Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F59 I0 R1
|
40 |
74.1 |
1560052 |
97.4% |
1519490 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
638,614 |
G→T |
100% |
T14K (ACA→AAA) |
thiD ← |
phosphomethylpyrimidine kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 638,614 | 0 | G | T | 100.0%
| 293.5
/ ‑6.5
| 90 | T14K (ACA→AAA) | thiD | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (41/48); total (41/49) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAAT > CP000730/638479‑638750
|
tCCATTGGTAATGGGGTAACATCGTGTGAACATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCa < 2:533655/141‑1 (MQ=255)
caatGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTTTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGa < 1:158031/138‑1 (MQ=255)
ttGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAAc < 1:658995/141‑1 (MQ=255)
tGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAAcc < 2:420561/141‑1 (MQ=255)
ggTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCg < 2:438595/141‑1 (MQ=255)
ggTAATGGTGTAACATCGTCTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCg < 2:499324/141‑1 (MQ=255)
aTGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAACGCGACCCCTCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑aa < 1:564487/141‑1 (MQ=255)
aTGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑aa < 1:488752/141‑1 (MQ=255)
tgtAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGt > 1:272451/1‑141 (MQ=255)
tAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTa < 1:654127/141‑1 (MQ=255)
aaCATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTaa < 1:269383/141‑1 (MQ=255)
aTCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAAc < 2:46559/141‑1 (MQ=255)
tCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAAct > 2:659651/1‑141 (MQ=255)
tCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAAct > 2:298000/1‑141 (MQ=255)
tgtgACAATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAActttc < 1:325577/141‑1 (MQ=255)
gtgATCATGTAGCTTTATCCATGGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAActttct < 1:204627/141‑1 (MQ=255)
tgACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAActttctt < 1:675823/141‑1 (MQ=255)
gACCATGTATCTTTATCCATAGCAACGATGGCAGTTAAAGCGCCCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAActttcttt < 1:66855/141‑1 (MQ=255)
acaaTGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTa < 2:157446/138‑1 (MQ=255)
cATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCCGTTCAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCCCTTTTGTCAGACCCGCA‑AATTGTTAAACCTTACTTTaaa > 1:555020/1‑141 (MQ=255)
gTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCATAACCGGC‑CATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGcc > 2:426680/1‑141 (MQ=255)
tATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGCCCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTCAAAGCCATTTAGc < 2:282589/141‑1 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCt < 2:496093/141‑1 (MQ=255)
tcgaTAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCtt < 1:706429/138‑1 (MQ=255)
tCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGG‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCtt > 2:73753/1‑141 (MQ=255)
tCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCtt > 1:752517/1‑141 (MQ=255)
cATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCa < 1:718860/141‑1 (MQ=255)
cATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCa > 1:676649/1‑141 (MQ=255)
gTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTcc < 1:409509/141‑1 (MQ=255)
tAACGCTTGCAGTTAAAGCGAGCATGCCCTACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 1:95523/141‑1 (MQ=255)
tAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 2:522747/141‑1 (MQ=255)
cGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATATGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTATCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGATTCACTCCTACa > 1:90993/1‑141 (MQ=255)
gATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACat < 2:2521/141‑1 (MQ=255)
gATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACat < 1:622262/141‑1 (MQ=255)
aTGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACata > 2:671706/1‑141 (MQ=255)
aTGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATCCTTGGACCGCTTTAAAATCTGCTTGCATAAATGAGCCAGCAATATTGTGAGAACCGGCAAACTGTT‑AAACCTTCTTTAAAGCCTTTGAGCTTCACTCCTACata > 2:449420/1‑141 (MQ=255)
ggCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataat > 2:276989/1‑141 (MQ=255)
cAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTGAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataataa > 1:42393/1‑141 (MQ=255)
atttAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataataat < 2:539618/139‑1 (MQ=255)
tAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACGCCTACATAATAATAtt > 1:135910/1‑141 (MQ=255)
aaaaGCGACCATGCCATACGTAGCTAATGCTAGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATAtt > 2:771100/2‑141 (MQ=255)
aacgCGACCACGCCATACGTATCTAATTTTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTg < 2:203865/138‑1 (MQ=255)
aaaGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGACCCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTg < 1:107423/141‑1 (MQ=255)
aaGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTTCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGACATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATAtttt > 2:372536/1‑139 (MQ=255)
aaGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGt > 1:740766/1‑141 (MQ=255)
aaGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGGTAAAACTTTCTTTAAAGCCCTTGAGCTTCACTCCTCCCTAATAATATTGt > 2:372477/1‑141 (MQ=255)
cGACCATGCCATACGTATCTAATTCTGGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTAtt < 1:15231/141‑1 (MQ=255)
ccATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTGTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATtcat > 1:779583/1‑141 (MQ=255)
ctGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATtcatca > 2:283053/2‑141 (MQ=255)
aTGCCATACGTAGCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATtcatca > 2:283055/1‑141 (MQ=255)
gCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATACTAATATTGTATTcatcatt > 1:576058/1‑140 (MQ=255)
ccgtactgaTCTAATTCTGTGAAGGGTGTCACATCTGCTGGCATACCTGGGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAACCTTTCTTTAAAGTCCGTTAGCTTCACTCCTTCCTTATAATATTGTATtcattctat < 2:722826/133‑6 (MQ=255)
cATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCatcatatc < 1:641124/141‑1 (MQ=255)
tACGTATCTAAATCTTGGAACGTTTTCAAGTCCGCGTGGATACCTGCGCCAGTCCTTTTGTCAGAATCGGC‑AATTGTTAAAAAGTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCatcatatcat < 2:210145/141‑1 (MQ=255)
tACCTATCCAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCatcatatcat < 1:357652/141‑1 (MQ=255)
aCGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAtt < 2:272451/141‑1 (MQ=255)
aCGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAtt > 1:7131/1‑141 (MQ=255)
aCGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAtt > 2:405895/1‑141 (MQ=255)
cGTATCTAATTCTTGGGACGTTTTCAAATCTGCTTGCATCCCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAACACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAttt < 2:112929/141‑1 (MQ=255)
cGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTTCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCATAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATGGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAttt > 1:67153/1‑141 (MQ=255)
cGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAttt < 1:670064/141‑1 (MQ=255)
gTATCTAATTCTTGTAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAtttt < 2:343295/141‑1 (MQ=255)
tATCTTATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAttttt < 2:515689/141‑1 (MQ=255)
tATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAttttt < 2:134005/141‑1 (MQ=255)
aTCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTa > 2:724826/1‑141 (MQ=255)
aTCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATAAtttttt > 2:540752/1‑140 (MQ=255)
tCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTaa > 2:43610/1‑141 (MQ=255)
tAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAAcc < 1:714602/141‑1 (MQ=255)
cTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑ATTTGTTAACACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTCAtt > 2:287517/1‑141 (MQ=255)
cTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAAtt < 1:276989/141‑1 (MQ=255)
aaCGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTGATTGaaaa < 2:265551/141‑1 (MQ=255)
aaCGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTAATCATATCATTTTTAACCTAATTGaaaa > 2:772108/1‑141 (MQ=255)
gTTTTCGAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAata > 2:650506/1‑141 (MQ=255)
gTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTTTCAGAACCGGC‑TATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATGATATTTAACCTAATTGATCAata > 1:138325/1‑141 (MQ=255)
gTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCACTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATAATTTTTAACCTAATTGAAAtata > 2:561193/1‑141 (MQ=255)
tttCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATCTCATTTTTAACCTAATTGAAAAATAtt > 1:217172/1‑141 (MQ=255)
tCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTaa > 2:342489/1‑141 (MQ=255)
aaTCTGCTTGCATACCTGCCCCAGCACTTTTTTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCa < 2:604069/141‑1 (MQ=255)
tCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCAtt > 2:593796/1‑141 (MQ=255)
gCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATACTAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAATTATTAAGCATTcgt > 2:340422/1‑139 (MQ=255)
aCCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAATCTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTtgat < 1:125226/141‑1 (MQ=255)
cgcCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGAttg > 1:299668/1‑141 (MQ=255)
gcCAGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTCGATGAttgt < 2:499435/141‑1 (MQ=255)
cAGCACTTTTGTCATACCCGTC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATATTATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGAttgttg < 2:756163/141‑1 (MQ=255)
cAGCACTTTTGTCAGTACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGAttgttg < 2:244493/141‑1 (MQ=255)
aGCACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCAATCCTACATAATAATATTGTTTTCTTCTTATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGa > 1:609203/1‑141 (MQ=255)
cACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGaaa > 1:593145/1‑141 (MQ=255)
cACTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATAATTCTTaaaa > 2:623900/1‑141 (MQ=255)
cACTTGTGTCAGAACCGGC‑AATTGGTAAAACTTGCTTTAACGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAAACTAAATGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGaaa < 2:55007/141‑1 (MQ=255)
aCTTTTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAAt < 2:40812/141‑1 (MQ=255)
|
TCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGC‑AATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAAT > CP000730/638479‑638750
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
