Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F57 I1 R1
|
21 |
130.5 |
2698390 |
92.1% |
2485217 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,337,959 |
C→T |
intergenic (‑125/‑119) |
adhR ← / → USA300HOU_2196 |
possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,337,959 | 0 | C | T | 98.9%
| 836.7
/ ‑3.8
| 260 | intergenic (‑125/‑119) | adhR/USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base T (175/82); total (178/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CGACTTCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGATCGATTGT > CP000730/2337816‑2338104
|
cGACTTCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTCTTACTCACATTTAAATTTGTCGCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTc < 1:719170/149‑1 (MQ=255)
cGACTTCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTc > 1:1170077/1‑149 (MQ=255)
cGACTTCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTc < 1:1160115/149‑1 (MQ=255)
gACTTCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCa < 1:188400/149‑1 (MQ=255)
gACTTCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCa < 2:413060/149‑1 (MQ=255)
gTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTaa > 2:742235/1‑149 (MQ=255)
ttttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAAt < 1:220827/149‑1 (MQ=255)
tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAAtt > 1:951357/1‑149 (MQ=255)
tCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTAc > 2:55804/1‑149 (MQ=255)
cGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTaaa > 2:313445/1‑149 (MQ=255)
cGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTaaa > 1:306741/1‑149 (MQ=255)
cGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTaaa > 2:1134441/1‑149 (MQ=255)
atgaTCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATTTTTTGTAACCGTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAGTTACTTTaaaaa < 1:914861/146‑1 (MQ=255)
ccTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGta < 1:54929/149‑1 (MQ=255)
tttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCCAATTTCGGTGTATCGCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtata > 1:637412/1‑149 (MQ=255)
tttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtata > 2:1097907/1‑149 (MQ=255)
cAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACt > 2:52915/1‑149 (MQ=255)
cAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGGTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACt > 2:520153/1‑149 (MQ=255)
aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtatacgtt > 1:665300/1‑145 (MQ=255)
aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt > 2:409106/1‑149 (MQ=255)
aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt > 1:787084/1‑149 (MQ=255)
aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGGCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt > 1:1290394/1‑149 (MQ=255)
gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTATTTACTTTAAAAATTGTATAACTTa > 1:574825/1‑149 (MQ=255)
gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa < 1:586198/149‑1 (MQ=255)
gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa < 1:1058282/149‑1 (MQ=255)
gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACGTTAAAAATTGTATAACTTa > 2:1215127/1‑149 (MQ=255)
ttATGTTTGGTCGTCTAAAGTAACGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaa > 1:995294/1‑149 (MQ=255)
tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata > 1:1024039/1‑149 (MQ=255)
gTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAatat > 1:427690/1‑149 (MQ=255)
gTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAatat > 2:1313094/1‑149 (MQ=255)
tttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt > 2:1346968/1‑149 (MQ=255)
ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAttt > 1:514670/1‑149 (MQ=255)
ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAttt > 2:364638/1‑149 (MQ=255)
gtcgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa > 1:1127249/1‑149 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTGGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAt > 2:1232291/1‑149 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAt > 1:155662/1‑149 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAt > 2:170070/1‑149 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACATCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATACCTTAACTATTTAAAAt > 2:222412/1‑149 (MQ=255)
gtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAta > 2:652698/1‑148 (MQ=255)
gtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATg > 1:1219015/1‑149 (MQ=255)
aaaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGatat > 1:226951/1‑149 (MQ=255)
aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATCACTTAACTATTTAAAATtatata > 2:161557/1‑149 (MQ=255)
aaGTAATGTTGCTTTAGATAGTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTATATAT‑TTCATCGTTTTTTATTACTGTAATAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGAtata > 2:279841/1‑149 (MQ=255)
aGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa > 2:834248/1‑149 (MQ=255)
gTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTATTATTTTATTACTAAAATTTAAATGTGGAACTATCATTTCATTTT‑CATATTAAGCGTCTTCAACAACGTTTAAAATTATATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAt > 2:983429/1‑149 (MQ=255)
tAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATc > 1:133100/1‑149 (MQ=255)
tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAg > 2:106357/1‑149 (MQ=255)
cTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTAGCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATATATTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAt > 1:897732/1‑149 (MQ=255)
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atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAGTCACTAAGATTGataa > 1:452493/1‑149 (MQ=255)
tatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataac > 2:816732/1‑148 (MQ=255)
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tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCCCTAAGATTGATAATAtt > 1:855359/1‑149 (MQ=255)
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aataatcgtctcttGAATACGTCTTATTTTGTATCTTAGATTTAAAATAGACTCTTATTGAACATCTTATAG‑TTAATATCTTTTAACTAAGTTAACATTTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAGGATTGATAATAtt > 2:378162/13‑149 (MQ=255)
gTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTATATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTACGATTGATAATAttt > 1:712320/1‑149 (MQ=255)
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tCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 2:118880/1‑149 (MQ=255)
cATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTaa > 1:1034886/1‑149 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTGATAGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATATTCTATAAGATTGATAATATTTAAttttttt > 1:189554/1‑148 (MQ=255)
tttGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGa < 2:67342/149‑1 (MQ=255)
aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAatt < 1:1097907/149‑1 (MQ=255)
tACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATACTTTCAAGTCGTTTAATGGTAGAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGCAAatta > 1:39091/1‑149 (MQ=255)
aCTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAattat > 1:884782/1‑149 (MQ=255)
tttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc > 1:616354/1‑149 (MQ=255)
aCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt < 2:625574/149‑1 (MQ=255)
aCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt > 2:1331446/1‑149 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg > 2:196832/1‑149 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg > 1:963653/1‑149 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATAATTTTAGTTGAAATTTTTg > 2:1020591/1‑149 (MQ=255)
cAAATTTAACTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATATTTTGAAACTATTTTTAGGTGCAAGGTTTgg > 2:261224/1‑149 (MQ=255)
cAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGTTTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 2:568620/1‑149 (MQ=255)
cAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 1:1210034/1‑149 (MQ=255)
cAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 2:87299/1‑149 (MQ=255)
cAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGAAAttttttg > 2:1279700/1‑147 (MQ=255)
ttGTCTCTTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 2:114351/149‑1 (MQ=255)
tctTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAttt < 2:189743/149‑1 (MQ=255)
ctTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg < 1:1129679/149‑1 (MQ=255)
ctTTTTTAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg < 1:1346968/149‑1 (MQ=255)
tttttAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGTCATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg > 1:26391/1‑149 (MQ=255)
tttttAACATTTTATAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg < 2:637412/149‑1 (MQ=255)
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|
CGACTTCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACAT‑TTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGATCGATTGT > CP000730/2337816‑2338104
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
