Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F27 I0 R1
|
322 |
127.1 |
2757226 |
91.8% |
2531133 |
223.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,697,739 |
T→G |
18.1% |
V428G (GTG→GGG) |
bcsE → |
cellulose production protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,697,739 | 0 | T | G | 18.1%
| 351.8
/ 11.1
| 146 | V428G (GTG→GGG) | bcsE | cellulose production protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/85); new base G (32/2); total (59/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-14 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGC‑TTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697506‑3697976
|
tatCACTTCCTTGCTGGCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTCCCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGt < 1:885217/239‑1 (MQ=255)
tatCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTGCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTCCCGGCGATACCATGGCCATTGGCGGGAATCGGTC‑TGgtggtg > 1:262820/1‑239 (MQ=255)
ccttccTTGGTGTAAAGGCCCCAGCCCCTCAAAGGTCGGGGTTTCCAGAAGGGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGGCAAAAACATTATGAATAACCCGCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTtct < 2:363593/235‑1 (MQ=255)
cTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGGGCGGtttttttcct > 1:20069/1‑232 (MQ=255)
tCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGCACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTCACCGTACCGGCGGTATCCTGACCATTGGCTGCATTCGG‑C‑TGGAACGTTTTCTCTCCGTCTCTCg > 1:1138624/1‑239 (MQ=255)
aaTGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTTTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑CGGTGCTGTGTCTCTCATTCTTTCCGa > 1:423010/1‑239 (MQ=255)
cccAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTCCCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAAc < 1:35684/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTa < 1:22286/237‑1 (MQ=255)
aGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGGTATCATGACCATTGGCGGGACTCGG‑C‑GGGGGGCGGTTCTCTCActcttgcgggtttaaaac > 2:865870/1‑225 (MQ=255)
aGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCCGCGATATCATGCCCATTGGCGGGAATTGG‑CGTGGGGCGGTTtctccctactttccgagtaaacag > 2:35684/1‑219 (MQ=255)
cTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGGCATCGT‑C‑TTGGGCGGGTTTTCTCATTTTGTCgggataaagagcggga > 2:493853/1‑225 (MQ=255)
tGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg < 1:578385/239‑1 (MQ=255)
tGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGGAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCCGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg < 1:166458/239‑1 (MQ=255)
gtcGTGGTTTCCAGAATTGGGTATGT‑TTGTTTAAGTCCGTCAACAACATGATGAATAACCCGCTATTCCCTGCCCTCGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGCACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg < 2:750455/237‑1 (MQ=255)
gTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCGATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGaa < 1:972369/238‑1 (MQ=255)
tttCCAGAATTGGG‑ATGTGGTCTGTAATGGCGTCAACAGCATGGTGAATAACCCTCTAGTCCCGGCCCACGGTAAGGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAt < 1:651450/238‑1 (MQ=255)
ggtgtaaaagagacaggtgtTCGGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAt < 1:494954/222‑1 (MQ=255)
tCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGGCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACAGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCt < 1:479243/190‑1 (MQ=255)
gAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATAttt < 1:591932/239‑1 (MQ=255)
agtgggggtttgtCTGTAAGGCCGGCAACAACCTGTAGAAAAACCCTCTAGTTCCTGCCCGCGGTAAAGGGGGTCTGGTTGCCCGACGTCCGGT‑ACCGGTTATCCGCGTTGAACAAGCCCGGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATAtt < 2:1026992/224‑1 (MQ=255)
gg‑ATGTGGTCTGGAATGCCGTCAACAACATGAGGAATAACCCCCTATGTCCGGCCCACGGTAAAGGCGTTCGGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGGCGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCa < 1:324898/238‑1 (MQ=255)
ttCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGATTAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGGGCTGTTTTTCTCCTTCTGTCGGATTAACGGGCTGGGTACCGCGTTGAAT‑CATATTTTTCCATTGCCttc > 1:804145/1‑237 (MQ=255)
ttCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTTTCGGGTTAACGATCTGGTTACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCCTTGccca > 1:60811/1‑236 (MQ=255)
tGCCGTCAACAACATGATTAATAACCCTGTATTCCCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACa < 2:211392/239‑1 (MQ=255)
tGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGGGCTGTTTTTCTCATTCTTTCGGATTTACGCTTTGGGTACCGCGTTTGAT‑CCTATTTTCCCCTTGccctatggggcca > 1:994743/1‑228 (MQ=255)
tGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑CGGGTCTGTTTCTCTCATTCTTTCCGGTTAACGATCTGGATACCGCGCTTGAT‑CATATTTTTCCCTTGCCT‑ACTGGCGCCa > 1:1233131/1‑239 (MQ=255)
ccGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGGGTTTTTTTTCTCATTCTGTTCGGTTAACGCTCTGGATACACCGTTGAATACAT‑TTTTTCCATTTCCC‑ACCGGCGaactt > 1:840896/1‑235 (MQ=255)
ccGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGGGCTGTTTCTCCCCTTCTGTCGGGTTAACGACATGGATACCGCGGTTAAT‑ACTATTTTTCCCTTGctcacctgggacact > 2:483724/1‑225 (MQ=255)
ccGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCAG‑C‑TGGGTCTGTTTTTCTCATTCTGTCGGGTTAACATTATGGTTACCACGTTGAAT‑CATAATTTTCACTTGTCT‑ATTGGCGCCAtt > 1:47163/1‑239 (MQ=255)
tCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATATGGGTAACGCGTTGAAT‑TCTATTTTTCCCTTGCTC‑ACTTGGGACAtttt > 1:451313/1‑238 (MQ=255)
aacaacCTGTTGAATACCCCCTTTGTGCCTGCCCTCGGTAAAGGCTGTCTGGTTCCCCGACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACGAGCCCTGCAGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCCATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGTCATTTtctc < 2:507851/239‑1 (MQ=255)
tgaATACCCCTCTATTCCCTTCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTTTCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑TCTGGCGACa < 1:426072/222‑1 (MQ=255)
tttccccTTTTTTTCCTGCCCCCGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCCTCGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTc < 2:804145/235‑1 (MQ=255)
aTAACCCCTTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGGCGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTCCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGt < 1:194220/238‑1 (MQ=255)
tctATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTTTCTCCTTCTCTCCGCTTAACGAACTGGGTAACCCGGTTAAT‑CATATTTTCTCATTTTCT‑TCTCGGCACATTTTCTC‑CAACAGCAT‑AGTCTGGtttt > 2:217101/1‑238 (MQ=255)
tctATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTa < 1:1326675/161‑1 (MQ=255)
ctATTCCCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑a < 1:135578/202‑1 (MQ=255)
tATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGGGCTGTTTTTCTCATTCTGTCGGGTTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCCTTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑TAACCGTAT‑AGTCTGGgtttta > 1:514804/1‑236 (MQ=255)
tttcccTGCCCCCGGTAAAGGTCTTTTGGTTGCCCTTCGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGGCGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAg < 2:421349/235‑1 (MQ=255)
aTTCCCCGCCCTCGGTAAAGGCGTTCTGGTCGCCCTCCGTCGCGC‑ACCGTGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCAGGCCCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAg < 2:1033461/239‑1 (MQ=255)
aTTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑CCCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTATCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAg < 1:619062/239‑1 (MQ=255)
ttACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑a < 1:715498/216‑1 (MQ=255)
cttccccggtgtaagggtttCTTGTTGCCCT‑CGGGCGGTGACCGGGTTTCCGCGTTGAACAAACCCTTAGGCTTTGTCGGCCTAACCGTACCGGCGATATCATGCCCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAgatgat < 2:582083/221‑1 (MQ=255)
cTGCCCCCGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAgatgat < 1:1325723/239‑1 (MQ=255)
cTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAgatgat < 1:483724/239‑1 (MQ=255)
gCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGGGCTGTTTTTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTTGAT‑CATATTTTTCCATTTCCT‑ACTGGCGCACTTTTTTC‑CAACCCTATGGGTCTGGtttatgatgttca > 1:269669/1‑229 (MQ=255)
cccACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGGTTAACGATCTGGGTACCGCGTTGGAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTTTC‑AAACCGGAT‑GGGTTGGTTTTAAGATTAT‑Caa > 1:33688/1‑239 (MQ=255)
cccACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGGGCTGTTTTTCTCCTTATGTCGGATTTAAGATCTTGATGACGCGCTGAAT‑CATATTTTTCCCTTTCCT‑TCTAGGCACATTTTTTC‑CAAACGTAT‑GGTGTGGTTTTaaaaccatc > 2:136605/1‑230 (MQ=255)
ccACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑a > 1:130285/1‑191 (MQ=255)
ccACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑a < 2:130285/191‑1 (MQ=255)
ccACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGc < 2:309648/196‑1 (MQ=255)
ccgggTAAAGGCCTTTTGGTTGCCCTACCGCCGGT‑ATCGGGATTCCGCGTTGAAACAGTCTTTACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTAGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGTCATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAAAt < 2:262820/236‑1 (MQ=255)
aaaGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAAATCAGTg < 1:217101/238‑1 (MQ=255)
aaaGGCGTTCTGGTGTCCCTACCTCCGGT‑ACCGGGTTTCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGGTGTGGCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAAATCAGTg < 2:269669/238‑1 (MQ=255)
gTTTTGGTTCCCCTACGTCCGGT‑TCCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTTCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAAATCAGTGCCGAGc < 2:514804/238‑1 (MQ=255)
ttCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCAGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAAATAAGTGCCGAGCTg > 1:557031/1‑239 (MQ=255)
cTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCCTTCTGTCGGATTAACGATCTGGGTACCGCCTTTAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGCCATTTTTTC‑AAACCGTAT‑GGGCTTGGTTTAAGATGAT‑CAAATCAGTGCCCAGATggg > 1:616740/1‑238 (MQ=255)
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gACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑CGGGGCCGTTTTTCTCATTCTGTCGGATTAAAGATCTGGATAACGCGGTGGAT‑ACTTTTTTTCCATTGCCT‑ACTTGCGAAATTTTTTT‑CAAACGGAT‑GGTCTGGGTTGTAGATGAT‑ACAATCAGTGCCGAGCTGGGGCAGAGGGCCGTGCTTTT‑CCCCAAAAAAAAGGGGGAGGCCGC‑GCCtt > 2:301883/1‑239 (MQ=255)
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tgtCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGGGCTGGTTCTCTCATTCTTTCGGATTATCGATATGGGTACCGCGTTGTAT‑CATATTTTCCCCTTGCCC‑AATTGCGCCATTTTTTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTTTATATGAT‑TAAATCCATGCCGCACTGGGTGAGAAGCCGTTGC‑TTG‑CCCCCCAAAAAAGGGGctgtgctttatacacaccca > 2:515942/1‑219 (MQ=255)
tgtCCCCCTAACCGTCCCGGCGATTCTATTCCCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGC‑TTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCa < 2:451313/239‑1 (MQ=255)
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gtCCCCCTAACCCTTCCGGCGATATTATGCCCATTTGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATTCCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGC‑TTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCa < 2:456008/238‑1 (MQ=255)
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aCCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTTGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTTTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGC‑TTG‑CCCCCGAACAATGGGGCATGCCCCTGCCTTTAACGCAAAtttttta > 1:1217914/1‑234 (MQ=255)
gtgccggctatttccatgccATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTTTTTCTCTCATTTTGTCGGATTAACGATCTGGATTCCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTTGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAATTCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGC‑TTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAGCGCAAAGTTCTAAACCg < 1:1087474/221‑1 (MQ=255)
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|
TATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGG‑ATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGT‑ACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGG‑C‑TGGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCT‑ACTGGCGACATTTTCTC‑AAACCGTAT‑GGTCTGGTTTGAAGATGAT‑CAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGC‑TTG‑CCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697506‑3697976
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
