Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A112 F1 I1 R1
|
17 |
249.1 |
16570612 |
93.0% |
15410669 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
REL606 |
4,524,522 |
IS186 (+) +6 bp |
coding (494‑499/549 nt) |
fimA → |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
REL606 |
2772854 = | NA (NA) | 309 (1.290) |
116/144 |
0.0 |
100% |
noncoding (1/1343 nt) |
IS186 |
repeat region |
| ? | REL606 |
= 4524527 |
0 (0.000) | coding (499/549 nt) |
fimA |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| * |
? |
REL606 |
= 2774196 | NA (NA) | 284 (1.190) |
112/144 |
0.1 |
100% |
noncoding (1343/1343 nt) |
IS186 |
repeat region |
| ? | REL606 |
4524522 = |
0 (0.000) | coding (494/549 nt) |
fimA |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAAC < REL606/4524527‑4524453
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:690997/76‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:5239251/76‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:5420652/76‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:1602118/76‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:5012340/76‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:4130257/76‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:3072281/1‑76
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATAACACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:7846537/76‑1
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:4661219/1‑76
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:1523881/76‑1
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:2414035/1‑76
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:3929640/76‑1
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:3342427/1‑76
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:1454038/1‑76
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:6714239/1‑76
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:2531983/76‑1
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:7473467/76‑1
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGGACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:1014327/76‑1
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:1380685/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:6113506/76‑1
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:5940519/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:5855089/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:5656505/76‑1
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:912211/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:103490/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:7029248/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:4830573/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:854604/76‑1
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:3940154/1‑76
ATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT > 2:3250162/1‑76
ATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT > 2:669446/1‑76
CGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG < 1:7034331/76‑1
GTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC > 2:7231558/1‑76
GTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC > 2:2737789/1‑76
TGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG > 1:6328276/1‑76
TGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG > 2:8088307/1‑76
AGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC > 1:2348517/1‑76
GTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC > 1:3779135/1‑76
GTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC > 2:4471190/1‑76
AATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG > 1:5906065/1‑76
TCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG > 1:5239366/1‑76
CATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC > 2:5696709/1‑76
CGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA < 1:7743626/76‑1
GCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT < 2:5106079/76‑1
GCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT > 2:2897387/1‑76
CACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGGCCCGGTTGCAAAAT‑A > 1:1744782/1‑76
TTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGC > 2:3809513/1‑76
TTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGC > 1:7406903/1‑76
TAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCG > 2:3001894/1‑76
TCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTG < 2:2571626/76‑1
CATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGG < 1:4041055/76‑1
TATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAA > 2:2166380/1‑76
ATCAGGCGTAATACCACAACCC‑TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGGTGCAAAATAAACGCCCCTGGAcg > 2:4670720/1‑74
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGG > 1:5143357/1‑76
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGA > 2:5854839/1‑76
GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAAT > 1:4312159/1‑76
CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATG > 2:2029865/1‑76
GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGG < 1:1853571/76‑1
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGT < 1:827628/76‑1
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGT > 1:6386309/1‑76
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGT > 1:4911685/1‑76
AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTA > 1:2092400/1‑76
AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTA > 1:1586999/1‑76
AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTA < 2:3405673/76‑1
ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT > 2:78932/1‑76
ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT > 2:5994981/1‑76
ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT > 2:4178709/1‑76
ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT < 1:6247976/76‑1
TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATT < 2:6233984/76‑1
TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATT < 1:8124062/76‑1
CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGG < 2:5547994/76‑1
ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTT < 2:6479112/76‑1
ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTT < 2:180892/76‑1
CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC > 2:7402989/1‑76
CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC < 1:2185904/76‑1
CAACCCGTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC < 2:3699184/76‑1
AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGCACGGAATGGTATTGGTTCC > 1:5564544/1‑76
CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTT > 2:4949135/1‑76
CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTA > 2:6953931/1‑76
CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTA < 2:3169953/76‑1
TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTAT > 2:2494535/1‑76
TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGGTCCGTTAT > 1:1101179/1‑76
TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATT < 2:4060123/76‑1
TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATT < 1:1296539/76‑1
TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATT < 1:2977107/76‑1
AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTC < 2:3605226/76‑1
GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAG > 1:3170752/1‑76
TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATTGTATTGGTTCCGTTATTCAGG > 1:7252660/1‑76
TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGG > 1:7893506/1‑76
TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGG < 2:7608736/76‑1
TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGG < 2:7659265/76‑1
AGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGT > 1:5475261/1‑76
GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGT > 1:7564948/1‑76
CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTT > 1:2843847/1‑76
TTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTT > 1:3105043/1‑76
TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTC > 1:8019989/1‑76
ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCT < 1:4399414/76‑1
TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTG > 2:1310640/1‑76
TGGGTTGCGGCCCCAGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTG < 1:4552998/76‑1
GTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAAC > 2:6123727/1‑76
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAAC < REL606/4524527‑4524453
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
