Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A21 F117 I1 R2
|
26 |
38.4 |
896262 |
90.9% |
814702 |
136.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,337,959 |
C→T |
intergenic (‑125/‑119) |
adhR ← / → USA300HOU_2196 |
possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,337,959 | 0 | C | T | 98.1%
| 175.7
/ ‑4.0
| 52 | intergenic (‑125/‑119) | adhR/USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (31/20); total (32/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 |
TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA > CP000730/2337824‑2338096
|
ttAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTc < 1:396399/141‑1 (MQ=255)
ttAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTc < 1:351143/141‑1 (MQ=255)
ttAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTc > 1:25097/1‑141 (MQ=255)
aGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCAt > 2:386129/1‑141 (MQ=255)
cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt > 1:445954/1‑141 (MQ=255)
cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt < 1:200640/141‑1 (MQ=255)
cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACt > 1:393841/1‑141 (MQ=255)
cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACt < 1:2129/141‑1 (MQ=255)
tATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACtt < 1:325334/141‑1 (MQ=255)
ttATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGta > 1:148557/1‑141 (MQ=255)
tATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtat > 2:95339/1‑141 (MQ=255)
aTGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtata > 2:5930/1‑141 (MQ=255)
tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTATTTACTTTAAAAATTGTATaa > 2:44141/1‑141 (MQ=255)
ggTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑aa < 1:101504/141‑1 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAata > 1:240268/1‑141 (MQ=255)
gtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTCCTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑CAatat > 1:430809/1‑141 (MQ=255)
tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATAtt > 1:60010/1‑141 (MQ=255)
tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATAtt < 1:135276/141‑1 (MQ=255)
cTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATAttt > 2:286781/1‑141 (MQ=255)
cTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATAttt > 2:371094/1‑141 (MQ=255)
gTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGatat > 1:247499/1‑141 (MQ=255)
ttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCAc < 1:13164/141‑1 (MQ=255)
tatatTGTCATCTTTGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTaa < 2:366377/141‑1 (MQ=255)
ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt > 2:88866/1‑141 (MQ=255)
tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTg > 1:153990/1‑141 (MQ=255)
tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTg > 2:111679/1‑141 (MQ=255)
tCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCaaaaaaaaaaaa < 2:60010/141‑12 (MQ=255)
aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa < 1:297189/141‑1 (MQ=255)
aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa > 2:385272/1‑141 (MQ=255)
ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat > 1:125075/1‑141 (MQ=255)
tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt < 2:159946/141‑1 (MQ=255)
tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt > 2:30822/1‑141 (MQ=255)
tGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACTTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtt > 2:45105/1‑141 (MQ=255)
ttattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt > 2:421679/1‑141 (MQ=255)
ttattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt > 1:115650/1‑141 (MQ=255)
tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAtttt > 2:207967/1‑141 (MQ=255)
aCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGATTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGtt > 1:362940/1‑141 (MQ=255)
aaatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCaa < 2:123682/141‑1 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCATAGATTTTAATTACTTTAAAATTTTTATAAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTTAATTGTTATAATCACTAATATTGATAATATTTAATTTTTTTAAAATTATTTTATTTCCAATTTTTgg > 2:221034/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 1:204743/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 1:318592/1‑141 (MQ=255)
tctcTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTTGTTGATg > 2:132032/1‑141 (MQ=255)
tttttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTAATTTAAAAATTGTATAAATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAATATTTTAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:221034/140‑1 (MQ=255)
ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTATTTACTTGAATAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:351917/141‑1 (MQ=255)
ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 2:58153/141‑1 (MQ=255)
ttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt < 2:395780/141‑1 (MQ=255)
ttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt < 2:334107/141‑1 (MQ=255)
attttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTTATTTTTTGTATATTTTTTTTGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGATAATTTg > 2:14879/4‑141 (MQ=255)
aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg > 1:429444/1‑141 (MQ=255)
cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 2:438732/141‑1 (MQ=255)
cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg > 2:187811/1‑141 (MQ=255)
ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa < 1:413004/141‑1 (MQ=255)
|
TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA > CP000730/2337824‑2338096
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
