Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F184 I0 R1
|
45 |
69.8 |
1527574 |
94.8% |
1448140 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
629,681 |
C→A |
100% |
L84I (CTA→ATA) |
hxlA → |
possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 629,681 | 0 | C | A | 99.0%
| 180.1
/ ‑6.4
| 62 | L84I (CTA→ATA) | hxlA | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (32/27); minor base G (1/1); total (33/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTG > CP000730/629547‑629816
|
aaGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACAGGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAGTAATAGgt > 2:57290/1‑140 (MQ=255)
gTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACTTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTCATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGtt < 2:425016/140‑1 (MQ=255)
tttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAAATTGACGCGGATGTAATTACAATAAAAGGTATTg > 2:448786/1‑140 (MQ=255)
aCCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCag < 2:737085/140‑1 (MQ=255)
cagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTTCAGAAGAt > 2:51116/1‑140 (MQ=255)
gtgaaaCAGATGGCAGACAACATTAGGAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGc < 2:64600/137‑1 (MQ=255)
gtcaaaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGc < 2:262051/137‑1 (MQ=255)
gTTAAACATATTGCAGACAATATTAATAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGc < 2:240044/140‑1 (MQ=255)
ttAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCa > 2:722857/1‑140 (MQ=255)
aatatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAt < 1:726581/139‑1 (MQ=255)
tatGGCAGACAACAGTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTATAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTa < 2:320402/140‑1 (MQ=255)
tGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTCTTAGCAGTCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTaaa < 2:414463/140‑1 (MQ=255)
cAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTAGGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGAATCAATTAAagca > 2:609257/1‑140 (MQ=255)
cAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACAGGAAAATTATAGATGCAGCTGATTAGGAAGTTAGCAAAGCAATTAAATTTGGAGCGAATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAaaca > 2:110560/1‑140 (MQ=255)
cAGACAAAATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagca > 1:478730/1‑140 (MQ=255)
tattttattcatatAAAAGTTTTAGTATTCACGAAAAGTAAAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt < 1:549089/127‑1 (MQ=255)
aacaTTAGTAAAGGAAAAGGATTAGCAAACATGAAAAATATAGATGCAGCTGATTAAGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt < 1:585120/140‑1 (MQ=255)
acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagcagcactg > 2:761215/1‑136 (MQ=255)
acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAtt > 2:139732/1‑140 (MQ=255)
caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGTGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGGGAAAGATGCATAAATTAAAGAAGCTATTg > 2:204692/1‑140 (MQ=255)
tAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATGgaag > 1:322633/1‑140 (MQ=255)
aGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCAGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaaga < 1:29272/140‑1 (MQ=255)
aGTAATCTAAAAGTATTAGCAGACATGAAATTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCCATTAAATTTGGCGCGGGTGTCATTACAATATTAGGTGTTGCGGAAGATGCATCAATTATGGCGGCTATTgaaga < 2:149717/140‑1 (MQ=255)
aaTGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAACTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 2:386901/140‑1 (MQ=255)
gTAAAAGTATTAGCAGCAATGAAAATTATAGATGAAGCTGCTTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATCGGTGTTGCAGAAGAGGCATCAATTCACACAGCTATTGATGAAGCTcc > 2:615402/1‑139 (MQ=255)
aaaaGTATTAGCAGACATGAAAATTAGAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATa < 2:342632/140‑1 (MQ=255)
aaaaTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAGGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaa < 1:739438/140‑1 (MQ=255)
aaaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaa < 1:570453/140‑1 (MQ=255)
aaaGGAATAGAAGACATAAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaa < 1:739371/140‑1 (MQ=255)
tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCGTCAATTGAAGAAGCTATTAAAGAAGCTCATAAAaat > 1:182637/1‑140 (MQ=255)
tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaat > 2:407762/1‑140 (MQ=255)
tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaat > 2:470280/1‑140 (MQ=255)
tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCAAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaat > 2:491165/1‑140 (MQ=255)
ttAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCGATTAAAGCAGCTATTGAATAAACCCATaaaaaaaa > 2:99368/1‑140 (MQ=255)
ttAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaataa > 2:64895/1‑140 (MQ=255)
aGACATGAAGATGAGAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCACTGAAGTAAATTGTGCGCGCTTCTAAGTAATATTGTAGTTTATGGAGAGGATTCATCAATTAAAACAGCTATTTAAGAAGCTCGTAAAGatcatatga < 2:271624/140‑4 (MQ=255)
gACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCAAAGCAATTAAATGTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACa < 1:292333/140‑1 (MQ=255)
aCATGAAAATTATATATGCAGCTGATTATCAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGGGTTGCAGAAGATGCATCAATTAATGCAGCTATTGAAGAAGCTAATATAAAGAAGAAACag < 2:165767/140‑2 (MQ=255)
aTGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAtt > 2:87062/1‑140 (MQ=255)
gAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTAc > 2:306234/1‑140 (MQ=255)
aaaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACt > 2:29476/1‑140 (MQ=255)
aTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGt < 2:249795/140‑1 (MQ=255)
ttATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAGTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAGAATTACTAGtt > 2:529894/1‑140 (MQ=255)
tGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGa < 2:66029/140‑1 (MQ=255)
gCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATCAAAATAATAAACACTTGCTAGTTGatgcaag > 2:716779/1‑135 (MQ=255)
gtttATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGt < 1:436169/138‑1 (MQ=255)
ttATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTc < 1:448786/140‑1 (MQ=255)
aGCCAAGCAATTAAATTTGGCGATTGTTTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGa > 1:368474/1‑140 (MQ=255)
cAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGACTGCTGTTCAAGATTTATaaaa > 2:585238/1‑140 (MQ=255)
aaGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATAACAGTAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGAAATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaaaa > 1:481696/1‑140 (MQ=255)
aaTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGACGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTg < 2:461495/140‑1 (MQ=255)
ttAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTgaa > 1:177104/1‑138 (MQ=255)
ttAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCACATAAAAATAATAAAAAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTgaa > 1:59121/1‑138 (MQ=255)
tgtgtttGGCGCGGATTTAATTACAATAAGTGGTGTTGCAGAAGATGTATGAATTAATGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATCAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaa < 2:574181/136‑1 (MQ=255)
tAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAGTAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGaaa > 2:108669/1‑140 (MQ=255)
aaaTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAAAATTACTAGTTACTATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGGaaa > 2:58958/1‑140 (MQ=255)
ggCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACt < 2:284690/140‑1 (MQ=255)
ggCGCGGATGTAATTAAAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACt < 1:598898/140‑1 (MQ=255)
acgGATGTAAGTACAATAATAGGTGTTTGAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGATATTGGAGAAGCTCATCAAAATAATAAACAATGACTAGTCAATATAATAGCTGTTCAAGATTTACAAAACCTTGAAAAAGAATTaaa > 2:28253/2‑138 (MQ=255)
gATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGa > 1:27465/1‑140 (MQ=255)
gATGAAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAATAAAGAAGCTAATTGAGAGGCTCAGAGAAATAATAAACAATTACGAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGa > 2:41905/1‑140 (MQ=255)
tGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGaaa < 2:322633/140‑1 (MQ=255)
aataatAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTg < 1:260975/140‑1 (MQ=255)
|
AAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTG > CP000730/629547‑629816
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
