Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F106 I1 R1
|
24 |
58.2 |
1363720 |
92.2% |
1257349 |
135.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,337,959 |
C→T |
intergenic (‑125/‑119) |
adhR ← / → USA300HOU_2196 |
possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,337,959 | 0 | C | T | 98.7%
| 499.6
/ NA
| 160 | intergenic (‑125/‑119) | adhR/USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (104/52); total (107/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAT > CP000730/2337828‑2338088
|
tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATAttt > 1:583293/1‑135 (MQ=255)
ttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTc > 2:567428/1‑135 (MQ=255)
cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTTATCGTTTTTa > 2:446959/1‑135 (MQ=255)
tATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTaa > 1:570886/1‑135 (MQ=255)
ccTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTa > 1:676826/1‑135 (MQ=255)
aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCACATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 2:156503/1‑135 (MQ=255)
aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTCATTACTTTaa > 2:155945/1‑135 (MQ=255)
aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 1:450751/1‑135 (MQ=255)
aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 2:471948/1‑135 (MQ=255)
aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 1:635158/1‑135 (MQ=255)
aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATCACCTTTGATATATTGTCTGCTTCAATATAATTGTTCTGAGGTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 2:637919/1‑135 (MQ=255)
tttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGt > 1:505661/1‑135 (MQ=255)
tttGGTCGTCTAAAGTAATATTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGt > 1:102889/1‑135 (MQ=255)
ttGGTCGTCTAAAGTAATGCTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTGATTACTTTAAAAATTGta > 1:369212/1‑135 (MQ=255)
tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtat > 1:533352/1‑135 (MQ=255)
ggTCGTTTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtata < 2:210460/135‑1 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTATTTACTTTTAATATTGTATAACt > 1:480724/1‑135 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTATCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATaaat > 1:482156/1‑133 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGATAAATATAATGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACt > 1:167063/1‑135 (MQ=255)
gtcTAACGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt > 1:244908/1‑135 (MQ=255)
gtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAGATTTGTTTAACtt > 1:383383/1‑135 (MQ=255)
gtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCACCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt > 2:61424/1‑135 (MQ=255)
tctattgttttGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa > 1:152145/11‑135 (MQ=255)
tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCCTCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa > 2:394725/1‑135 (MQ=255)
tAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaaa > 1:211555/1‑135 (MQ=255)
tAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTATTCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaaa > 1:404088/1‑135 (MQ=255)
aaaGTAATGTTGCTTTATAAAATATCAACTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAat > 1:473552/1‑135 (MQ=255)
aGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATCATTATTATTTTATTAATCAGATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAAAATGTT‑ATATTTCTTCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAatct > 2:234600/1‑133 (MQ=255)
aTGTTGCTTTGTATATAGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTAAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaa > 1:290679/1‑135 (MQ=255)
aTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaa > 2:294075/1‑135 (MQ=255)
aTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaa > 1:423204/1‑135 (MQ=255)
aTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaa > 2:295075/1‑135 (MQ=255)
ttGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATATCTTAAATATTTAAAAt < 1:514363/135‑1 (MQ=255)
tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAATTg > 2:677083/1‑135 (MQ=255)
tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATg > 1:145509/1‑135 (MQ=255)
tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATg > 1:545965/1‑135 (MQ=255)
tGCTATATATATTGTCATCTTCGTTTTTATACTTATTATTTTCTTATTCCAATTTAAATTTGTTTCTATAATACCATCAT‑TAATTGAGGAGTTTTTAATTATTTTTATAAATTTATAACTTAAATTTTTatagag > 2:636689/1‑130 (MQ=255)
tttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAAAATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAGATTGTATAAATTAAATATTTAAAATGata > 2:236992/1‑135 (MQ=255)
tatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATCATATAAt > 2:511840/1‑135 (MQ=255)
atatTGTTAACTTCGTTTGTATACTTCTTATTTTATTACTGAAATTTAAATTTGTCTCTTTGTAACCAGTGT‑ACATGTCATCTTTGTTAATTACTTTAAAAATTGTCTAACTTAAATATTTAAAATGATCTAATc < 2:49899/135‑1 (MQ=255)
tatTGTTATCTTTGTTTGAATACTTCTTTTTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATCTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAATTTATATATTTAAAAAGAAATAAGCa < 1:46018/135‑1 (MQ=255)
atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc > 2:323403/1‑135 (MQ=255)
atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc > 2:575427/1‑135 (MQ=255)
tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTa > 1:364026/1‑135 (MQ=255)
tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAATTATTATAATAACTa > 2:316028/1‑135 (MQ=255)
tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTa < 2:612963/135‑1 (MQ=255)
tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑AGATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATTTAATCACTa > 2:470519/1‑135 (MQ=255)
ttttttttattACTTTTTTTTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGa < 2:98634/125‑1 (MQ=255)
ttGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataata > 2:58697/1‑135 (MQ=255)
cataccccccactttactACTCAACCTTACATCTGCCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt > 2:101613/13‑135 (MQ=255)
aaTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATAACTAAAGTGGATAATAttt > 2:358375/1‑135 (MQ=255)
aaTACTTCTTATTTTATAACTCAAATTTAAATTTATCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGCTTGATAATAttt > 1:13722/1‑135 (MQ=255)
aaTACTTCTTAGTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt > 1:337614/1‑135 (MQ=255)
ctACTTCTTATTTTATTACTCAAATTAAAACATCATACATATTTCAGGCCGT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 1:665449/2‑135 (MQ=255)
atccttcttATGTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtttc > 1:337871/4‑134 (MQ=255)
aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTGAAATGATATAATCACTAAGATTTATAATATTTa > 1:130803/1‑135 (MQ=255)
aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 1:207066/1‑135 (MQ=255)
aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATAATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 1:93013/1‑135 (MQ=255)
tACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTaa < 1:600043/135‑1 (MQ=255)
tACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATATGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTaa > 1:27032/1‑135 (MQ=255)
aCTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAt > 1:589/1‑135 (MQ=255)
tcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtttt > 1:533710/1‑135 (MQ=255)
tattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTg < 1:625401/135‑1 (MQ=255)
tattaCTTAAATTTAATTTTGTATCTCGGTTAACATTTTGTTATTTTGTAGATAAG‑ATTACTTTAAAAATTGTAGAACTTATATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAat < 1:448227/135‑1 (MQ=255)
tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAat > 1:292700/1‑135 (MQ=255)
ttaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAatta > 2:524199/1‑135 (MQ=255)
aCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTT‑TTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGTTATAATCACTAACATTTTTATTATTTAATTTTTTGATAattttt > 2:464399/1‑135 (MQ=255)
cTCACATTTAAATTTATCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt > 1:296875/1‑135 (MQ=255)
aaatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAg > 1:626730/1‑135 (MQ=255)
ttaaatttGTCTATTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATCTTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc > 2:6456/1‑135 (MQ=255)
atttGTCTCTTTTTTAACATTTG‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtt < 1:167622/135‑1 (MQ=255)
atctGTCTCTTTTTTAACTTTTT‑ATATTTCATCGTTTTTACTTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTTATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtt < 2:409323/132‑1 (MQ=255)
agttGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtt < 1:632802/133‑1 (MQ=255)
tGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTGAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAttttt > 2:463847/1‑135 (MQ=255)
tGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAttttt > 2:514432/1‑135 (MQ=255)
gTCTCTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAAATAATTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg < 2:404088/135‑1 (MQ=255)
gTCTCTTTTTTAACACTTT‑ATATTTCATCGATTTTAATTATTTTGATAATTGTTTATCTTCAATTTTGAAAATTTTATAATCATTAAGATTTATAATATTTAATGTTTTTGAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg < 2:200146/135‑1 (MQ=255)
tctcTTTTTTAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg < 2:482156/135‑1 (MQ=255)
ctTTTTTATCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAATATTTATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTg < 2:383383/135‑1 (MQ=255)
ttttttAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGGGa < 1:66684/135‑1 (MQ=255)
tttttAACATTTT‑ATATTTCATCGATTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGAGTGAt > 1:437141/1‑135 (MQ=255)
ttttAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATg < 1:323403/135‑1 (MQ=255)
tttAACATTTT‑ATATTTCATCGATTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTTTTTTTGTTGCAATGTTTGGGTGATGc > 1:324782/1‑135 (MQ=255)
ttAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCg > 2:12011/1‑135 (MQ=255)
tAACATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:471948/135‑1 (MQ=255)
aaCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgca < 2:670242/135‑3 (MQ=255)
aaCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGa < 2:547493/135‑1 (MQ=255)
aaCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGa < 1:566519/135‑1 (MQ=255)
acttttt‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 2:676826/132‑1 (MQ=255)
aCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 2:492581/135‑1 (MQ=255)
aCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 2:562615/135‑1 (MQ=255)
aCATTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGCTGCACTTTCTGAGTGATACGTaa < 2:669677/135‑1 (MQ=255)
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aTTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTTATTTTTTTTTTATTTGCAATATTTCGGTGTAGCGGagaa > 2:260592/1‑135 (MQ=255)
aTTTT‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaaaa < 2:177012/135‑1 (MQ=255)
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tttt‑ATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt < 1:639082/135‑1 (MQ=255)
|
TTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTT‑ACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAT > CP000730/2337828‑2338088
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
