 (MQ=255)
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tGCTGTGTCTCTC‑AGTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATAGTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTGCCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTG‑CCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCA‑ATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGcgacg < 1:586139/238‑1 (MQ=255)
|
AAGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGCTGTTTCTCTC‑ATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTGCCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTG‑CCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCA‑ATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697502‑3697976
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
