Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A17 F57 I1 R1
|
25 |
173.1 |
3446910 |
97.6% |
3364184 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
367,644 |
G→T |
intergenic (‑96/‑20) |
nanA ← / → nagC |
N‑acetylneuraminate lyase/possible transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 367,644 | 0 | G | T | 99.5%
| 610.2
/ NA
| 187 | intergenic (‑96/‑20) | nanA/nagC | N‑acetylneuraminate lyase/possible transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (103/83); total (104/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
TCAAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTTGACTATCAA > CP000730/367499‑367789
|
tcaAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCa < 2:1572007/149‑1 (MQ=255)
caAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCat > 1:507733/1‑149 (MQ=255)
caAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCat > 1:668346/1‑149 (MQ=255)
caAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCACTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTTTTCat > 2:589920/1‑149 (MQ=255)
aaaGGCACTAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACACTATCTTTTTGTAAAGTGTATTCatat < 2:1055544/149‑1 (MQ=255)
aaaGGAACGAGGAACGCGTCATATAAACCTTTTAAATCGTTGTGCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACATCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCatat < 1:1201359/149‑1 (MQ=255)
aaCGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATg > 2:417943/1‑149 (MQ=255)
aCGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCAGTTGATAATATAGTTGACAGCTATAATTG‑TATACGCGGACATAAAATGGGAGATGAGCTTTTTGATAAGTGTATGCatatctgtga > 1:357423/1‑143 (MQ=255)
aCGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTAtaatta < 1:119045/149‑1 (MQ=255)
tGCATATAACCCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGa < 2:174414/149‑1 (MQ=255)
tGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGa < 1:743794/149‑1 (MQ=255)
tGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGa > 1:1400166/1‑149 (MQ=255)
tGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGa > 1:539101/1‑149 (MQ=255)
tataAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAAt < 2:882913/149‑1 (MQ=255)
tataAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATAAATGAAAAt > 2:1480894/1‑149 (MQ=255)
tataAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATAGTGAGTGGTAACAATAGCTGTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAAt > 2:1648295/1‑149 (MQ=255)
ataAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATg > 2:525861/1‑149 (MQ=255)
ataAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATg > 2:538591/1‑149 (MQ=255)
ataAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATg > 2:870138/1‑149 (MQ=255)
taAACCTTTTAAATCTTTGGTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTCATAATATAGTTTACAGATATAATGT‑TAAAGGCTATCATAAATGTTATGAATATCATTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAGATGt > 2:250709/1‑149 (MQ=255)
aaCCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGttt > 2:1039777/1‑149 (MQ=255)
ccTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGttttt > 1:840777/1‑149 (MQ=255)
tttAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTTaa > 2:1308664/1‑149 (MQ=255)
tcaaaTCTTTGTTAAATATGAAGTCCCTTCCAAAATCATTTGATAATATTGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGTTTTCATAAAATGTAACAATATCGTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCaaa < 2:1380043/147‑1 (MQ=255)
tAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCaaaa < 2:6975/149‑1 (MQ=255)
aaaTCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAAt < 2:1020674/149‑1 (MQ=255)
aTCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAGTTAATGAAAATGTTTTTCAAACTCa > 1:979857/1‑149 (MQ=255)
ttGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAGTTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAAATGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATaa > 2:1125586/1‑148 (MQ=255)
ttGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTTTTTTTTGTTTTCATATTTATGTATAATTAATGATAATGTTTTTCAAaataaataa > 2:1693471/1‑148 (MQ=255)
ttGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAg > 1:1553217/1‑149 (MQ=255)
ttGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTAACATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATCTTTATGTATCACTAATGAAAACGATTTTCAAAATCAATAg > 2:859646/1‑149 (MQ=255)
tGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGa > 2:613292/1‑149 (MQ=255)
ttCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGaaa < 1:1294988/149‑1 (MQ=255)
ttCATTATGAAGTCCATCCAACAATCCTTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTCAGTAGTATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGaaa < 2:369396/149‑1 (MQ=255)
tCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATAAATAGAAAt > 2:1358223/1‑149 (MQ=255)
taTTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATg < 2:490199/148‑1 (MQ=255)
aTTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATgg < 1:1515803/149‑1 (MQ=255)
gAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtga > 2:1515801/1‑149 (MQ=255)
aaaaacaaaaaaaaaaTCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtga < 2:892865/138‑1 (MQ=255)
aaGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAACATGTAACACTATCTTTTTGACAATTGTCTTCATATTTATGTCTACTTAATGAAAATGTTTTTCAAATTATATAGCATTGgaggggg > 2:1323253/1‑145 (MQ=255)
aaGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtgag > 1:689060/1‑149 (MQ=255)
aaGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtgag < 2:1037182/149‑1 (MQ=255)
aaGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtgag > 1:1009037/1‑149 (MQ=255)
aaGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtgag > 1:1139493/1‑149 (MQ=255)
aaGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtgag > 1:1509063/1‑149 (MQ=255)
aaGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtgag > 2:304133/1‑149 (MQ=255)
tCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTaa > 1:203416/1‑149 (MQ=255)
cTCCCAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGTTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGgt < 2:733709/149‑1 (MQ=255)
tccactaaTCATTTAATAGTGTATTTTACATCTATAAGTG‑TAATCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAGTGGAGTGAGTAAGgtg < 2:1637213/143‑1 (MQ=255)
tCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCT‑TATTTGTTAATCGGTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAACCCCATAGAACCGGAGTGAGTACggcg < 2:357423/149‑3 (MQ=255)
ccAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGgtgt < 1:32716/149‑1 (MQ=255)
tCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACAt < 1:452187/149‑1 (MQ=255)
tCATTTGATAATAGTGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATATAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACAt < 1:1032498/149‑1 (MQ=255)
gATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGTAAATTGTTTTAATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGCGAGTAAGGTGTATTACATCGCAAt > 2:465568/1‑149 (MQ=255)
gATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTATTGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGCAATGGATTGAGTAAGGTGTATTACATCGAAAt > 2:846856/1‑149 (MQ=255)
gATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGATATCATAAAATGTAACAATATCTTTTAGAAAATGGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAGTCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCaac > 2:1219471/1‑148 (MQ=255)
ataataTAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTGAAAATCAATCGAAATGGAGTGAGTCAGGTGTATTACATCGAAATc > 2:520731/1‑149 (MQ=255)
aataTAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGa < 1:1652763/149‑1 (MQ=255)
gTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTgg > 1:371364/1‑149 (MQ=255)
gTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTgg > 1:1327064/1‑149 (MQ=255)
tttACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTAGATCGCAATCGATATTggg > 1:472511/1‑148 (MQ=255)
tttACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGa > 1:1262463/1‑149 (MQ=255)
ttACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAg > 1:1477854/1‑149 (MQ=255)
ttACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAg < 2:1526543/149‑1 (MQ=255)
cAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCa > 2:138836/1‑149 (MQ=255)
cAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCa > 2:653451/1‑149 (MQ=255)
aaGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCa < 1:1531951/148‑1 (MQ=255)
aaGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCa < 1:1128061/148‑1 (MQ=255)
tataATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCa < 2:67268/149‑1 (MQ=255)
gataATTG‑TACCCGCTACCATAAAAAGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTAATGTATAATTAAGGAAAATGCTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATGACATCGCAATCGATCTTGCAGGCACCCa > 2:139830/2‑149 (MQ=255)
ataATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCaa > 1:297418/1‑149 (MQ=255)
taATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCaaa < 2:1580927/149‑1 (MQ=255)
tAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTaatc > 1:384583/1‑147 (MQ=255)
tAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAAt < 1:270371/149‑1 (MQ=255)
tAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAAt > 1:1220444/1‑149 (MQ=255)
aaCGCTATCATAAAATGTAACCATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAAAGGTCTTCAAAATCAATAGAAATGAAGGGAGTAAGGTGTATTACATCGCACTCAAAATTGGAGGCACTAAAATTAAAtag > 2:764511/1‑147 (MQ=255)
aaCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCg > 1:559213/1‑149 (MQ=255)
cGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAACATCAATAGAAATGGAGGGAGTAAGGTGAATTACATCGCAATCTATATTGGATGCAATCAAATTAAATCgcc > 1:644966/1‑147 (MQ=255)
cGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATAGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGc > 1:1183941/1‑149 (MQ=255)
cGCTATCATAAAATGGCACAATATCTTTTTGAAAATTGTCTTCATGTTGATGTATCATTGATCAAAATGTTGGTCAAAAGCACTAGAGATTGCGTGTTTAGGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGAAAGTAAATTAAATCGGc < 2:634107/149‑1 (MQ=255)
aTCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAACATGATGTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTCCATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGtt > 2:275895/1‑149 (MQ=255)
aTCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGtt > 1:816271/1‑149 (MQ=255)
tAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCa > 1:678471/1‑149 (MQ=255)
tAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCa > 1:1454083/1‑149 (MQ=255)
aaCAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTTTTTTTTTTTTGAAATGGAGTGAGCAAGGAGTATTACATCGCAATCGATAGTGGAGGCACGCAATTTATCTCGGCAGTTATTGATAAgtat > 2:939743/1‑146 (MQ=255)
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aCAATATTCTTTTGAAAAGTGTATTCAGATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCCAAATCACTAGAAATGGAGCGAGTAAGGTGTATCACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAAt < 1:53168/149‑1 (MQ=255)
cAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAATTTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAAtt < 1:1088496/149‑1 (MQ=255)
cAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGAGAGCACTACAATTAAATCGGCAGTTAATGATAGGCAAtg > 2:126654/1‑148 (MQ=255)
tatCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATAAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGaa < 1:888455/149‑1 (MQ=255)
tatCATTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATGCTTACTGAACATGATTTACAAAAGCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGaa < 2:361763/149‑1 (MQ=255)
tttttGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGGAAGGTGTATTACATCGCAATCGTTATTGGAGGCACTCAAATTCAACCAGAAGGTAATGATAAGCAAATGAATATg > 1:1595509/1‑149 (MQ=255)
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aTTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTTGACTAt < 1:870138/149‑1 (MQ=255)
aTTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTTGACTAt < 1:138836/149‑1 (MQ=255)
gTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTTGACTATcaa < 2:1179094/149‑1 (MQ=255)
|
TCAAAAGGAACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTG‑TAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTTGACTATCAA > CP000730/367499‑367789
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
