Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F22 I1 R1
|
21 |
115.3 |
2512058 |
90.2% |
2265876 |
148.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
629,681 |
C→A |
L84I (CTA→ATA) |
hxlA → |
possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 629,681 | 0 | C | A | 97.9%
| 288.9
/ NA
| 95 | L84I (CTA→ATA) | hxlA | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base A (47/46); total (49/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTACAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTG > CP000730/629539‑629825
|
ttACAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGAAAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGgt < 2:650568/148‑1 (MQ=255)
aaCGAAGGTTTACCAGCAGTAAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTg < 1:128737/148‑1 (MQ=255)
aCGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAGTGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCCCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGc > 1:548619/1‑148 (MQ=255)
cGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTCCAATAATAGGTGTTGCa > 2:364995/1‑148 (MQ=255)
aaGGTTTACCAGCAGTTAAACATAAGGCCTATGTTGTGAGTAATGTAAAAGTATTAGCCGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGGGCGGATGGAATTACAATAATAGGGGTTGCgga > 1:299829/1‑148 (MQ=255)
gTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCagaaga < 1:1016303/148‑1 (MQ=255)
gTTTACCAGCAGTTAAACATATGGAATACAACATTAGTAATGAAAAAGTATTAGGAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCagaaga < 1:376017/148‑1 (MQ=255)
gTTGACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTTGTCATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCagaaga < 2:129633/148‑1 (MQ=255)
tACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGTTGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGc < 1:912077/148‑1 (MQ=255)
tACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGc < 1:507638/148‑1 (MQ=255)
agcagTTAAACATATGGCAGACAACAATATTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCa < 1:823449/148‑1 (MQ=255)
gcagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCaa > 2:402828/1‑148 (MQ=255)
aaaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAag < 2:709816/148‑1 (MQ=255)
atatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagcagc < 2:132157/148‑1 (MQ=255)
atatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagcagc > 2:1447/1‑148 (MQ=255)
atatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagcagc > 2:1175829/1‑148 (MQ=255)
atatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCGGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATCATAGGAGTTGCAGACGATGCATAAGTAAAagcaga > 2:936835/1‑147 (MQ=255)
tGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt > 1:463224/1‑148 (MQ=255)
gCATACAACATTAGTAATGGTAAAGTATTAGCTGACATGAAAATTATAGATGGCGGTGATTATGATGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTGAAGCAGCTATTg < 2:635984/148‑1 (MQ=255)
gCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAtta > 2:895939/1‑147 (MQ=255)
gCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGATGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:506525/148‑1 (MQ=255)
cAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCACTTAAAGCAGCTATTga > 2:150730/1‑148 (MQ=255)
cAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTga < 1:101196/148‑1 (MQ=255)
cAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTga > 1:157109/1‑148 (MQ=255)
cAGACAACATTAGTAATGAAAAAGGATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTga < 1:1002090/148‑1 (MQ=255)
acaacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaaga < 2:382665/148‑1 (MQ=255)
aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGaagaag < 1:822568/148‑1 (MQ=255)
aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGaagaag < 1:822729/148‑1 (MQ=255)
aacaTCAGTAATGTAAAAACATCAGCAGACATGAAAATTATAGAAACAACTGATTATGAAGCTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGaagaag < 1:701372/148‑1 (MQ=255)
actcgataagtGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTATAATAATAGGTGTGGCAGACGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 2:434720/138‑1 (MQ=255)
acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 2:924434/148‑1 (MQ=255)
acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 2:902000/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTAATGTAAAAGGATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATGATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTc < 2:409633/148‑1 (MQ=255)
ttAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGAGGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCa > 1:482840/1‑148 (MQ=255)
gTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAACCGAAAAGTTGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaa > 2:268537/1‑148 (MQ=255)
gTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAGGCTCATaa > 1:980328/1‑148 (MQ=255)
tAATGTAAAAGGATTAGCATACATGAAAATTATAGATGCAGATGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAAGTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGTGGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa < 2:108994/148‑1 (MQ=255)
aaTGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa > 1:454315/1‑148 (MQ=255)
aaTGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa > 2:734374/1‑148 (MQ=255)
gTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCGATTGAAGAAGCTCATAAAaata < 1:924327/148‑1 (MQ=255)
aaagGTAGTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGAGTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTAAAATACTAGGTGTTGCCGAAGATGCATCAATTAAAACAGCTATAGAAGAAGCCCATAAAaatagt > 2:212522/1‑146 (MQ=255)
aaaaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAGGAAGCTCATACAaataat > 2:369672/1‑148 (MQ=255)
aaaaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTAGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGGAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaagaat > 2:835859/1‑148 (MQ=255)
aaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAAtaataa > 1:993541/1‑148 (MQ=255)
tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACa < 1:911632/148‑1 (MQ=255)
aTTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACaa > 1:632106/1‑148 (MQ=255)
aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACACTAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAATCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATg > 2:137008/1‑148 (MQ=255)
aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGGAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGAAATg > 2:739333/1‑148 (MQ=255)
aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATg > 1:1079472/1‑148 (MQ=255)
ttATAGATGCAGCTGATTATGAGCTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGAt > 1:618824/1‑148 (MQ=255)
ttATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGAt > 1:1064418/1‑148 (MQ=255)
ttATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGAt > 1:765579/1‑148 (MQ=255)
tataGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCAAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGAtt < 1:843679/148‑1 (MQ=255)
tataGATGCAGCTGATTATGAAGTAAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGAtt < 1:458688/148‑1 (MQ=255)
aGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGatagaaatgcg > 2:514371/1‑140 (MQ=255)
gATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTg > 2:454525/1‑148 (MQ=255)
gATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCCCATACAAATAATACACACTTCCTAGTCGCCCTGATTGCtc > 2:231308/1‑147 (MQ=255)
aTGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAAGAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGt > 2:174718/1‑148 (MQ=255)
ggctgcatATGAACTTAGCCAAGGAATTAAATTTGGCGCGGAGATAATCACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCaa < 2:935556/141‑1 (MQ=255)
aGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGTGTGTATTTATCTACATTAAGAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCCTAAAACTAATACACAACTACTAGTTGATCTGATTGCTGTTcca < 2:258921/148‑3 (MQ=255)
aGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATCAACAATTACCAGTTGATATGATTGCTGTTCaa < 1:625345/148‑1 (MQ=255)
aGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGGTATGCTTGCTGGTCaa < 2:576694/148‑1 (MQ=255)
ttATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTa > 2:383382/1‑148 (MQ=255)
tGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaa > 2:1115746/1‑148 (MQ=255)
aaGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTACAGATTTAGcaaa > 2:236987/1‑148 (MQ=255)
aaGTTAGCCAAGCAATTAAAGTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaaa < 2:775232/148‑1 (MQ=255)
aGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaaaa > 1:275072/1‑148 (MQ=255)
aGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGATGTTCAAGATTTAGaaaaa > 2:396196/1‑148 (MQ=255)
aGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATAGGATTGCTGTTCAAGATTTAGaaaaa > 1:306299/1‑148 (MQ=255)
tAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATGACAATAATATGTGTTGCATAATATGCATCAATACAACCCGCCATTGAAGCAGATGATAAAAATAATAACTAGTTACTAGTTGATATGTCTGCTGTTCAAGATGTAgtaccacgt < 2:250607/148‑9 (MQ=255)
aGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTg < 1:1053233/148‑1 (MQ=255)
aGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTg < 2:1018096/148‑1 (MQ=255)
cAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAGGTGCaa > 2:1198874/1‑148 (MQ=255)
aaGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAATAACGTGCaaa < 1:899834/148‑1 (MQ=255)
aaGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa < 1:428650/148‑1 (MQ=255)
aaGCAATGAAATTTGGCGCGGAGGGAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa < 2:615684/148‑1 (MQ=255)
ttGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGa < 1:427394/148‑1 (MQ=255)
ttGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGAAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAGTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTATATGa < 2:334446/148‑1 (MQ=255)
cgcgGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg > 1:687961/1‑148 (MQ=255)
cgcgGATGTAATTACAATAATAGGAGCTGCAGAAGATGCAAAACTTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg > 1:790365/1‑148 (MQ=255)
cgcgGATGTAAGTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGAATTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg > 1:848097/1‑148 (MQ=255)
cgcgGATGTAAATACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGACTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg > 1:848092/1‑148 (MQ=255)
gcgGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg > 1:403690/1‑148 (MQ=255)
ggATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGt < 2:157109/148‑1 (MQ=255)
aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 1:521594/148‑1 (MQ=255)
aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 1:605041/148‑1 (MQ=255)
aaTTAAAATAATAGGTGTTGGAGAATATGCATTAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATCATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 2:1140439/148‑1 (MQ=255)
aaTTAAAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 2:91074/148‑1 (MQ=255)
ttACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATACACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATta > 1:785976/1‑148 (MQ=255)
ttACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAttt > 1:719223/1‑147 (MQ=255)
ttACAATAATAGGTGTTGCAGAAAATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATta > 1:742050/1‑148 (MQ=255)
tACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATtat < 1:418887/148‑1 (MQ=255)
aCAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAAAGGGTGATGATtata > 1:878282/1‑148 (MQ=255)
aCAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCAACAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGATCATAAAAATAATAAACAGTTACTAGTGGATATGATTGCTGTGCAAGATATAGAAAAACGGGCAAAAGAACTAGATGAAATGGTTGCTCATtata > 1:876177/1‑148 (MQ=255)
aaataatAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTatat < 2:434470/147‑1 (MQ=255)
aataatAGGTGTTGCAGAACATGCATCAATTACAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATCAAAATAATAAACAATTACCAGTTGATATGATGGCTGTTCAAGATTTAGAAAAGTGTGCAAAAGAACTCGATGAAATGGGTGCGGACTATAtt > 2:597572/1‑148 (MQ=255)
ataataGGTGTTGCAGAAGATGCGTCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGCAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTg < 1:789838/148‑1 (MQ=255)
ataataGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTg < 1:766673/148‑1 (MQ=255)
ataataGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTg < 1:522026/148‑1 (MQ=255)
ataataGGTGTTGAAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTg < 1:1103609/148‑1 (MQ=255)
|
TTACAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTG > CP000730/629539‑629825
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
