Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A38 F1 I1 R1
|
17 |
54.1 |
3391312 |
97.1% |
3292963 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
REL606 |
4,524,522 |
IS186 (+) +6 bp |
coding (494‑499/549 nt) |
fimA → |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
REL606 |
2772854 = | NA (NA) | 60 (1.160) |
47/144 |
0.1 |
100% |
noncoding (1/1343 nt) |
IS186 |
repeat region |
| ? | REL606 |
= 4524527 |
0 (0.000) | coding (499/549 nt) |
fimA |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| * |
? |
REL606 |
= 2774196 | NA (NA) | 45 (0.870) |
36/144 |
0.4 |
100% |
noncoding (1343/1343 nt) |
IS186 |
repeat region |
| ? | REL606 |
4524522 = |
0 (0.000) | coding (494/549 nt) |
fimA |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAA < REL606/4524527‑4524454
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:342829/1‑76
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:168948/76‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:1654537/1‑76
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:440805/1‑76
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:1246539/76‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:563541/1‑76
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:419843/76‑1
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:1264747/1‑76
TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:1567994/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:748469/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:275701/76‑1
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:177845/76‑1
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:478936/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:546575/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:743055/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:861081/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:1300568/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:1290201/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:1246726/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:1328594/1‑76
TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:136962/1‑76
ATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT > 1:1334569/1‑76
TCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT < 2:1342101/76‑1
TCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT < 2:546325/76‑1
TCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT < 1:1112252/76‑1
GTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC < 1:552345/76‑1
GAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC > 1:303988/1‑76
AGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC < 1:1289339/76‑1
AGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC < 2:1233051/76‑1
GTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC > 2:1585135/1‑76
GTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC < 1:484352/76‑1
TAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCG < 2:973115/76‑1
TAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCG > 1:537349/1‑76
AATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTCTGGGTTGCGGCCCCGG > 1:334652/1‑76
AATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG > 2:425368/1‑76
TCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG > 2:1558322/1‑76
TCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG < 2:1393445/76‑1
CATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC < 1:239177/76‑1
CACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA < 1:444583/76‑1
CACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA > 2:307718/1‑76
CACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA < 1:606438/76‑1
atGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAA < 1:981894/74‑1
CGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC > 1:383698/1‑76
CGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 1:979108/76‑1
TTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC > 1:1177811/1‑76
TAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG > 1:494928/1‑76
TAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG > 2:1372501/1‑76
AAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC > 2:653545/1‑76
AAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC > 1:1479738/1‑76
AATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC > 1:1262712/1‑76
CATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG > 1:814848/1‑76
ATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA < 1:1218493/76‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGA > 2:1222094/1‑76
GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAAT < 1:945437/76‑1
GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGG < 2:438324/76‑1
GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGG > 1:1009911/1‑76
gAATCCCACACCCCTTAAGTGAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGT < 1:940281/75‑1
ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT > 2:351251/1‑76
TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATT < 1:1527367/76‑1
ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTT > 2:1461882/1‑76
ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTT > 1:512960/1‑76
CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC > 2:1563189/1‑76
CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC < 1:267394/76‑1
CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGT < 2:1266459/76‑1
CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTT > 1:995287/1‑76
cgTAAGTGAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTA < 2:1076256/74‑1
TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTAT < 1:560707/76‑1
TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTAT < 1:340396/76‑1
AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTC < 1:1188396/76‑1
AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTC < 2:1271885/76‑1
AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTC < 1:1428071/76‑1
AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCA > 1:1573068/1‑76
TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGG > 2:330338/1‑76
TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGG > 1:1572798/1‑76
AGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGT < 1:1349175/76‑1
GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGT > 1:1583697/1‑76
CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTT > 2:1515505/1‑76
CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTT > 2:785166/1‑76
TTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTT > 1:1557378/1‑76
ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCT > 1:759120/1‑76
TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCANGATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTG < 2:270428/76‑1
GGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAA < 1:203249/76‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAA < REL606/4524527‑4524454
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
