Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F174 I0 R1
|
51 |
81.0 |
1740380 |
95.7% |
1665543 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
396,540 |
G→A |
100% |
A208T (GCA→ACA) |
USA300HOU_0364 → |
possible lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 396,540 | 0 | G | A | 100.0%
| 218.8
/ ‑6.5
| 71 | A208T (GCA→ACA) | USA300HOU_0364 | possible lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (47/23); minor base C (1/0); total (48/23) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTCA > CP000730/396403‑396677
|
cATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAAGTAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGATCGTTGAAGGCacac < 2:588545/141‑1 (MQ=255)
atCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAtt > 1:726062/1‑141 (MQ=255)
cATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAtttt > 2:96733/1‑140 (MQ=255)
cATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTCTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGACCACAAAAAATTTa > 2:679482/1‑141 (MQ=255)
aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGAACTATTAAATGAAGTTGCTACTTCTAAAATCACAGGAGAGGAAGAAATTTATTCACATACAGGTGTATATGATTATAAAGCGAACGTTGAATGCAGCCAAAAAATTTAt > 2:635242/1‑141 (MQ=255)
aCCAAAATTAATTCTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAACTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATCCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGa < 1:792307/141‑1 (MQ=255)
cAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt > 1:381602/1‑141 (MQ=255)
cAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 2:508119/141‑1 (MQ=255)
aaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa > 2:372463/1‑141 (MQ=255)
aTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:424885/141‑1 (MQ=255)
aTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:689230/141‑1 (MQ=255)
tGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAc > 2:800480/1‑141 (MQ=255)
gTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAct > 2:657598/1‑140 (MQ=255)
aaGGTTCTGTTGACTTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAttt < 2:756888/141‑1 (MQ=255)
ggTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAAGGCGCAAGTCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTa > 1:586060/1‑141 (MQ=255)
ggTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATGTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTa > 1:495961/1‑141 (MQ=255)
tCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTaaaa > 2:193474/1‑138 (MQ=255)
gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTTTAAAATAACAAGTAAAGAAAAAATTTATACACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCAAATAAAAAGaaaaaa < 2:486875/141‑1 (MQ=255)
ccTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGa < 1:43449/141‑1 (MQ=255)
aTGAAGTTGCAACTTCTAAAATAACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAAt < 1:423626/141‑1 (MQ=255)
aTGAAATTGCAACCTCTAAAATCCCAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAAt < 1:543261/141‑1 (MQ=255)
gTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAgg > 2:719851/1‑140 (MQ=255)
tGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtga > 1:271951/1‑141 (MQ=255)
aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatga < 2:332942/141‑1 (MQ=255)
aCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTgatgat > 1:536914/1‑141 (MQ=255)
cTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTAATGata > 2:500240/1‑141 (MQ=255)
cTTCTAAAATCACAGATGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAATTATGACGTATTTAAACCTATTTTATACACAAACGGTAAAAAATTAAGTAATGata > 1:638928/1‑141 (MQ=255)
tCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATATATGCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATc < 1:655936/141‑1 (MQ=255)
cTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATcc > 1:26323/1‑141 (MQ=255)
aaaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaa > 2:35313/1‑141 (MQ=255)
aaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaag > 1:220364/1‑140 (MQ=255)
cacaGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAGAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATGTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAATGATAATATACAAATGaa > 2:665505/1‑141 (MQ=255)
cacaGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGaa > 2:774704/1‑141 (MQ=255)
acaGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAAc > 2:553271/1‑141 (MQ=255)
aaGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATAAAAATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTAAAGGCAAACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACt < 2:161386/140‑1 (MQ=255)
gTGCAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCg > 1:737019/1‑141 (MQ=255)
tGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTAGa > 2:807114/1‑141 (MQ=255)
tGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATATTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGGGAAAAAAGATAAAAAATAAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGa > 2:143232/1‑141 (MQ=255)
aagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATa < 2:818850/141‑1 (MQ=255)
gaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATaaa < 1:800480/141‑1 (MQ=255)
gaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTg > 1:840504/1‑141 (MQ=255)
aaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAATGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa > 2:697935/1‑141 (MQ=255)
tttATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATc > 1:397342/1‑141 (MQ=255)
tttATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATc > 2:759417/1‑141 (MQ=255)
tttATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATc > 2:110853/1‑141 (MQ=255)
tATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCaa > 1:281424/1‑141 (MQ=255)
aTTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAat > 2:777780/1‑141 (MQ=255)
acaTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTACACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATTAAATGACTCAattagt > 2:623865/1‑139 (MQ=255)
caTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATGATTg > 1:244706/1‑141 (MQ=255)
aacaCAGATTTATAAGATTTTAAAACGAAATTAGAACGCACAAAAAAAATTTATGATTTATTTAAACCTATTCTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTTAATCAATTATTg < 2:239348/138‑1 (MQ=255)
gATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATaaa > 2:705981/1‑141 (MQ=255)
aTTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAat > 2:861960/1‑141 (MQ=255)
tataTGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAACAATTATTCCTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCACTTATTGGATAAAtata > 1:379124/1‑141 (MQ=255)
tGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa > 1:143635/1‑141 (MQ=255)
tGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa > 1:309035/1‑141 (MQ=255)
gtaaaaggAACGTTGAAAGCACACAAAAAATTGATGACTTATTTAAAGCAATAAAAAAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaaca < 2:785712/134‑1 (MQ=255)
tAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaacaa < 1:656945/141‑1 (MQ=255)
tAAAGCAAACGTTGAAGCCACACAAAAAATTGATGACTTATTAAAACCGATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTTATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaacaa < 2:764282/141‑1 (MQ=255)
aaaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaacaac > 2:736483/1‑141 (MQ=255)
aaaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaacaac > 1:785465/1‑141 (MQ=255)
aaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcg > 1:426794/1‑141 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCCATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg < 2:834041/141‑1 (MQ=255)
gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggc > 1:711441/1‑141 (MQ=255)
aaCGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGGTAAAAATAAAGATAACAACGGCGGt < 2:397342/141‑1 (MQ=255)
cggtGAAGGCAAACATAAAATTTATGACTTATTTAAACTTGTTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTa < 2:514334/138‑1 (MQ=255)
gTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATAATTGAATAAATATAAAGATATCAACGGCGGTTaa > 2:622830/1‑140 (MQ=255)
ttGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATg > 2:824539/1‑141 (MQ=255)
ttGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGCCGTTTATg > 2:189840/1‑141 (MQ=255)
ttGAAGGCACACAAAAAATATATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACATCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATg > 1:482865/1‑141 (MQ=255)
tGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGa > 1:824131/1‑141 (MQ=255)
gAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAg < 2:381602/141‑1 (MQ=255)
ggCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTCa < 1:132364/141‑1 (MQ=255)
|
CATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTCA > CP000730/396403‑396677
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
