Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F1 I1 R1
|
16 |
55.7 |
3673927 |
94.4% |
3468187 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
REL606 |
4,524,522 |
IS186 (+) +6 bp |
coding (494‑499/549 nt) |
fimA → |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
REL606 |
2772854 = | NA (NA) | 65 (1.210) |
48/144 |
0.1 |
100% |
noncoding (1/1343 nt) |
IS186 |
repeat region |
| ? | REL606 |
= 4524527 |
0 (0.000) | coding (499/549 nt) |
fimA |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| * |
? |
REL606 |
= 2774196 | NA (NA) | 57 (1.060) |
43/144 |
0.2 |
100% |
noncoding (1343/1343 nt) |
IS186 |
repeat region |
| ? | REL606 |
4524522 = |
0 (0.000) | coding (494/549 nt) |
fimA |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAAC < REL606/4524527‑4524453
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:689195/1‑76
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:1041216/1‑76
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:994553/76‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:1533700/1‑76
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:1075514/1‑76
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTNATG < 1:1650549/76‑1
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:640394/1‑76
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:1021163/76‑1
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:865632/76‑1
TATCGTGAGAGTAATTGATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCATAACCCTTAAGTTAGCGATGATGGG > 1:14213/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:1635702/76‑1
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:628701/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:523666/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:871228/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:464262/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:1386806/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:1335067/1‑76
ATCGTGAGNGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT > 1:1761337/1‑76
ATCGTGAGAGTAATTCCTCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTGAAGTTAGCGCTTATGtga > 1:17137/1‑73
CGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATTGGTTG < 2:1526829/76‑1
TGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG > 2:541648/1‑76
GAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG > 2:1207479/1‑76
AGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC > 2:666711/1‑76
AGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC > 2:766353/1‑76
AGAGTAATCCATCGGCACGTTAAATCATATCACGCGTAATACCACAGCCCTTAAGTCAGCGATCATGGGTTGCGGC > 2:25986/1‑76
GAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC > 1:1259817/1‑76
GAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC > 1:1136875/1‑76
AGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC < 2:1331768/76‑1
TTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT > 1:809627/1‑76
CATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC < 2:1756104/76‑1
CATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC < 2:1176075/76‑1
CGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA > 2:1030741/1‑76
CGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA > 2:926757/1‑76
CGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCACGGTTGCAAA > 1:821711/1‑76
GCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT < 1:1385529/76‑1
CACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA < 2:1050381/76‑1
CGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC > 2:1744411/1‑76
GTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACG < 2:1396699/76‑1
TTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC > 1:1040145/1‑76
TAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG > 1:732262/1‑76
AAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC > 2:350061/1‑76
ATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCT > 1:1530203/1‑76
TCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG > 1:903544/1‑76
TATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA > 2:1729150/1‑76
TATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA > 2:493455/1‑76
ATCAGGCGTAATCCCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAAC < 1:1071594/76‑1
TCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACG < 1:49904/76‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGA < 2:222153/76‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGA > 2:1155761/1‑76
GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAAT > 1:1192931/1‑76
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGT > 2:1681038/1‑76
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGT > 2:1175267/1‑76
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGT > 1:631192/1‑76
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAAGCGCCTGGAACGGAATGGT > 2:204576/1‑76
AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTA < 2:1719125/76‑1
AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTA > 1:821969/1‑76
AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTA < 1:420385/76‑1
acACCACAACCCTGAAGTTAGCGCTTATGGGTGGCGGCGCCGGTTGGAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTAg < 1:1353777/74‑2
ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT > 2:1656599/1‑76
ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT < 1:1353809/76‑1
TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATT < 2:437055/76‑1
CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGT > 2:335897/1‑76
CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC > 2:411252/1‑76
CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC > 1:1667803/1‑76
AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCC > 1:826536/1‑76
ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCG > 1:582913/1‑76
CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTA > 1:1394708/1‑76
TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAGTAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTAT < 1:1531710/76‑1
TTAAGTTAGCGCTTATGGGTAGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTAT < 1:1821119/76‑1
TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATT < 2:206550/76‑1
TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATT < 1:626207/76‑1
TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATT > 2:678019/1‑76
AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGTAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTC < 2:1397482/76‑1
GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAG < 1:666712/76‑1
TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGG > 1:992481/1‑76
TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGG > 1:1090816/1‑76
AGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGT > 2:685158/1‑76
CGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTG < 2:513479/76‑1
CGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTG < 1:766919/76‑1
TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTC > 1:507408/1‑76
ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTat > 1:1732923/1‑74
TGGGTTGCTGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTG < 2:996295/76‑1
TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTG > 2:527016/1‑76
GGGTTGCGGCCCCGGCTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGA < 1:1311744/76‑1
GTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGATCGGAATNGTATTGGTTCCGTTATTCNGGNTTGTTTCTGAAC > 1:1488143/1‑76
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAAC < REL606/4524527‑4524453
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
