Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F27 I0 R1
|
120 |
139.6 |
2835800 |
98.5% |
2793263 |
226.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,697,739 |
T→G |
10.8% |
V428G (GTG→GGG) |
bcsE → |
cellulose production protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,697,739 | 0 | T | G | 10.8%
| 401.4
/ 6.3
| 137 | V428G (GTG→GGG) | bcsE | cellulose production protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/78); new base G (16/2); total (57/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
AAGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTGCCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697502‑3697976
|
aaGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGt > 1:1153962/1‑238 (MQ=255)
aGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTg < 2:767347/238‑1 (MQ=255)
tatCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGt < 1:49371/239‑1 (MQ=255)
ccTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCa > 1:97480/1‑239 (MQ=255)
ccTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGGTTTTCTCa > 1:731107/1‑239 (MQ=255)
tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGG‑CGTTTTTCTCCttt > 2:453229/1‑238 (MQ=255)
tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGC‑TGGTTTTCTCAt > 2:975714/1‑237 (MQ=255)
tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCCGCTGGTGCGTGTTtcctcct > 2:154508/1‑232 (MQ=255)
tGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGt < 2:738463/239‑1 (MQ=255)
gACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTa < 2:759960/239‑1 (MQ=255)
gACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTa < 1:617923/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAAc < 2:116446/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAAc < 1:195504/239‑1 (MQ=255)
cccAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAAc < 2:310953/239‑1 (MQ=255)
cAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTAC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGa < 1:930991/239‑1 (MQ=255)
aGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTg < 1:1327509/209‑1 (MQ=255)
cGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCACCAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGAt < 2:825318/236‑1 (MQ=255)
gCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGGTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGTGTAAAGGTCTgg > 1:268358/1‑239 (MQ=255)
cAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATa < 1:1160973/239‑1 (MQ=255)
tGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCCCGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTTCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg < 1:1382124/239‑1 (MQ=255)
tGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg < 1:872716/239‑1 (MQ=255)
tGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg < 2:490570/239‑1 (MQ=255)
ggTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGaa < 1:1340808/239‑1 (MQ=255)
gTTTCCTGAAGGGGGATTTGTTCTGTAATGCCGTCAACACCATGGTGAATAACCCTCTATTACCTGCCCGCGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGCATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACGGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAt < 2:192355/239‑1 (MQ=255)
tttCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAAt < 2:114798/238‑1 (MQ=255)
aGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTc < 1:998482/239‑1 (MQ=255)
tGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGC‑GTGTTCTCTCATTTCGTCGGGTTAACGATCTGGCTACCGCGGTTGATCAtttttttc > 2:410800/1‑236 (MQ=255)
tGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCACACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACGGTACCGGCGCTATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGCGC‑TGTTTCTCTCCTTTTGTTGGTTTAACGATTTGGATAACCCGTTGAATC‑TATTTTtcc > 1:709050/1‑238 (MQ=255)
ggATTTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAGCCCCCTATTTCCTGCCCCCGGTAAAGGCGTTCTGTTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCAGCGTTTAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGAGCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCa < 2:1012806/238‑1 (MQ=255)
tgtTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTg > 2:736065/1‑173 (MQ=255)
tGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTTTCTCATTTTTTCGGATTAACGATCTGGATACCCCGTTGAATTATATTTTTCCCTTGCCTTCTgg > 2:505742/1‑239 (MQ=255)
tAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTa < 1:123715/191‑1 (MQ=255)
tGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTTGCATTCTGTGGGATTAACGATCTGGATACCGTGTTGAATCTTATTTTCCCATTTCCTACCTGCGACa > 2:805348/1‑239 (MQ=255)
tGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTTGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACa > 1:251013/1‑239 (MQ=255)
tGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATACGGGTTCCGCGTTGCATCATATTTTCCCATTTCCTACTGGCGa > 2:671994/1‑237 (MQ=255)
tGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGG‑TGTTTTTCTCCTTCTGTTGGATTAACGAACTGGGTTCCGCGGTTGATCTATTTTTTCCATTTTCTACTcgcgc > 2:606182/1‑236 (MQ=255)
cGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACAtt < 1:323788/238‑1 (MQ=255)
tCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGGTTAAAGATATGTATACCGCGATGAATCCTATTTTCCCCATGCCTCACGGCGACAttt > 1:1307188/1‑237 (MQ=255)
aacaacATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGC‑TGTTTCTCTCATTCTTTCGGGTTAACGCCCTggg > 2:123715/1‑190 (MQ=255)
aacaacATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTTGATACCGGGTTGAATCTTATTTTTCCATTGCCTACTGGCTGAATTTtctc > 2:226984/1‑239 (MQ=255)
acaacaTGATGAATAACCCTCTAGTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCa < 2:1028346/239‑1 (MQ=255)
gatgaATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg < 2:1033985/190‑1 (MQ=255)
gatgaATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgcg > 1:1033985/1‑190 (MQ=255)
gatgaATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGGATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTa > 1:226983/1‑239 (MQ=255)
gatgaATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCCGGGGG‑TGGTTTTCTCATTCTTTTGGCTTAAACATCTGGGTACCGCGGTGAATAATATTTTCCCCTTTCCTACTCGCCGCATTTTCTTCAAACGTa > 2:569734/1‑239 (MQ=255)
aTAACCCTCTATTACCTGCCCATGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTAGCGGCGTTGAACAAGCACTGACGGTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAAGCGGCTGGGGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGt < 1:127406/238‑1 (MQ=255)
aTAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGt < 1:199024/238‑1 (MQ=255)
aTAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGC‑TGTTTTTCCCATTCTGTCGGATTAACGGTCCGGGTACCGGGTTGTATTCTATTTTTCCATTGCCCTCTGGCGGCCTTTTCTCAAAACGTATgg > 2:1357174/1‑237 (MQ=255)
aTAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGGTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGt < 2:100962/238‑1 (MQ=255)
ctATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTc < 1:131697/231‑1 (MQ=255)
tATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATTCGGGTACCGCGGTGAATCATATTTTTCCACTTCCTTCCTGCCGCATTTTTTCAAACCGTATGGTCTgtgttgta > 2:1380342/1‑232 (MQ=255)
tATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAACCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCCTTTTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACCTTCGACATTTTCTCAAACCGTATGGGCTGGTTTGaa > 1:1084725/1‑239 (MQ=255)
aTTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAg < 2:97480/239‑1 (MQ=255)
cTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTTCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAg > 1:214903/1‑234 (MQ=255)
cTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAg < 2:214903/234‑1 (MQ=255)
cccACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCa < 1:862337/209‑1 (MQ=255)
cccACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGC‑TGTTTTTCTCATTTTTTCGGGTTAACGATCTGGGTACCGCGTTTAATCATTTTTTCCCATTTCCTACTGGCGACCTTTTTTCAAACCGTATGGGCTTGTTTTAAgactgtc > 2:131697/1‑232 (MQ=255)
ccACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTTGTTTGAAGATGATCaaa > 2:1244273/1‑239 (MQ=255)
cACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAAt < 1:998784/239‑1 (MQ=255)
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|
AAGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTGCCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697502‑3697976
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
