Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F17 I0 R1
|
52 |
59.5 |
1410130 |
88.0% |
1240914 |
215.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,196,305 |
C→T |
100% |
R395C (CGT→TGT) |
icd → |
isocitrate dehydrogenase, e14 prophage attachment site, tellurite reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,196,305 | 0 | C | T | 97.8%
| 133.5
/ ‑6.1
| 50 | R395C (CGT→TGT) | icd | isocitrate dehydrogenase, e14 prophage attachment site, tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (26/19); minor base G (3/1); total (30/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑CGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTA > NC_000913/1196089‑1196528
|
gCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTgatgga < 2:383775/227‑1 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGCAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑GGTCTGATGGATAGCGCt > 2:215255/1‑228 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCt > 2:28285/1‑228 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAAATGTTAAAGGAATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTTTGACTTCGAG‑GGTCTGATGGATGgcgtc > 2:69546/1‑226 (MQ=255)
ggTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTAGGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCt > 1:491275/1‑216 (MQ=255)
gTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTa < 2:491275/216‑1 (MQ=255)
gAAGGCGCCCTTTTTGAAGCCACCCACGGTCCTGCGCCGAAATAGGTCGGTCAGGACAAAGTAAATCCGGGCTCTATTATTCGCTCCGCTGAGATGATGCTGCGACACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCa < 1:69546/228‑1 (MQ=37)
ttttGAAGCCCCCCCCGGTACTGCTCCGAAATAGGCCGGTAAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGa < 1:215255/227‑1 (MQ=255)
ttcgagtcacccccGGGTCTGCGCCTAAATCGGCCGGGCAGGCCAAAGGAAATACGTGCTCTATTTGTCGCGCGGCTGGGATGATGCTGAGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAT‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAcg < 1:201709/221‑1 (MQ=18)
cccacGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGGTCATCg > 2:456913/1‑228 (MQ=255)
cccGGTTCTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCGCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGa < 2:7438/225‑1 (MQ=255)
ccggtatagccacgtaaTACGCGGGTCAAGACAGAGTAAACCCGGGCTCTAATATTCCCTCCCCTGATATGATGCTGCGCCACATGGTTAGGACCGAGGCGGGTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGAGCAATCAGCGCGAAAACAGTAACCTATGGCTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGaaa < 1:676697/213‑1 (MQ=255)
aaaTATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGGAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGCGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAAAATGAAATAccta > 2:209881/1‑226 (MQ=255)
ccGGTTAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTg < 2:642680/227‑1 (MQ=255)
ggTAAATCCTGGCTCTATTAATCTCTCCGAGTAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAATCCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAAc < 2:702840/227‑1 (MQ=255)
aGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCAACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGAATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGCATTTGGTGACGCGATTATCGAAAACATGTAATGCCGTCGTTTTGTAACGTTATTaa > 2:288271/1‑227 (MQ=255)
ggCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGTTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGATCGTaa > 2:639204/1‑228 (MQ=255)
gCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTGAATTTGTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTTACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGAGGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATg < 2:33921/188‑1 (MQ=255)
ctctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTACATTTATTAACGGGAGCGTAACg > 2:34564/1‑228 (MQ=255)
tctctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGGGTAACGCTCCCgttg > 2:511078/1‑228 (MQ=255)
tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAACACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGttt > 2:332588/1‑227 (MQ=255)
tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGACGTAGTTTGTTAAATTTATTAAAGGGGGCGAAACGCTCCCGTTGttt > 1:406798/1‑227 (MQ=255)
cGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGGTGtttttt > 2:515906/1‑228 (MQ=255)
agagtatgCGGGGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑g < 2:617410/223‑1 (MQ=255)
atgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑CGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGAAACGACCCCGTTGTTTTTTGTTA‑Ggctgc > 2:551474/1‑228 (MQ=255)
gctgcGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGCCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGATGAAATGTTCAGAGTTTGGTGCCGCGATCATCGAAACCTTGTAATGCCGAAGTTTGTTAATTTTATTAACGGGGACGACACGCTCCCGCTGTTTTTGTTTA‑GGTTGCTa > 1:443784/1‑228 (MQ=255)
aaGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCCATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTa < 2:240276/155‑1 (MQ=255)
aaGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATAGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTa > 1:240276/1‑155 (MQ=255)
aGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGGAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGAAGCGTAACGCACCCGTTGTTTTTTGTTA‑GTCTGCTAAGTGTTATCAAAATTTTATCaaaa > 1:504453/1‑228 (MQ=255)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAACAAAAGTTATCAAAACCCCt > 2:170884/1‑228 (MQ=255)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCt < 2:39226/228‑1 (MQ=255)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGGTATCAAAATTTTATCAAAAAATATTTTCAAAAccccc > 1:416451/1‑227 (MQ=255)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GACTGCTAACGGTGATCAAAACTTTATCAATAAAAGTTATCAAAAACCCt > 2:320218/1‑228 (MQ=255)
aaGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCg > 2:424841/1‑228 (MQ=255)
tggTTTGGGAGGCGGAAGTCACGCTAAAACCGTAACCTAGGGCTTCGAG‑TGTCTGGTGGGTGGCGCTAACCTGCAGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCCATCAGCGAAAACATGTAATGTCTTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCgg < 1:288271/227‑1 (MQ=255)
tGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAACCATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGTAGCGTACCGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGATGCTTACGGTTATCAGAATTTTTTCAAAAAAATTTATCAAAAACCCTCgggtgtt > 1:343871/1‑223 (MQ=255)
tGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGATCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCG‑TGTTTTTTGGTAGGGCTGCTAACGGTGATCAAAATTTTATCTAAAAAAGTTATCAAACACACTCGTTAg > 2:306395/1‑226 (MQ=255)
tGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑GGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGATTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTccag > 2:305950/1‑155 (MQ=255)
ggAACGCGCAGTCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCgt < 1:305950/157‑1 (MQ=255)
cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGGG‑TGTCTGATGGATGACGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACCCGATCATCGAAAACATGTAATGACGTAGTTTGTTAAATTTGTTAACGAGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACTGTTATCAAAATTTTTTATAAAAAATTTGTAAAAACCCCTCTGGAGTTTGTGGGt > 1:697991/1‑228 (MQ=255)
cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTTTCCAAAAAAGTTATCa > 1:5545/1‑205 (MQ=255)
cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTGGTTTTGGGGt > 2:232968/1‑228 (MQ=255)
cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGt > 2:69216/1‑228 (MQ=255)
gcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCaa < 2:5545/205‑1 (MQ=255)
aaaaaCCGTAACCTTTTGCTTCGGGTTGTCT‑ATGGATGGCGCTAAACTGCGTAAATGTTCAGAGTTTGGTGTCGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGt < 1:28427/227‑1 (MQ=255)
ccGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGGTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAggt < 2:182604/228‑1 (MQ=255)
gTAACCTATGAATTCGAG‑GGTCTGATGGTTGGCGCAAAACTTCTTAAATGTTCAGAGTTTGGTTACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAggtgg < 1:639204/228‑1 (MQ=255)
cGAG‑TGTCTTAGGGAAGGCGGTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTATGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTctactacta < 2:443784/228‑1 (MQ=255)
cGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGACAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGTTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCCACAAAAGTTTTTAAAACCCCCCGGAATTTTTGGGGTAGGCTGGCAGGGCGAGTGGTGGTTcatctaata > 1:490094/1‑220 (MQ=255)
cGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTctactacta > 2:100362/1‑228 (MQ=255)
|
GCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑CGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTA > NC_000913/1196089‑1196528
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
