Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F18 I1 R1
|
22 |
189.8 |
4020594 |
92.3% |
3711008 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
367,644 |
G→T |
intergenic (‑96/‑20) |
nanA ← / → nagC |
N‑acetylneuraminate lyase/possible transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 367,644 | 0 | G | T | 97.9%
| 447.2
/ ‑1.4
| 142 | intergenic (‑96/‑20) | nanA/nagC | N‑acetylneuraminate lyase/possible transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base T (67/72); total (67/75) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TCAAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTTGACTATCAA > CP000730/367499‑367789
|
tcaAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCa < 1:1511947/149‑1 (MQ=255)
caAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCat > 1:103247/1‑149 (MQ=255)
caAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCat > 2:764359/1‑149 (MQ=255)
aaaaGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAACATTGTATTCata < 2:1062247/149‑1 (MQ=255)
aaaaGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCata < 1:1176689/149‑1 (MQ=255)
aaaGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGTAAATTGTCTTCattt > 2:198812/1‑147 (MQ=255)
aaGGAACGAGTAACGCTGCATATGAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATAtt > 1:1483226/1‑149 (MQ=255)
aaGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTTTATTCATAtt > 1:620802/1‑149 (MQ=255)
ggAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCAGCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATAtttt > 1:387202/1‑148 (MQ=255)
gAACTAGTAACGTTGCATAGAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTACCAATTCCCTCCAAAAATTATTTTATAATATAATTTACATCTATAATTGTATACGCTATCATAAAATATAACAATAACTAATTTAAAATTGTAGTCTTATTTaa < 2:505919/149‑2 (MQ=255)
aCGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGt < 2:1875086/149‑1 (MQ=255)
aCGAGGAACGGGGCATATAAACCTTTTAAATGTTTGTTCATGATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAACAGGGACAAGATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGt < 2:1324223/149‑1 (MQ=255)
tGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATCATGAAGGCCGGCGGTAAAGCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGa < 1:1866587/149‑1 (MQ=255)
ataAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATg > 2:1541025/1‑149 (MQ=255)
aaaCCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGtt > 2:116698/1‑149 (MQ=255)
aaCCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGttt > 1:1021156/1‑149 (MQ=255)
aaTCTTTGTTCATTATGAACTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTCATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATc < 1:1274492/149‑1 (MQ=255)
cTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATGTGATTATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAAt > 1:480698/1‑149 (MQ=255)
cTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAAt < 1:492522/149‑1 (MQ=255)
tcatgaagacttCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAAt < 2:74554/138‑1 (MQ=255)
tCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAAt < 1:1696608/149‑1 (MQ=255)
tCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAAt < 1:1078895/149‑1 (MQ=255)
tATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgag > 1:2008833/1‑149 (MQ=255)
aTGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTTTCATTAATTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAACTAAATAGAAATGgagt > 1:1779695/1‑149 (MQ=255)
taaGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATACCAGTGGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtga < 1:966353/148‑1 (MQ=255)
gAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATCATTTATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtga < 1:965851/149‑1 (MQ=255)
gAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtga > 2:1453601/1‑149 (MQ=255)
gAAGACCCTCCAAAAATACTTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTTAAAATCAATAGAAATGgagtga < 2:1359225/149‑1 (MQ=255)
aaGTCGCGCAAAAATTCATTTGATAATATTTTTTACAGCTATAATTGTAAATGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTTAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtgag < 2:941494/149‑1 (MQ=255)
aaGTCCCTTCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtgag < 2:263907/149‑1 (MQ=255)
aaGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGACATGgagtgag > 1:1840749/1‑149 (MQ=255)
aaGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtgag > 1:741457/1‑149 (MQ=255)
cTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGgt > 2:205935/1‑149 (MQ=255)
cTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGgt < 2:1526311/149‑1 (MQ=255)
ccAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGgtgt < 2:1704202/149‑1 (MQ=255)
acAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGgtgt < 2:146930/148‑1 (MQ=255)
aaaTCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTa < 1:89785/149‑1 (MQ=255)
aaTCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTTATATTTTTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGATTAAGGTGTAttca > 2:1240828/1‑147 (MQ=255)
aaTCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTCAGGTGTATTAc > 2:302665/1‑149 (MQ=255)
tCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACAt < 1:1772719/149‑1 (MQ=255)
tCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACAt < 1:159631/149‑1 (MQ=255)
tttGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGc < 1:221529/149‑1 (MQ=255)
ttGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCa < 1:21368/149‑1 (MQ=255)
tGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTCCTTAAAATGTTTTTCAAAATCAATATAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCaa < 1:1560674/149‑1 (MQ=255)
taataTAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCg > 1:987582/1‑149 (MQ=255)
tataGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGata > 1:289102/1‑149 (MQ=255)
tataGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGata > 1:20332/1‑149 (MQ=255)
atgTTTACCTCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATAtt < 1:692903/147‑1 (MQ=255)
tttACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTTTTTTTTGTATTCATATTTATGTGTAATTAATGAAAAAATTTTTTAAAATCGGTTGGAATGGAGGGAGTACGATGTAGTCTAATGCAATCGatatctga > 2:1754734/1‑145 (MQ=255)
ttgaCAGGTACAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTAGAACATTGTATTCAGATTGATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACACCGCAATCGATATTGGa < 2:711053/146‑1 (MQ=255)
ttcacaggtcgaaTTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAAAGAAAATGTCTCTCAAAATCAATAGAAAAGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCCCTAGATAATGGa < 2:1762188/138‑1 (MQ=255)
ttACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTTTTTTTTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGTTATTGGAg > 2:1757188/1‑149 (MQ=255)
ttACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATCTTAGac > 2:2001046/1‑148 (MQ=255)
ttACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCAATATTGGAg > 2:1701989/1‑149 (MQ=255)
ttACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATAGCAATCGATATTGGAg > 2:348498/1‑149 (MQ=255)
ttACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTAGGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATTTTGTAg > 1:1178187/1‑149 (MQ=255)
cAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCGTATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGAACTTGGAGGCa > 2:456210/1‑149 (MQ=255)
cAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGGAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCa > 1:1058316/1‑149 (MQ=255)
aGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATCGTATTCATATTTATGTCTAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGTAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGCTATTgagcgcac > 1:523468/1‑142 (MQ=255)
gtataATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTc < 2:857372/148‑1 (MQ=255)
cTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGAAGGCACTc > 2:1297957/1‑149 (MQ=255)
cTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTAAATCGCAATCGATATTGGGGGCAcca > 2:1560468/1‑147 (MQ=255)
tataATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTTATATTTTTTAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATTGATATTGGAgggcctga > 2:1824615/1‑143 (MQ=255)
aTTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAAtt > 1:362391/1‑149 (MQ=255)
ttGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGATTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTa > 1:1920413/1‑149 (MQ=255)
tGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGGTATTGGAGGCACTCAAATTaa > 1:788394/1‑149 (MQ=255)
tGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTaa > 1:1312195/1‑149 (MQ=255)
gTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTaaa > 2:1068127/1‑149 (MQ=255)
gTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTaaa < 2:289102/149‑1 (MQ=255)
gTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGCGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTaaa < 1:1371822/149‑1 (MQ=255)
aCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTTATTTTTTTTTTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGATTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATGTAGGAGGCACTCTAATTAAATctt > 2:1587979/1‑147 (MQ=255)
aCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCgg < 1:1998790/149‑1 (MQ=255)
aCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCgg < 1:1604151/149‑1 (MQ=255)
gCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTTTTTTTTTTTTTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTTCGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCTCTCATAtttattcttct > 2:1072506/1‑140 (MQ=255)
cTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAg < 1:1145610/149‑1 (MQ=255)
cTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAg < 1:1078359/149‑1 (MQ=255)
acATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTa < 2:28254/148‑1 (MQ=255)
cATAAAATGGAACAATATCTTTGTGAAAATTGGATTGAGAGTTATGGATAATGAATGAGAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGGAGTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTAt < 2:6782/149‑1 (MQ=255)
aTAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTAtt < 1:1640027/149‑1 (MQ=255)
aaTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATa < 2:620802/149‑1 (MQ=255)
gTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGc < 2:974009/149‑1 (MQ=255)
aaCAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTGAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCaa < 1:820620/149‑1 (MQ=255)
aaCAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCaa < 1:533621/149‑1 (MQ=255)
aCAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATTGAAATTTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCTGCAGTTATTGATAAGCAAt < 2:1032562/149‑1 (MQ=255)
cAATGTCTTTTTTAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAAtt < 2:651921/149‑1 (MQ=255)
cAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAAtt > 1:1146113/1‑149 (MQ=255)
cAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAAtt > 1:1807140/1‑149 (MQ=255)
aaTATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTg < 1:1202790/149‑1 (MQ=255)
atgtCTTTTGTAAAATTTTATCAATTTTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGCTAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGCAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGa < 2:457641/146‑1 (MQ=255)
tatCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGGATAATTAATGAAAATGTTTTGCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGaa < 2:1404641/149‑1 (MQ=255)
atCTTTTTGAAAGTTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTAGTAAATCCAAAGCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAat > 1:1364022/1‑149 (MQ=255)
atCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTTATAAGCAATTGaaa > 1:1751364/1‑148 (MQ=255)
tCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAata < 1:680719/149‑1 (MQ=255)
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cTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAatat > 1:1110470/1‑149 (MQ=255)
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tttttGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATg < 1:713594/149‑1 (MQ=255)
gAAAATTGTATACATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAAGCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACAGCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTTGa < 2:700288/149‑1 (MQ=255)
gTATTCATATTTATGTAGAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTTGACTATcaa < 1:1222535/149‑1 (MQ=255)
|
TCAAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTTGACTATCAA > CP000730/367499‑367789
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
