Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R1
|
85 |
107.7 |
2387914 |
93.1% |
2223147 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,337,959 |
C→T |
100% |
intergenic (‑125/‑119) |
adhR ← / → USA300HOU_2196 |
possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,337,959 | 0 | C | T | 100.0%
| 425.9
/ NA
| 118 | intergenic (‑125/‑119) | adhR/USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (56/62); total (56/62) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA > CP000730/2337821‑2338096
|
tcttTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTatat > 2:604744/1‑141 (MQ=255)
cttTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAtt > 2:655775/1‑141 (MQ=255)
tttAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAttt < 2:718908/141‑1 (MQ=255)
atttCATTGCGACTATCCTTTCGGTTATGTTTGGTCTTCTTAAGTAATGTTGCTTTATTTATTGTCTTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCATATTTAAATTTTTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCg > 2:37724/2‑141 (MQ=255)
tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCTTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCTAATTTAATTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGt < 2:467046/141‑1 (MQ=255)
ttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCggt < 2:34046/141‑3 (MQ=255)
tCATTGCGATGATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGttt < 1:1249/141‑1 (MQ=255)
tCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGttt < 1:263725/141‑1 (MQ=255)
cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt > 1:1176280/1‑141 (MQ=255)
cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt > 2:314793/1‑141 (MQ=255)
cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt > 1:902232/1‑141 (MQ=255)
cATTGCGACTATCCTTACAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt > 2:588187/1‑141 (MQ=255)
aTTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGttttt > 2:12606/1‑141 (MQ=255)
aTTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGttttt > 1:481951/1‑141 (MQ=255)
ttGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTTCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTa < 2:432014/141‑1 (MQ=255)
ttGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTa > 1:1124258/1‑141 (MQ=255)
tGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAAGTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTaa < 2:94061/141‑1 (MQ=255)
cGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAtt > 1:903506/1‑141 (MQ=255)
cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACt < 2:493684/141‑1 (MQ=255)
cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACt < 2:59597/141‑1 (MQ=255)
tATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTACAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATATTCGTTTGCATACTTCTACTTTTACTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTaaagtaat < 1:1009154/141‑7 (MQ=255)
ccTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa > 2:179487/1‑141 (MQ=255)
ttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCCTCGTTTTTAATTACTTTaaaaa > 2:451636/1‑141 (MQ=255)
tCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTaaaaaaaaaaaaaaat < 2:386206/141‑14 (MQ=255)
aTGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtata < 2:693705/141‑1 (MQ=255)
gTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAc > 2:989101/1‑141 (MQ=255)
tttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACt < 1:981189/141‑1 (MQ=255)
ggTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaa > 1:286849/1‑141 (MQ=255)
gtcgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaaa < 2:682719/141‑1 (MQ=255)
gtcgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaaa < 1:7426/141‑1 (MQ=255)
tcTATAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt < 2:1058152/141‑1 (MQ=255)
tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt < 1:419566/141‑1 (MQ=255)
tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt < 1:848589/141‑1 (MQ=255)
aGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaaa > 2:122624/1‑141 (MQ=255)
gTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAt > 2:912028/1‑141 (MQ=255)
gTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAt > 2:912043/1‑141 (MQ=255)
aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTAAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGa > 1:901948/1‑141 (MQ=255)
aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTNCTTATGCTATTCCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGa > 1:141702/1‑141 (MQ=255)
aTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTATATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGat > 1:892626/1‑141 (MQ=255)
tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTTTTTTTTTTTATAATTGTATAACTTAAATATTTTAATTGATATaa > 2:1017542/1‑141 (MQ=255)
gCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAt > 1:434987/1‑141 (MQ=255)
tatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTaa > 1:157235/1‑141 (MQ=255)
tatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTaa > 2:624391/1‑141 (MQ=255)
atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAg > 2:243830/1‑141 (MQ=255)
ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt < 2:77776/141‑1 (MQ=255)
tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTg > 2:397965/1‑141 (MQ=255)
tCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGat < 1:956218/141‑1 (MQ=255)
tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt < 1:905441/141‑1 (MQ=255)
tttGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTaa > 1:994975/1‑141 (MQ=255)
ttGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑t > 2:96859/1‑141 (MQ=255)
gAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTAAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑ttt > 1:413640/1‑141 (MQ=255)
aaTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑tttt > 1:1188683/1‑141 (MQ=255)
aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTTTTTTTTTTTAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAATATTGATAATATTTAA‑ttttt > 2:1107688/1‑141 (MQ=255)
aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑ttttt > 2:963021/1‑141 (MQ=255)
aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑ttttt > 1:627397/1‑141 (MQ=255)
tACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑tttttt > 1:736232/1‑141 (MQ=255)
aCTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTg < 2:257081/141‑1 (MQ=255)
cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGa < 2:1024482/141‑1 (MQ=255)
cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGa < 1:1046006/141‑1 (MQ=255)
tcttATTTTATTTCTCACATTTCAATTTTTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGaaa < 2:834322/141‑1 (MQ=255)
ttttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAattat > 2:636082/1‑141 (MQ=255)
tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTATTATTTTTTTTTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑CTTTTTGAAAATTAtttt > 2:709993/1‑141 (MQ=255)
tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCTATTTTAATTACTTTAAAAAATGTAAAACTTTAATCTTTAAAAACATAAAATTACTCAGATAGATCAAATTTTA‑tcttcttattatctctct > 2:392538/1‑127 (MQ=255)
tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTAtttt > 1:406142/1‑141 (MQ=255)
ttaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAg < 2:1188683/141‑1 (MQ=255)
taCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑t > 2:778960/1‑121 (MQ=255)
taCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑t < 1:778960/121‑1 (MQ=255)
aCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGtt < 1:604106/141‑1 (MQ=255)
aCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGtt < 1:280966/141‑1 (MQ=255)
cTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTCTTTTTTTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATACTCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAATTTATTTTTGttt > 2:752564/1‑140 (MQ=255)
cTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTACGATTGCTACTATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTg > 1:837873/1‑141 (MQ=255)
cTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTg < 1:633919/141‑1 (MQ=255)
cTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTg < 1:941508/141‑1 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc < 2:1174309/141‑1 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc < 1:680620/141‑1 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc < 2:745187/141‑1 (MQ=255)
cAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCa < 1:238635/141‑1 (MQ=255)
aaatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCaa < 2:491447/141‑1 (MQ=255)
aaatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCaa > 2:219515/1‑141 (MQ=255)
ttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt < 2:775801/141‑1 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAGAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATATTAGTTGCAATTTTTgg > 2:564093/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTTTTTTTTATTTTAGTTGCAAttttttg > 2:1019997/1‑139 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAATTTTTTTTTAGTTGCAAttttttt > 2:1077602/1‑139 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 1:1091890/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 2:257996/1‑141 (MQ=255)
tctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCg < 2:917747/141‑1 (MQ=255)
tctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCg > 1:1098395/1‑141 (MQ=255)
ctTTTTTTACATTTTATATTTCAATTTTTTTAATTACTTTATAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATATTCACTAGGATTGATAATATTTTA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 2:236217/141‑1 (MQ=255)
ctTTTTTATCTTTTTATTTTTCATCGTTTTTAATTACGTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:587265/141‑1 (MQ=255)
ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:948226/141‑1 (MQ=255)
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|
TCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAA‑TTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA > CP000730/2337821‑2338096
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
