Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F67 I0 R1
|
51 |
74.6 |
1619566 |
95.7% |
1549924 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
396,540 |
G→A |
100% |
A208T (GCA→ACA) |
USA300HOU_0364 → |
possible lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 396,540 | 0 | G | A | 100.0%
| 281.9
/ ‑6.5
| 86 | A208T (GCA→ACA) | USA300HOU_0364 | possible lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (35/50); minor base C (0/1); total (35/51) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGT > CP000730/396407‑396675
|
aGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaa < 2:465995/141‑1 (MQ=255)
aGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaa < 1:395556/141‑1 (MQ=255)
aGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaa < 2:516940/141‑1 (MQ=255)
atatCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaaaa > 2:279926/1‑141 (MQ=255)
cATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTa > 1:803271/1‑141 (MQ=255)
aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTaa > 2:805820/1‑140 (MQ=255)
aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTAt > 2:269865/1‑141 (MQ=255)
aCCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAGATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACTAAAAATTTATGa > 2:131857/1‑141 (MQ=255)
cAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 1:699011/141‑1 (MQ=255)
aaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa < 2:482488/141‑1 (MQ=255)
aaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa < 1:34652/141‑1 (MQ=255)
aTGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:463844/141‑1 (MQ=255)
gTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAcc > 2:766075/1‑141 (MQ=255)
aGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAtttt < 1:564148/141‑1 (MQ=255)
aGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAtttt < 1:807745/141‑1 (MQ=255)
ggTTCTTTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTa < 1:29626/141‑1 (MQ=255)
ggTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTAAATAAAGTACAGAGTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCAAGTAAAAAATTTATGACTTTTTTaattcaaaaaaa < 2:32723/141‑11 (MQ=255)
ggTTCTGTTGACCTATTAAAGGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTCATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTa < 1:419371/141‑1 (MQ=255)
gTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAACTAGCTGGCGATGAAGAACTGTTTTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAGTTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaa > 1:190624/1‑141 (MQ=255)
gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaaa > 1:554777/1‑141 (MQ=255)
gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaaa > 1:734720/1‑141 (MQ=255)
gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACAGACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACTTGGAATGCACACAAAAAATTTATTACTTATGTATACCAATTATGGAGaaaaaa > 1:772431/1‑141 (MQ=255)
ccTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGa < 2:432826/141‑1 (MQ=255)
tATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATa < 1:653914/141‑1 (MQ=255)
ttAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTCTCTGATTGTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGCAAAAAGATaaa > 2:87615/1‑141 (MQ=255)
ttAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAACAGATaaa > 1:209118/1‑141 (MQ=255)
catcTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatg < 2:728228/138‑1 (MQ=255)
caatgtCTAAAACCATAGGTGAATAAGAAATTTCTTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACCAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAGGATAAAGAATTAAGtgatg < 2:453825/136‑1 (MQ=255)
aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatga < 2:406899/141‑1 (MQ=255)
aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatga < 2:464078/141‑1 (MQ=255)
atatAAAAACAAAGGAGAAGAAGAAATTTAATCACATACAGAGATATATGATTTTATAGCGAACGTTGAAGGCAAAAAAAAAATTTATGACTTATTTAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGatat < 2:175329/138‑1 (MQ=255)
aaaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaa < 1:577399/141‑1 (MQ=255)
aatttacagtgtaagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 2:806492/129‑1 (MQ=255)
aaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 1:783234/141‑1 (MQ=255)
aaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 1:334723/141‑1 (MQ=255)
aaaTCACAAGTGAAGAAGAAATTTATTTAAATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAATCCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 2:515369/141‑1 (MQ=255)
aaaTCAAAGTCGAATAAGAAATTTACTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 2:124528/141‑1 (MQ=255)
aaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGGCGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAAt < 1:187684/141‑1 (MQ=255)
aaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAAt > 2:773433/1‑141 (MQ=255)
aTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATg < 1:544154/141‑1 (MQ=255)
aTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTAACATAAAGATTTATACGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATg < 1:752038/141‑1 (MQ=255)
tCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGa > 2:582392/1‑141 (MQ=255)
gTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCg > 1:696442/1‑141 (MQ=255)
gTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATAAACTTCg > 2:360609/1‑141 (MQ=255)
tagaagaaATTTATTCAAATACCGATGTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATa < 2:401317/140‑1 (MQ=255)
agaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGCTATCCAAATGattctctatag > 2:165213/1‑131 (MQ=255)
aagttATTCACATACATATTTATATTATGTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa < 2:729916/138‑1 (MQ=255)
aaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa < 1:83343/141‑1 (MQ=255)
aaTTTATTCAAATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa < 1:66350/141‑1 (MQ=255)
tATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCaa > 1:401317/1‑141 (MQ=255)
acaTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAACTGAACTTCGATAAAGTGAATCAattatt < 1:513536/141‑1 (MQ=255)
acaTACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAAAGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTGTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAattatt < 2:217572/141‑1 (MQ=255)
aaaGATATATATGATTTTAAAGTGAACGTAGAAAAAAAAAAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGAt < 2:803271/139‑1 (MQ=255)
cAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACATAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATGAATTATTGGATa < 1:572284/141‑1 (MQ=255)
tttATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAata > 2:86771/1‑141 (MQ=255)
tttATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTAGCTAAAGTTAATCAATTATTGGATAAata > 2:165569/1‑141 (MQ=255)
tataTGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAAtata > 1:467873/1‑141 (MQ=255)
atatGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATaa < 1:269865/141‑1 (MQ=255)
atatGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATaa > 1:288864/1‑141 (MQ=255)
tGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa > 1:471135/1‑141 (MQ=255)
tGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa > 1:340210/1‑141 (MQ=255)
tGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGa < 1:661736/141‑1 (MQ=255)
tgttttAAAGCGAACGTGGAAGGCATAAAAAAAATTTATGTCTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAAGTAAGTTATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGAt < 1:122965/139‑1 (MQ=255)
tttAAACCGAACGTTGAAGGCCAACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAATTCAGAGAAAAAAAATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAAGATAAAGATaac < 2:104302/141‑1 (MQ=255)
ttAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaaca > 2:190054/1‑141 (MQ=255)
aaaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATAATTGGAAAAATATAAAGATaacaac > 1:184371/1‑141 (MQ=255)
atcGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg < 1:165569/139‑1 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGCTAAATATAAAGATAACAAcgg > 2:207286/1‑141 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg > 2:705990/1‑141 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg > 1:681913/1‑141 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg < 1:86771/141‑1 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCAAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTAGTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg > 2:317048/1‑141 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATATATGACTTATTTAAACCTATTGTAGAGAAAAAAGATACCCAGGGAGGGGATGATTTCCCCGTCAACCTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg < 1:190054/141‑1 (MQ=255)
aGCGAACGTTGAAGGCAAACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg < 2:184209/141‑1 (MQ=255)
gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAACGGAATCAATTATAGGAGAAATATAAACATAACAAcggc > 2:31004/1‑141 (MQ=255)
cGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAACGTGAATCAATTATTGGATAAAAATAAAGATAACAAcggcg > 2:412953/1‑141 (MQ=255)
cGAACGTTGAAAGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggcg < 2:629246/141‑1 (MQ=255)
gTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATTATATTCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTAt < 1:170288/141‑1 (MQ=255)
ttGAAGGCACACAAAAACTTTCTGACTTGTTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATg > 2:373240/1‑141 (MQ=255)
ttGAAGGCACACAAAAACTGTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGCGAAAGAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGCATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTAta > 2:16914/1‑140 (MQ=255)
tGAAGGTACACAAAAAAGTTATGACTTATTTAAATCTAAAAAAAAAAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGa < 2:660024/141‑1 (MQ=255)
gAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAg < 1:766075/141‑1 (MQ=255)
gAAGGCACACAAAAAATTTACGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAAGATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAg > 1:489869/1‑141 (MQ=255)
aaGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGt < 1:626718/141‑1 (MQ=255)
aaGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGt < 1:398639/141‑1 (MQ=255)
aaGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGt < 1:659803/141‑1 (MQ=255)
|
AGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGT > CP000730/396407‑396675
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
