Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F184 I0 R1
|
45 |
69.8 |
1527574 |
94.8% |
1448140 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
396,540 |
G→A |
100% |
A208T (GCA→ACA) |
USA300HOU_0364 → |
possible lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 396,540 | 0 | G | A | 100.0%
| 243.9
/ NA
| 83 | A208T (GCA→ACA) | USA300HOU_0364 | possible lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (46/37); total (46/37) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTC > CP000730/396407‑396676
|
aGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaa < 1:106941/140‑1 (MQ=255)
atatCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaaa < 1:474571/140‑1 (MQ=255)
atCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAt > 1:544889/1‑140 (MQ=255)
tCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAtt > 2:697763/1‑140 (MQ=255)
cATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTAAAGGCACACAAAAAAttt > 1:163637/1‑140 (MQ=255)
tACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTAt > 1:202110/1‑140 (MQ=255)
tACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCAAAAGACAAATTTAt > 1:239950/1‑140 (MQ=255)
aCCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATAAAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCAAACAAAAAATTTATg > 2:728693/1‑140 (MQ=255)
ccAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGa > 1:51463/1‑140 (MQ=255)
ccAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGa > 2:707798/1‑140 (MQ=255)
ccaaaTGAATGTTAAACGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCATCTTCTAAAATCACAAGTGAAGAAGAAATTTATTCACATTCAGATTTATATGATGTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGAc < 1:191064/138‑1 (MQ=255)
aaaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 1:700727/140‑1 (MQ=255)
aaTTAATGTTACAAAGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGGAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTCGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa > 2:517245/1‑140 (MQ=255)
aTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTAt > 1:278194/1‑140 (MQ=255)
tgaTGTGACAAAGTTAAGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATGACAGCTGAAGAAGAAATCTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAATCGAACGTTAAAAAAAAACAAAAAATTTATGACTTAttt < 2:643673/138‑1 (MQ=255)
aaTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTAATCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTa > 1:405418/1‑140 (MQ=255)
aTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTaaa > 2:453032/1‑140 (MQ=255)
tGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa > 1:575509/1‑140 (MQ=255)
gTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAc > 2:156024/1‑140 (MQ=255)
gTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAc > 1:601051/1‑140 (MQ=255)
ttACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAcc < 1:182205/140‑1 (MQ=255)
ttCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTag > 1:344751/1‑140 (MQ=255)
ttCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTag > 2:587370/1‑140 (MQ=255)
tGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGGGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACCCAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTGgaga > 2:413734/1‑140 (MQ=255)
tGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaa > 1:594281/1‑140 (MQ=255)
aCCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaaa < 1:127253/140‑1 (MQ=255)
tATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAAAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAt < 2:200006/140‑1 (MQ=255)
ttAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATaa > 2:664000/1‑140 (MQ=255)
tAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACTGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAt > 1:481199/1‑137 (MQ=255)
tAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAt < 2:481199/137‑1 (MQ=255)
aaTGAAGTTGCAACTTCTAAAGTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGAAACCACAAAATGTGTGGCTTTTTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATaaaaa > 2:533685/1‑140 (MQ=255)
aaTGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATaaaaa < 1:584362/140‑1 (MQ=255)
aaTGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAAATaaaaa > 1:188684/1‑140 (MQ=255)
aaTGAAGTTGCAACTACTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAACGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAAATaaaaa > 2:397957/1‑140 (MQ=255)
aTGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATaaaaaa < 1:369944/140‑1 (MQ=255)
ttaaGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTATAGCTAACTTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAAt < 1:555944/138‑1 (MQ=255)
tGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTCTTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGTCACACAAAAATTTTTTGACTTATTAAAACCTATTTTAGAGAAaaaaaataaaaaat > 1:277040/1‑140 (MQ=255)
tGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAACGATAAAAAAt > 1:408443/1‑140 (MQ=255)
aaGTTGCAACTTGTAAAATCACAGGTGAAGAACAAATTTATAACAACACAAATACATAGGATTTTAAAGAGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAAAGAACATTa > 2:346620/1‑140 (MQ=255)
cAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGAGTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTCAACCTATTTTAGATAAAAAAGATAAAAAACTAAGtgat < 1:488723/140‑1 (MQ=255)
cAACTTATAAAATCATAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACTTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgat < 1:65378/140‑1 (MQ=255)
aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCAAATACGGATTTATATGATTTTAAAGCAAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTCCTGACTTAATTAAACCTATTTTGAAGAAAAAAAATAAAAAAAAAAGtgata > 2:60206/1‑139 (MQ=255)
aCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatga > 2:183361/1‑140 (MQ=255)
ttCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAATGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGata < 1:325570/140‑1 (MQ=255)
ttCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGata < 1:642799/140‑1 (MQ=255)
tgcataaaTTACAGGTGAAAAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAATGTTAAATGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGata < 2:645250/135‑1 (MQ=255)
tCTAAAATCACAAGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGatat < 2:82355/140‑1 (MQ=255)
aaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATAAAGTGATGATATCCaa > 2:637597/1‑140 (MQ=255)
aTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAAt < 2:753270/140‑1 (MQ=255)
tCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATg < 2:132645/140‑1 (MQ=255)
acataGGTGAAGAAGAAATTTATTCACAAACAGATTTATATGACTTTAAAGCGCACGTAGAAAACACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAACAAAATAAAAAAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATg < 2:701062/136‑1 (MQ=255)
gTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTc > 2:233803/1‑140 (MQ=255)
agcagagATTTATTCACATACATATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAATAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATa < 2:410964/137‑1 (MQ=255)
agaagaaATTTATTCACATACATATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATa < 2:592584/140‑1 (MQ=255)
agaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAACAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGCTATCCAAATGAACTTCGATa > 1:575420/1‑140 (MQ=255)
aagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATaaa > 2:490796/1‑140 (MQ=255)
gaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGt < 2:363339/140‑1 (MQ=255)
aaaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTCTGACTTATTTAAACCTATTTAAGAGAAAAAAGATCCAAAATTAAGTGATGATATACAAATGAACTTCGATAAAGTg > 2:205230/1‑140 (MQ=255)
aaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACTAAAATAAAATATGTCCTATTTAAACCGATGTTTGAGATAAAATATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGa < 1:149993/140‑1 (MQ=255)
aTTTACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTTAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCaa > 2:368086/1‑140 (MQ=255)
aTTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAACTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCaa > 1:671158/1‑140 (MQ=255)
gtCACATACAGATTTATATGATTTTAAATCGAACGTTGAAGGTACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAat < 2:470568/139‑1 (MQ=255)
tACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACAC‑AAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGa < 1:97823/140‑1 (MQ=255)
aCAGATTTATATTATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATTACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGa < 1:639402/140‑1 (MQ=255)
aCAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGa < 2:581125/140‑1 (MQ=255)
cAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGAt < 1:274219/140‑1 (MQ=255)
cAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAGAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTTAATCAATTATTGGAt < 2:278194/140‑1 (MQ=255)
aGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATa < 1:125484/140‑1 (MQ=255)
aGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATa < 1:250962/140‑1 (MQ=255)
gATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATaa > 2:752354/1‑140 (MQ=255)
tataTGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACAAAAAAAATTTATGACTTATTTAAAACTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAatat < 2:404119/140‑1 (MQ=255)
tatGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAATGAGGCAATTATTAGATAAATATaa > 1:511351/1‑140 (MQ=255)
gATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa < 2:615890/140‑1 (MQ=255)
gATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa < 1:574819/140‑1 (MQ=255)
aTTTTAAAGAGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTGTAGAGAAAAAAGATAACAAATTAAGTGATGATATACAAATGAACTTCGATAAAATGAATCACTTATTGGATaaaaaaacacac > 2:664350/1‑131 (MQ=255)
gCGAGCGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg > 2:526416/1‑140 (MQ=255)
gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGCTAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg > 1:214500/1‑140 (MQ=255)
gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAGTTATCATATAAATATAAAGATAACAAcgg > 1:203738/1‑140 (MQ=255)
gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATAAATTATTGGATAAATATAAAGATAAAAAcgg > 2:136244/1‑140 (MQ=255)
gTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTa > 1:653063/1‑140 (MQ=255)
gTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTa > 1:582988/1‑140 (MQ=255)
tGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTTTTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCAAAATGAACTTCTATAAAGTGAAGAAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATg > 1:201851/1‑140 (MQ=255)
ggCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTc < 1:269122/140‑1 (MQ=255)
|
AGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTC > CP000730/396407‑396676
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
