Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F18 I1 R1
|
22 |
189.8 |
4020594 |
92.3% |
3711008 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
638,614 |
G→T |
T14K (ACA→AAA) |
thiD ← |
phosphomethylpyrimidine kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 638,614 | 0 | G | T | 98.5%
| 646.4
/ ‑5.1
| 205 | T14K (ACA→AAA) | thiD | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base T (81/121); total (82/123) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
TTTCAAATACATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAATCATTC > CP000730/638468‑638759
|
aaaTACATCCATTGGTAGTGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAg > 2:630050/1‑149 (MQ=255)
aCATCCATTGGTAATGGTGTAACATCCTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAAcc < 1:40849/149‑1 (MQ=255)
aTCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCgg < 2:1010194/149‑1 (MQ=255)
tCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGc > 1:337170/1‑149 (MQ=255)
ttGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAAtt > 1:223766/1‑149 (MQ=255)
ttGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑ACATACGTATCTAATTATTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAAtt > 1:1397518/1‑149 (MQ=255)
tGGTAATGGTGTAATATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTg < 2:617211/149‑1 (MQ=255)
ggTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTATTTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGt < 1:1229084/149‑1 (MQ=255)
ggTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGt < 1:1614190/149‑1 (MQ=255)
tAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTa > 1:1010943/1‑149 (MQ=255)
tGGTGTAACATCGTGTGACCATGAATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTaaaa > 1:1490400/1‑149 (MQ=255)
ggTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAAc > 1:1181964/1‑149 (MQ=255)
ggTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAAc > 1:1608425/1‑149 (MQ=255)
tgtAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCATATCTTTTTGCATACCAGCGCCAGCACTTTTATCACAACCGGCAATTGTTGAAAcct > 2:659469/1‑147 (MQ=255)
tgtAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActt > 1:1837588/1‑149 (MQ=255)
gtagcctCGTGTGACCACTTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAATCGAC‑CATG‑CCATACGTAGCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCGTCTTGCATACCTGCGCCAGCGCCTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActtt < 2:637747/143‑1 (MQ=255)
gtAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCCGGACTTTTGTCCGAACCGGCAATTTTTAAAActtt > 2:1888282/1‑149 (MQ=255)
gtAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActtt > 2:615733/1‑149 (MQ=255)
gtAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CAATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActtt > 1:1878760/1‑149 (MQ=255)
gtAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATAGCAGTTAAAGCAAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATGCTTAGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTTTCAGAACCGGGAATTGGTAAAActtt > 2:562463/1‑149 (MQ=255)
aTCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTa < 1:377946/149‑1 (MQ=255)
tCGTGTGACCATGTATCTTTAGCCATAGTAACGATGGCATGTAAAGCGAC‑CATG‑GCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTaa < 2:229614/149‑1 (MQ=255)
cGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGAACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTaaa > 2:1020755/1‑149 (MQ=255)
tgtgACCATGTATCTTTATCCATAGTATTTGTTGCAGTT‑‑GCCGACTAATGACCAGACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGc < 1:1445964/149‑1 (MQ=255)
tgtgACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGc < 2:1847471/149‑1 (MQ=255)
gtgACCATGTATCTTGATCCATAGTAACAATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTCTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGcc > 1:1262658/1‑149 (MQ=255)
gACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCAt < 1:1156453/149‑1 (MQ=255)
aCCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAACCCAtt > 2:747117/1‑149 (MQ=255)
tATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCtt > 2:1027070/1‑149 (MQ=255)
tATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGAAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCtt < 1:280299/149‑1 (MQ=255)
aTCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGGACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTc < 2:29435/149‑1 (MQ=255)
aTCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTc > 2:1687124/1‑149 (MQ=255)
aTCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTc < 1:635672/149‑1 (MQ=255)
aTCTTTACCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTTAAGCCATTGAGCTTc < 2:1773772/149‑1 (MQ=255)
ttATCCATAGTAACGATGGCAGTTCAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTc < 1:648349/149‑1 (MQ=255)
ttATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGGGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGGGCTTCACTc > 2:1618594/1‑149 (MQ=255)
ttATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTc > 1:556798/1‑149 (MQ=255)
ttATCCAGAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATCCGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATCCCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTc < 1:364243/149‑1 (MQ=255)
tATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGCACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTcc < 1:1286231/149‑1 (MQ=255)
tATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTGTAAAGCCATTGAGCTTCACTcc < 2:1358394/149‑1 (MQ=255)
tATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCCGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTcc < 1:1963730/149‑1 (MQ=255)
ttCCATAGTAACGATGGCATTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATTCGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 2:555265/148‑1 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAACTCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCCCTTTTGTCAGTACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTTACTCCt > 1:1746177/1‑149 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCCCTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTcca > 1:483986/1‑148 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGGACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGCGCTTCACTCCt > 1:56782/1‑149 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 1:1537519/149‑1 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt > 1:934165/1‑149 (MQ=255)
aTCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 1:84628/149‑1 (MQ=255)
aTCCAAAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCGTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCt < 1:1171835/149‑1 (MQ=255)
tCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTa > 1:863339/1‑149 (MQ=255)
tCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTa < 1:515857/149‑1 (MQ=255)
tCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTa < 1:1407481/149‑1 (MQ=255)
tCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTa < 1:1054054/149‑1 (MQ=255)
tCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTa < 1:1313871/149‑1 (MQ=255)
tCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAACTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATCCCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTa < 1:1705866/149‑1 (MQ=255)
ccATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTaa < 1:1784869/149‑2 (MQ=255)
cATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGTACCGGCAATTTTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACa < 2:694507/149‑1 (MQ=255)
cATAGTAACCATGCCAGTTAAAGCAAC‑CAAT‑CCACACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTGAAAACCTTCTTTAAAGCCACTGAGCTTCACTCCTACa < 2:902746/149‑1 (MQ=255)
aTAGTAAGGATTGCATTTAACGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTTTAACGTTTTCAAATCGGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGTCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACat < 2:1519943/149‑1 (MQ=255)
aGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataa < 1:674318/149‑1 (MQ=255)
gTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataat > 2:1654985/1‑149 (MQ=255)
tAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataata > 2:1822137/1‑149 (MQ=255)
tAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataata < 1:706501/149‑1 (MQ=255)
tAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataata > 2:126303/1‑149 (MQ=255)
aaCGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGTTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataataa < 2:584303/149‑1 (MQ=255)
aCGATGGCAGTTAAAGCCAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCTGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataataat < 1:887178/149‑1 (MQ=255)
gagggCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGATCCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAatat < 1:1573530/146‑1 (MQ=255)
cAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCACTTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTAt > 1:1663571/1‑149 (MQ=255)
cGAC‑CCTG‑CCATACGTGTCTAATTCTTGGAACGATTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAATTTTCTTTAAAGCCATTGTGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCaacataa > 2:249288/1‑148 (MQ=255)
cGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCatcatat > 2:1224647/1‑149 (MQ=255)
cATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTCAAGCCATTGAGCTTCACTCCTCCATAATAAAATTTTATtcattcaagcatt > 1:693847/1‑140 (MQ=255)
g‑CCATAGGTATCTAATTCGTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCCGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCTGCAATTGTTAAAACTTGCTTTCAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAttttt < 2:230646/149‑1 (MQ=255)
aCGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCt < 2:1973313/149‑1 (MQ=255)
cGTATCTAATTCTTGTATCGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTa < 2:1810453/149‑1 (MQ=255)
gTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTaa > 1:1998113/1‑149 (MQ=255)
gTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTaa > 1:954368/1‑149 (MQ=255)
tAATTCTTGGAACGTTTACAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTGATCATATCATTTTTAACCTAATTGaa > 1:1466943/1‑149 (MQ=255)
tCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAat < 2:1851042/149‑1 (MQ=255)
tGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATAtt < 1:103747/149‑1 (MQ=255)
gAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGTACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTaa > 1:27753/1‑149 (MQ=255)
gAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTaa > 2:1577854/1‑149 (MQ=255)
aaCGTTTTAAAATCTGTTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGCATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAg < 1:946054/149‑1 (MQ=255)
aCGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGc > 1:1798758/1‑149 (MQ=255)
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cACTTTTGTCAGAACCTGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAAtcat < 1:426508/149‑1 (MQ=255)
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TTTCAAATACATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGAC‑CATG‑CCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAATCATTC > CP000730/638468‑638759
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
