Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F17 I0 R1
|
160 |
98.0 |
2214160 |
89.0% |
1970602 |
222.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,196,305 |
C→T |
77.8% |
R395C (CGT→TGT) |
icd → |
isocitrate dehydrogenase, e14 prophage attachment site, tellurite reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,196,305 | 0 | C | T | 77.8%
| 131.0
/ 28.8
| 72 | R395C (CGT→TGT) | icd | isocitrate dehydrogenase, e14 prophage attachment site, tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/10); new base T (22/30); total (31/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.80e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAG > NC_000913/1196078‑1196541
|
gtatcggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgatgga < 1:953988/238‑1 (MQ=255)
atcgCCCCTGTTGCAAACAGCGGTGACGAAGTCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCGCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTa < 1:1013266/238‑1 (MQ=255)
tGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGa > 1:394764/1‑239 (MQ=255)
tggggcaaCTTCGGGTACGAATGCGCCTTTTTTAAAGCCCCCCACGGTACTG‑CGACGAAATATGCCGGTAAGGACAAAGTAAATCCTGGTCCTATTATTCCCTCCGGTGGGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGaa < 2:394764/233‑1 (MQ=255)
ggTGCAAACATGGGTTACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGGAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGaa < 2:179037/239‑1 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGaa < 1:574421/239‑1 (MQ=255)
aaCATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGAAACCTATGACTTCAAGGGTCTGATGAATAGCCCTAACATGTGGAAATGTTc > 1:1087598/1‑239 (MQ=38)
ggTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGtt < 1:297871/239‑1 (MQ=255)
aaTGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCATGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGCCTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCCTAACCCATGACTTCGAGAGTCTGATGGATGGCGCAAAACAGTGGAAATGTTAAGAGTTGGGGGag > 2:549289/1‑238 (MQ=37)
ttaggagcagtccGGTACTG‑CGCCGAAATTTGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCAATTATTCTCCCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGaaa < 2:516886/227‑1 (MQ=255)
tagaGCCCCCCACTGTACTG‑CGCCGAAATACTCCGGGCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTTTATTATTCGCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAAATGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCAACGaaa < 2:633200/236‑1 (MQ=255)
tGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGaaa < 1:624386/239‑1 (MQ=255)
ccccccaaGGTACAGCCGCCAAAAT‑TGCCGGTTAGGACAAATTAAACCCTGGCACTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCCAATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAACCAACGCGAAAACCGTACCCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATg < 2:640257/236‑1 (MQ=255)
cccacGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGATTGGGGCCGCGATCATCGAAAACATGTaa > 1:817489/1‑239 (MQ=255)
aCTG‑CGCCGAAATAAGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTa < 1:379223/238‑1 (MQ=255)
tG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTaaa < 2:40344/181‑1 (MQ=255)
tG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGAGGGATGGCGCTaaa > 1:40344/1‑181 (MQ=255)
ccGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAAAATGTAAta > 1:516886/1‑226 (MQ=255)
atttttccGGTCAGGAAAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGTTGAGATGATGCAGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAAt < 2:210599/233‑1 (MQ=255)
attttGCGGGGCAGGACAAAGTAAATCCGTGCTGTATTATTCTCTCCGTTGAGAGGATGCTGCGGCACATGGGTTTGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGGGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAAt < 2:1087598/235‑1 (MQ=255)
tGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGaaa > 2:865942/1‑209 (MQ=255)
tGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGaaa < 1:865942/209‑1 (MQ=255)
gTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgatggt > 2:117162/1‑153 (MQ=255)
gTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgatgga < 1:117162/154‑1 (MQ=255)
cAGGCCAAAGTAAATCCTGGTTTTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACgg < 2:462113/238‑1 (MQ=255)
aaGTAAATCCTGGGTTTGTTATTTTCTCCGCTGAGATGATGGTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCTGCTGAATTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTaa < 2:784851/239‑1 (MQ=255)
aGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGGAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgatgga < 2:288560/144‑1 (MQ=255)
aGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGGAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgatgga > 1:288560/1‑144 (MQ=255)
aaatccgtgtttttttattCTCCCCGGTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGc < 2:223056/224‑1 (MQ=255)
aTCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCCTCGAAAAAATGTAATG‑CCGGAGTTTGTTAAATTTATTAACGGAAgggaaaacgccc > 2:283471/1‑228 (MQ=21)
tcTGGCTCTATTATTCTCGCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCg < 1:32926/238‑1 (MQ=255)
ggCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCTGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTATCCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTCAAATGTTAAGAGCTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCgttg > 1:56267/1‑239 (MQ=255)
ttattCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATg < 1:1099739/182‑1 (MQ=255)
tctctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTACTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAg < 1:4274/239‑1 (MQ=255)
ttctcCCGTGGGATGATGCGTCGCCAAAGGGGTTGGACCGAAGGGGCTGACTTAATGGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCGATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTGTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAgg < 2:1073750/238‑1 (MQ=255)
ctcccccttgggtggatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGGTAAAGGGAGGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAgg < 2:967523/225‑1 (MQ=255)
catgccGCTTAGATGATGCTAGCCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCCATCAACGCGAAAACCGTTACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTGTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAgg < 1:598112/235‑1 (MQ=255)
tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAg > 1:1054569/1‑235 (MQ=255)
tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGgct > 1:930341/1‑238 (MQ=255)
tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGgct > 1:1077275/1‑238 (MQ=255)
tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCACCCGTTGTTTTTTGTTAg > 2:330452/1‑235 (MQ=255)
tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGgct > 1:429174/1‑238 (MQ=255)
cGCTGGGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATAGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGACACCCGTAACCTATGACTTCAAGGTTATGCTGGAGAGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGGCTTTAGTTACACGCTCATCGAAAACA‑GTCATGACCTTAGTTTTGTAACTTTATTAACGGGAGCGAAACGATCCCGTTGTTTTTTGTTAGgcggta > 2:548834/1‑235 (MQ=255)
cGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCACAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAACTTTATTAACGGGAGCGAAAAGCTCCCTTTGTTTTTTTTTAGgctgtt > 2:422876/1‑237 (MQ=255)
gatgatGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACgg < 1:836829/238‑1 (MQ=255)
atgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTa < 1:868789/164‑1 (MQ=255)
atgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTa > 2:868789/1‑164 (MQ=255)
ccGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTa > 1:523462/1‑239 (MQ=255)
aaGAGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCTCAAGCAACGCGAAAAAGGTAACCTCTGACTTCGAGTGGCTGCTGGAAGAAGCTAAACGGCTGAAATGTACAGAAGTTGGTGACGCATGCATCGAAACCCGGAAAGG‑ACGTAGGTTGTTAAGATTATTAACGGGGCGGTAACGCACCCGTCGCTTTTTGGTGAGAGGCTACAGGGCAACAAAATTTTATAAAAAAAAGtagtta > 2:1024880/1‑234 (MQ=255)
gCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGCCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAAc > 1:554081/1‑238 (MQ=255)
gACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTGCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCt < 1:83715/239‑1 (MQ=255)
cTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGCAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTCGTTTTTTGTTAGGCGGCTAACGGTTATAAAAATTTTATCAAAAAAAGTTACAAAAACCCCCCg > 2:321136/1‑239 (MQ=37)
aaTTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTTTCAAAACCCCTCGGTa > 1:327714/1‑239 (MQ=255)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGCAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAATAGTTATCAAAACACCTCGGTAGTTTTg > 1:585896/1‑239 (MQ=255)
gTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATtta < 1:662076/137‑1 (MQ=255)
aGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTgg < 2:327714/238‑1 (MQ=255)
ggggccataaagcggAAAACCGTAACCTATGACGTCGAGCGGCTTATGGAGGGCGCGAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGTTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTTGTTTGTTAAATTTATTAACGGGATCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGc < 2:817489/224‑1 (MQ=255)
gcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGt < 2:1054569/239‑1 (MQ=255)
accggAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGGTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAggtgg < 1:432921/235‑1 (MQ=255)
aCGCGAAAACCGTAACCTATTACTTCGATTGGCTGATGGATGGCGTTAAACTGCTGAAATTTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAggtgg < 1:1006768/239‑1 (MQ=255)
cTATGGCTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGt < 1:254793/239‑1 (MQ=255)
aTGACTTCGATCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGtct < 1:825888/239‑1 (MQ=255)
aTGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTCGTTTTGGGGTAGGCGTGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGtc > 1:71925/1‑238 (MQ=255)
aTGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGtct < 1:72691/239‑1 (MQ=255)
tggcTTCGGGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGtctc < 1:121490/236‑1 (MQ=255)
tGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTTAAATGTTCAGATTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGCAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTACCGACAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATGAACATTTTATCAAAACAACATATCAAACCACCCCGGTAGGTTTGGGTTAGGCCGACCGGCAAGGTGTAAGTTataatacaaatccc > 2:997275/1‑232 (MQ=255)
cTTCGAGGGTCGGATGGATGGCGCTAAACTGGTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCTATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCca < 1:581160/239‑1 (MQ=255)
cGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCgt < 1:225442/118‑1 (MQ=255)
cGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGCGGTAGTTCTACTACTAGTCTccaccat > 1:44742/1‑234 (MQ=255)
cGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTCGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGAAGTTTACCTACTAGTCCCCcacaa > 2:121490/1‑238 (MQ=255)
agAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTACCGGGAGCGTAACGCTCCCgt > 2:225442/2‑118 (MQ=255)
aGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTTTCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGGAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGGGGTAGTTTTACCACTAGTTCCCCAAATAg > 2:72691/1‑239 (MQ=255)
|
GTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAG > NC_000913/1196078‑1196541
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
