Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A17 F57 I1 R1
|
25 |
173.1 |
3446910 |
97.6% |
3364184 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
638,614 |
G→T |
T14K (ACA→AAA) |
thiD ← |
phosphomethylpyrimidine kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 638,614 | 0 | G | T | 99.5%
| 614.0
/ NA
| 187 | T14K (ACA→AAA) | thiD | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (67/119); total (68/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
ATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAATCATT > CP000730/638478‑638758
|
atcctctGGTAATGGTGTAACATCGGTGGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCgg < 2:81255/143‑1 (MQ=255)
tCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCAGACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGc > 2:1092621/1‑149 (MQ=255)
ccATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAGCGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCa < 2:338424/149‑1 (MQ=255)
aTTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAAt < 2:137127/149‑1 (MQ=255)
ggTAATGGTGTAACATCGTGGGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGt < 2:61152/149‑1 (MQ=255)
gTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATCCCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGtt > 1:846501/1‑149 (MQ=255)
aTGGTGTAACATCGTGTGACTAGGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAAAGTTATAAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTaaa < 1:334545/149‑1 (MQ=255)
aTGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTaaa < 1:1268958/149‑1 (MQ=255)
tGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTaaaa < 1:923638/149‑1 (MQ=255)
tGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTaaaa < 1:579378/149‑1 (MQ=255)
ggTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAAc < 1:1299782/149‑1 (MQ=255)
ggTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAAc < 2:369147/149‑1 (MQ=255)
cATCGTGTGACCATTTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActttcttt > 2:954562/1‑149 (MQ=255)
cATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActttcttt > 2:898880/1‑149 (MQ=255)
aTCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCGTACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTa < 1:822464/149‑1 (MQ=255)
tCGTGTTACCATCTATCTTTATCCATAGTAACGGTGGCAGTTAACGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACATGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTaa < 2:390104/149‑1 (MQ=255)
gtgtGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAg > 1:1395136/1‑149 (MQ=255)
tgtgACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCAGACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCGGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTGGTCAGAGCCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGc < 2:625896/149‑1 (MQ=255)
gtgACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGcc < 2:1326771/149‑1 (MQ=255)
gtgACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGcc < 2:189956/149‑1 (MQ=255)
gggtgcattgtgcTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGGGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGATCCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGcc < 2:849628/137‑1 (MQ=255)
tgACCATGTATCTTTATCCCTAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCGATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGATTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGCACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCa > 2:467679/1‑149 (MQ=255)
tgACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTGTCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTCAAACTTTCTTTAAAGccg > 1:241897/1‑148 (MQ=255)
ctgtATTCATAGTATCGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCACATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCAc < 1:753982/146‑1 (MQ=255)
cTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCAc < 1:1587200/149‑1 (MQ=255)
cTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCAc < 1:1690553/149‑1 (MQ=255)
cTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTGGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCAc < 1:1177383/149‑1 (MQ=255)
tttATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCACTTGTTAAACCTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTCCAcc > 2:1326896/1‑148 (MQ=255)
ttATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAGCTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTc < 1:1046186/149‑1 (MQ=255)
ttATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTc < 1:861581/149‑1 (MQ=255)
tATCCATGGTCACGATGGCAGTTAAAGCGATCATTCCATACGTATCTAATTCTTGGATCGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCATTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAGCTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTcc < 2:334668/149‑1 (MQ=255)
tATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAACACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTcc < 2:1256831/149‑1 (MQ=255)
atacctAGTAACGATGGTAGTTAAAGAGCCCATGACATAACTATTTAATTCTTGGAATGTTTTCAAATCTGCTTGAATACATGCGCCAGCACTTTTGGCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 1:1643846/144‑1 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTCAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 1:214834/149‑1 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCCCAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 2:864362/149‑1 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAATGCGGTTGAGCTTCACTCCt < 2:114900/149‑1 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 1:744956/149‑1 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 1:729738/149‑1 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 2:1405170/149‑1 (MQ=255)
tCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTa < 1:1481075/149‑1 (MQ=255)
tCCATAATAACGATGGCAGCCAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTa < 2:1536897/149‑1 (MQ=255)
ccgtAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTCGAACGTATTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCATTTGTGAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTAc < 2:1138649/146‑1 (MQ=255)
ccatgttAACGATGGCAGTTAAAGCGTCCATGCCATACGTATCTAAGTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCGCTCCTAc < 2:1312971/143‑1 (MQ=255)
ccATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTAc < 1:1425711/149‑1 (MQ=255)
ccATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTAc < 1:1143709/149‑1 (MQ=255)
ggggtggatggtGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACa < 2:426063/138‑1 (MQ=255)
cATAGTAACGTTGGCAGTTAAAGCCACCATGCCATACGTATCTCTTTCTTGGATCGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGGCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACa < 2:110291/149‑1 (MQ=255)
cATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCTCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACa < 2:867470/149‑1 (MQ=255)
cATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCTCTCCTACa < 2:872008/149‑1 (MQ=255)
tAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACata < 2:1694314/149‑1 (MQ=255)
gTAACGATGGCAGTTAAAACGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataat > 2:1163061/1‑149 (MQ=255)
tAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGGACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataata > 1:490762/1‑149 (MQ=255)
gATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAatat < 1:1016934/149‑1 (MQ=255)
gATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAatat < 1:102812/149‑1 (MQ=255)
aTGGCAGTTAAAGCGACAATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATAtt < 2:643201/149‑1 (MQ=255)
gCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAACACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTa > 1:524099/1‑149 (MQ=255)
aGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCGATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTcatcat > 1:1218583/1‑149 (MQ=255)
aGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATGTTGTATTcatcat > 2:1003378/1‑149 (MQ=255)
aGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCATGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCTTACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTcatcat > 1:944639/1‑149 (MQ=255)
aGCGACCATGCCATACGCATCTCAGTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCCCTCCTCCATAATAATATTGTATTcatcat > 2:114517/1‑149 (MQ=255)
gCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCatcata < 2:1578283/149‑1 (MQ=255)
gCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACCTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATGATCATATTGTATTCatcata > 2:692657/1‑149 (MQ=255)
cGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATtcatactat > 2:418155/1‑144 (MQ=255)
aCCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCatcatatca > 1:1140645/1‑149 (MQ=255)
tcgcttACGGATCTAGTTGTTGGAACGTTTTCAAATCTGGTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTCGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATGGTATTCATCATATCAtttt < 2:783037/144‑1 (MQ=255)
tGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAtttt < 2:277028/149‑1 (MQ=255)
ggCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAtttt < 1:624350/148‑1 (MQ=255)
ccATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTGCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTa < 2:36038/149‑1 (MQ=255)
cATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTaa < 1:559365/149‑1 (MQ=255)
cATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTaa < 2:1428181/149‑1 (MQ=255)
agaCGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAAc < 2:592729/147‑1 (MQ=255)
cTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGACCCGGCAAGGGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGa < 1:399284/149‑1 (MQ=255)
acttCGTGGAACGTTTTCAAATCTGCTCGCATACCTGCGCCAGCACTCTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGaaa < 1:356860/147‑1 (MQ=255)
aaTTCTTGGAACGTTATCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCAATGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTCTTAACCTAATTGaaa < 1:1075816/149‑1 (MQ=255)
aTTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGaaaa < 2:73015/149‑1 (MQ=255)
tCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTCAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTATATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAat < 2:1189382/149‑1 (MQ=255)
tCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAat < 2:1506111/149‑1 (MQ=255)
tCTTGGAACGTTGTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAat < 2:525904/149‑1 (MQ=255)
tGGAACGTTTTCAAAGCTGCTTGCATACCGGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATAtt < 2:1689378/149‑1 (MQ=255)
ggAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTa > 1:878812/1‑149 (MQ=255)
gagcGTTTTCAAATCTGCCTGCCTACCTGCGCCGGCACTTTTGTCAGTACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTTCTACATAATAATACTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTaa < 2:991559/146‑1 (MQ=255)
aaCGTTTTCAAATCTGCTTGCATACTTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAATTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTGATTGAAAAATATTAAg < 2:679190/149‑1 (MQ=255)
gTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTCAATGTGACTTTAACGAATTACAAGGTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCAt > 1:827895/1‑149 (MQ=255)
gTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCAt > 1:788621/1‑149 (MQ=255)
ttttCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATCATATTGTCTTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTACGCAtt < 1:1631028/149‑1 (MQ=255)
aaaTCCGCTTGCACACCTGCGCCAGCACTTTCGTGAGATCCGGCAATTGGTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAata < 1:1326896/149‑1 (MQ=255)
aTACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGAttgt > 1:958034/1‑149 (MQ=255)
ccTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGa < 1:683378/149‑1 (MQ=255)
cTGCGCCAGCACTTTTGTCAGACCCGGCAATTGTTAAAACTTACTGTAACGCCATTGAGCTTCTCTCCTACGTAATAAGATTGACTTCAACCTATCATTTTTAACCTAATTGAATCATATTAAGCATGCAAGATTTGATGATTGTTGaa < 2:347417/149‑1 (MQ=255)
cTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCACATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGaa < 1:1344070/149‑1 (MQ=255)
tGCGCCAGCACTTTTGTTAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGaaa > 1:605503/1‑149 (MQ=255)
tGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGaaa < 1:247318/149‑1 (MQ=255)
tGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGaaa < 1:1486699/149‑1 (MQ=255)
gcgcCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATACTACTATGGTATTCATCAGATCATTTTTAACCTAATTAAAAAAGATTAAGCATTAAATATTTGATGATTGTTGAAAt > 2:1040310/1‑149 (MQ=255)
cgcCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGCAATg > 2:1281026/1‑149 (MQ=255)
gCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAAtca > 1:113843/1‑149 (MQ=255)
cACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAAtcat < 1:447129/149‑1 (MQ=255)
aCTTTTGTCAGAACCGGCACTTTTGAAAGCTGTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACACCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAGTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAAtcatt < 1:1157035/149‑1 (MQ=255)
aCTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAAtcatt < 1:379246/149‑1 (MQ=255)
aCTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATAGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAAtcatt < 2:882769/149‑1 (MQ=255)
|
ATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAATCATT > CP000730/638478‑638758
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
