Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F174 I0 R1
|
51 |
81.0 |
1740380 |
95.7% |
1665543 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
607,884 |
G→A |
100% |
R209* (CGA→TGA) |
dck ← |
deoxynucleoside kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 607,884 | 0 | G | A | 99.7%
| 286.6
/ ‑6.6
| 93 | R209* (CGA→TGA) | dck | deoxynucleoside kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (38/54); minor base C (1/0); total (39/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GTATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTT > CP000730/607746‑608013
|
gtcgatGGGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATTGATAATTTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAg < 2:377755/137‑1 (MQ=255)
tataTGTGAATTAAGGTATTCGATAGAATTGTTAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGc < 2:228068/141‑1 (MQ=255)
atggtaaTTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATGATATCTATGGTATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAt < 2:89751/136‑1 (MQ=255)
atGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAt > 1:477803/1‑141 (MQ=255)
atGTGAATTAATGTACTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAt < 1:323956/141‑1 (MQ=255)
gtgAATTTATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAttt < 2:736479/141‑1 (MQ=255)
gtgAATTAAAGTATTCGAAAAAATTGATAAAAAAAACGATAATATCTAAGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGTAAttt < 2:43512/141‑1 (MQ=255)
gAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTg < 1:237403/141‑1 (MQ=255)
tAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTa > 2:465592/1‑141 (MQ=255)
aTGTATTCGATAGAATTGATCAAATAATCGATAATATCTATGGACTATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTATCATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATc > 2:472227/1‑141 (MQ=255)
tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCa > 1:400259/1‑141 (MQ=255)
tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCa > 1:604543/1‑141 (MQ=255)
gTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTCTCGTGTATCTACTTTTCGATATGTTTGAATAATTCCAGCATTTTTGTTTATCAt > 1:362061/1‑141 (MQ=255)
gTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAt > 2:467091/1‑141 (MQ=255)
gTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAt > 1:347469/1‑141 (MQ=255)
gTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTCTTATCGTGCATTTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAt < 2:567495/141‑1 (MQ=255)
tATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATa < 2:29726/141‑1 (MQ=255)
gaTTCGAAAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATa < 2:56679/140‑1 (MQ=255)
gATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTTTCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGAtt > 1:281090/1‑141 (MQ=255)
gATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGAtt > 2:132151/1‑141 (MQ=255)
aTAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGAttt < 2:282956/141‑1 (MQ=255)
tAGAGTTGATAAAATAATCGATAATATCTAGGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACGTGTCGATATGTTGGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGAtttt > 2:525136/1‑140 (MQ=255)
tAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTa > 1:494893/1‑141 (MQ=255)
tAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATCTTGTTTATCATAGGATTTa < 1:473899/141‑1 (MQ=255)
aagaatgtaaaaaaTAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTa < 1:726717/131‑1 (MQ=255)
aGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa > 1:830340/1‑141 (MQ=255)
aGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa < 1:833978/141‑1 (MQ=255)
aGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa > 1:811039/1‑141 (MQ=255)
aTTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGa > 1:801507/1‑141 (MQ=255)
gATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTc > 1:651498/1‑141 (MQ=255)
tAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCgg > 2:359379/1‑141 (MQ=255)
aaaaaTAATCGATACTATCTCTTGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCgg < 1:924/140‑1 (MQ=255)
aataatCCAGAATAGCGATGCAAAATACATCGTATATAAACATATTCGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCCTGTATCTACCTGTCGACATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAATATTCGGGGt < 2:208545/141‑1 (MQ=255)
aataacCAATAATATCTAAGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGt < 1:95066/141‑1 (MQ=255)
aatCGATAATATTTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCt < 2:222851/141‑1 (MQ=255)
atCGATAATATCTATGGAATATTGATTTAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCtt > 1:207458/1‑141 (MQ=255)
tcaataataTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTa < 2:6772/138‑1 (MQ=255)
tCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAATGATTCGGGGTCCTTa < 2:311478/141‑1 (MQ=255)
ataataTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATgg > 1:307531/1‑141 (MQ=255)
tatCTAAGGAATATACATTGAATATAAACATATACGGTATGTCTTTAGTCTTTTAGCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGatat < 2:445275/141‑1 (MQ=255)
tCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCATTTTTGTTTATCATAGGCTTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATct > 2:667692/1‑140 (MQ=255)
tCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGatataa > 2:842124/1‑139 (MQ=255)
cTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCat < 1:362689/141‑1 (MQ=255)
tATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCata > 1:692581/1‑141 (MQ=255)
aaTATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCAt < 2:353737/141‑1 (MQ=255)
tataCATTTAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTTTTTTATCGTTTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTa < 2:115317/141‑1 (MQ=255)
cccttGAAAATATACATTTACGCTATGTTTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTATTTGTCGAGATGTTTGAATAATTCAACCAATTTTCTTTGTCATAGGATTTAAAGATTCGGTGTGCTTATTGATATCATATTCATTAata < 2:394090/138‑1 (MQ=255)
aCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAata < 2:689534/141‑1 (MQ=255)
tGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGa < 2:418262/141‑1 (MQ=255)
aaTATAAACATATACGCTATTTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATa < 2:811039/141‑1 (MQ=255)
ataAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGt < 2:773236/141‑1 (MQ=255)
taAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTa > 2:869662/1‑141 (MQ=255)
aaCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACa > 1:503889/1‑141 (MQ=255)
aaCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACa > 1:94828/1‑141 (MQ=255)
aaCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCAGATTCATTAATATTGATACGTACa > 2:839040/1‑141 (MQ=255)
atatACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACt < 1:670804/141‑1 (MQ=255)
gCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGGGTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATTTTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACAt > 2:432220/1‑141 (MQ=255)
cTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATg < 1:465592/141‑1 (MQ=255)
tATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATCTTTAGTTATATTGATACGTACAACTGGACATGc < 2:795639/141‑1 (MQ=255)
tATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACACGc > 2:163108/1‑141 (MQ=255)
gTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGCTATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCAtt < 2:651498/141‑1 (MQ=255)
gTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGAGTTAAAGATTCGGCGTCCTTATGGATATCATATTCATTAACATTGATACGTCCAACTGGACATGCAtt > 1:196361/1‑141 (MQ=255)
tCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTa < 2:281090/141‑1 (MQ=255)
tCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTa < 2:659944/141‑1 (MQ=255)
tCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCCTATGGATATCATATTCCTTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTa < 1:573244/141‑1 (MQ=255)
gcTTGAGTCTTTTATCGTGGATCTTCTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAGAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTa < 2:306867/140‑1 (MQ=255)
ctatggtatataaTCGAGTATCTACTTGTCGATATGTTGGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGTATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTaa > 2:189495/13‑141 (MQ=255)
tttAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTaaa < 2:494893/141‑1 (MQ=255)
tttAGTCTTTTATCGGGTATCTACTTGTCGATATCTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGCGGTCCATATGGATGTCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTaaa < 1:525136/141‑1 (MQ=255)
tCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTAt > 2:42511/1‑141 (MQ=255)
cTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTAtt > 1:568511/1‑141 (MQ=255)
ttttATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTa > 1:392552/1‑141 (MQ=255)
ttATCGTGTATTTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAAt < 2:371044/141‑1 (MQ=255)
tATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATc < 2:737882/141‑1 (MQ=255)
tCGTGTATCTATTGGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATcta < 2:529552/141‑3 (MQ=255)
cGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCaa > 2:292440/1‑141 (MQ=255)
gtgtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAAt > 1:407485/1‑141 (MQ=255)
gtgtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAAt > 1:725429/1‑141 (MQ=255)
gtgtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAAt > 1:623620/1‑141 (MQ=255)
gtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTCATCATAGGAGTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCg > 2:311210/1‑141 (MQ=255)
tATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGt < 1:819857/141‑1 (MQ=255)
tCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCa < 2:343683/141‑1 (MQ=255)
tCTACTTGGCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCa < 1:466937/141‑1 (MQ=255)
cTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTCTATCATAGGATTTAAAGCTTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAATTGGACATGCATTAAAGCTCTTTATCCAATCGTCATAGc < 1:483054/141‑1 (MQ=255)
cTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTATATCATAGGATTTAAAGTTTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAAATGGACATGCATTAAAGCTTTTCATCCAATCGTCATAGc < 1:483171/141‑1 (MQ=255)
cTTGGCGATATGTTTGAAGAATTCAATGAATTTTTTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTCGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGc < 2:675647/141‑1 (MQ=255)
cTTCTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGAGATCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGAACATCCATACAAGCTCTTAACCCAAACGTCATacc > 2:16682/1‑139 (MQ=255)
cgcaatGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTGCAAGGTTCGGTGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTTGTACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCATTCGTCATTGCGGTTa < 2:362061/137‑1 (MQ=255)
cGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTa < 1:467091/141‑1 (MQ=255)
tatGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAAt < 1:764517/141‑1 (MQ=255)
tatGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAAt < 1:359379/141‑1 (MQ=255)
atGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATa < 2:94828/141‑1 (MQ=255)
ttGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCtt < 1:439048/141‑1 (MQ=255)
|
GTATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTT > CP000730/607746‑608013
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
