Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I0 R1
|
80 |
111.8 |
2404748 |
95.6% |
2298939 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
39,672 |
C→A |
29.3% |
V488F (GTT→TTT) |
mecA ← |
penicillin binding protein 2 prime |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 39,672 | 0 | C | A | 29.3%
| 153.6
/ 79.2
| 113 | V488F (GTT→TTT) | mecA | penicillin binding protein 2 prime |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/36); new base A (18/15); total (62/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.78e-01 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTG > CP000730/39534‑39811
|
ttGTAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTAAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCATCAacac < 2:198396/141‑1 (MQ=255)
ttGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAaaac > 2:277890/1‑141 (MQ=255)
tGAAAGGATCTGTACTGGGTTACTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACAcc < 1:1050867/141‑1 (MQ=255)
tGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACAcc < 1:1102079/141‑1 (MQ=255)
gAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCt < 2:562624/141‑1 (MQ=255)
aaGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAg > 1:517084/1‑141 (MQ=255)
ggATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGtt > 1:942657/1‑141 (MQ=255)
aTCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGCCCGTAACGTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCAGCAAAACCTAGtttt > 1:856773/1‑141 (MQ=255)
tCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTCACCTGAATCAGCTAATAATATTTGATTATCTAAATTTTTGTTTGGAATTTGAGCATTATAAAATGGATAAGTACTTGGTATATCTTCCCTAACATATAtttttt > 1:189511/1‑141 (MQ=255)
tGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTACTAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTc < 1:815376/141‑1 (MQ=255)
tGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTACTAATATTTCAACCTATAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAATACCTAGTTTTTTc > 2:490728/1‑141 (MQ=255)
tGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTc > 1:846326/1‑141 (MQ=255)
tgaCTGGGTTAATCATTATTTCTCCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATCTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTTAGCATTATAAAATGTATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCa < 2:22050/139‑1 (MQ=255)
gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGACTCAGCTAATAATCTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTAAGCATTATAACATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCACAACCAAGttttctat > 2:1014248/1‑137 (MQ=255)
gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCa < 1:708764/141‑1 (MQ=255)
gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCCTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCa < 1:103725/141‑1 (MQ=255)
tACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAGATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCAt > 2:1004552/1‑141 (MQ=255)
aCTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATg < 1:1047308/141‑1 (MQ=255)
tGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGcc > 1:826670/1‑141 (MQ=255)
tGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGcc < 1:859468/141‑1 (MQ=255)
tGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATCTTCGTTTGAAATTTGAGCATAATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTCGTTTTTTCATGcc > 2:373250/1‑141 (MQ=255)
gTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCttt < 1:868062/141‑1 (MQ=255)
gTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTCCATTATCTTTAGTGTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCttt < 1:566511/141‑1 (MQ=255)
tAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCttttt < 1:1050724/141‑1 (MQ=255)
aaTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTc > 1:337294/1‑141 (MQ=255)
aTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCTTTTTAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCa < 1:164806/141‑1 (MQ=255)
aGTATTTCACCTTCTCCGTAACCTTAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAt < 2:348442/141‑1 (MQ=255)
tATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAttt > 2:986455/1‑141 (MQ=255)
ttCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATAACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCtt > 2:158469/1‑141 (MQ=255)
tCACCTTGTCCGTATCCTGAATCAGCTAATGATATTTCATTATTTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTa < 2:582026/141‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAATTTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTa > 2:1148691/1‑141 (MQ=255)
cACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTAc > 1:609479/1‑141 (MQ=255)
ccTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTg > 1:772170/1‑141 (MQ=255)
cTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGc < 1:229288/141‑1 (MQ=255)
ttGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGcc > 2:944375/1‑141 (MQ=255)
tGTTCGTAACCTGAATTATCTAATAATTTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCt < 2:253482/141‑1 (MQ=255)
tGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCt < 1:696773/141‑1 (MQ=255)
gTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGACTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTa > 2:975715/1‑141 (MQ=255)
tCCCTAACCTGAAACAGCTAATAATATTACATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTaa < 2:328228/141‑1 (MQ=255)
aaCCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGa < 2:903238/141‑1 (MQ=255)
aaCCTGAATCAGATAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGa < 1:1078693/141‑1 (MQ=255)
aCCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGCAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTATTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGac > 1:675155/1‑140 (MQ=255)
ccTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTAGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGt < 2:1152669/141‑1 (MQ=255)
cTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGtt > 1:420790/1‑140 (MQ=255)
cTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACAAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTg > 2:333709/1‑141 (MQ=255)
tGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGc < 2:1087442/141‑1 (MQ=255)
aaTCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTAACTGCCTAATTGGAGTGCtc > 1:217539/1‑140 (MQ=255)
cTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAg > 1:208808/1‑141 (MQ=255)
cTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAg > 1:308178/1‑141 (MQ=255)
ataataTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTGTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTTGCaa > 1:902595/1‑141 (MQ=255)
aataTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCTTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAg > 2:953286/1‑141 (MQ=255)
tttCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCaaaaaatt < 2:1100153/141‑3 (MQ=255)
ttaaTTATCTAAATTGTTGTTTGAAATTTGAGCATGATAAAATGGATAATACATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTGATGCCTTTTTCCAATTTCTTACTGCCTAATTCGGGTGCTACTCTCGCCATGaaagt > 2:265091/4‑139 (MQ=255)
tCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAATTAATTACTCCCTAATTCAAGTGCATCTTTAGCAAAGAAGAtt > 2:14622/1‑140 (MQ=255)
tCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑g < 2:517084/141‑1 (MQ=255)
aTTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑Gtt < 1:986687/141‑1 (MQ=255)
ttATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTa > 1:977295/1‑141 (MQ=255)
tATCTAAATTTTTGTTTGAGATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGTTACTCTAGAAAAGAAAAT‑Gtttt > 1:1004796/1‑139 (MQ=255)
tAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCtga < 2:460232/141‑1 (MQ=255)
tAAATTTTTGTTTGAAATGTTAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCtga < 2:212635/141‑1 (MQ=255)
tttgtttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAACT‑GTTATCTGTTGAttt > 1:341881/1‑140 (MQ=255)
ttgtttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGGGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCt > 1:1135196/1‑141 (MQ=255)
tgtttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTCTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTTCTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTa < 2:638520/141‑1 (MQ=255)
tttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTAtt > 1:74805/1‑141 (MQ=255)
ttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTCTGCCTAATTCGAGTACTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTAttc > 2:483943/1‑140 (MQ=255)
tgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGc < 2:35789/141‑1 (MQ=255)
tttGATCATTATAAAATTGATAATCACTTGCTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGtt < 2:212397/141‑1 (MQ=255)
tGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTATCGCCAAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGtttt > 1:1177610/1‑141 (MQ=255)
tataCAATGGACAATCACCTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTTCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGa < 2:16412/141‑1 (MQ=255)
aaaTGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCATCACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATAtt < 2:442603/141‑1 (MQ=255)
aTGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGGTATTAc > 1:127709/1‑141 (MQ=255)
tGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTAcc > 2:116497/1‑141 (MQ=255)
gATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAt < 1:595919/141‑1 (MQ=255)
aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt > 2:468244/1‑141 (MQ=255)
aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTCCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt > 1:313816/1‑141 (MQ=255)
aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAACGAATAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTATGTCGATATTACCAtt > 2:185464/1‑141 (MQ=255)
aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGCTATTACCAtt > 1:1153490/1‑141 (MQ=255)
aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt < 1:70951/141‑1 (MQ=255)
aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt > 1:469063/1‑141 (MQ=255)
tAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAttt < 1:1148691/141‑1 (MQ=255)
aaTCTCTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTa < 2:204694/141‑1 (MQ=255)
aaTCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTa < 2:113328/141‑1 (MQ=255)
aTCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCATTCATAATAGATA‑CAAAGGGTTCTATTCATTGCCTTAATTCGATATTACCATTTAc > 1:1171517/1‑141 (MQ=255)
cACTTGGTCTATCTTCACCAACACCTAGTTTGTTTATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCa < 2:625496/141‑1 (MQ=255)
cACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGAATCTATTGCTTGTTTTAAGTAGATATTACCCTTTAccc > 2:733853/1‑140 (MQ=255)
ttGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACtt > 1:845933/1‑141 (MQ=255)
ttGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACtt > 1:659051/1‑141 (MQ=255)
ggTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCa > 1:738537/1‑141 (MQ=255)
ggTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAGTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTTAGTCGATATTACCATTTACCACTTCa > 1:724918/1‑141 (MQ=255)
gTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTATTTTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTCCat > 2:984291/1‑141 (MQ=255)
gTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCat > 1:1078521/1‑141 (MQ=255)
tataTCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCata < 1:116497/141‑1 (MQ=255)
atatCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCatat > 1:433144/1‑141 (MQ=255)
tCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCCAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCCCTCCATATCtt > 2:39059/1‑141 (MQ=255)
tCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCCTTTACCACTTCATATCtt > 1:783324/1‑141 (MQ=255)
tcccAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATCTCTTACTGCCTCATTCGAGTGTTAATCTAGCATCGAAAAT‑GTTTTCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTaa < 2:1026333/139‑1 (MQ=255)
cAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGt < 1:1063917/141‑1 (MQ=255)
aaCACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAGGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTCACGtt > 1:98317/1‑141 (MQ=255)
acacCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTg < 1:58367/141‑1 (MQ=255)
acacCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTg > 1:493796/1‑141 (MQ=255)
|
TTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTG > CP000730/39534‑39811
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
