Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F1 I1 R1
|
7 |
175.1 |
22577466 |
95.2% |
21493747 |
37.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
REL606 |
4,524,522 |
IS186 (+) +6 bp |
coding (494‑499/549 nt) |
fimA → |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
REL606 |
2772854 = | NA (NA) | 154 (1.010) |
56/66 |
0.4 |
100% |
noncoding (1/1343 nt) |
IS186 |
repeat region |
| ? | REL606 |
= 4524527 |
0 (0.000) | coding (499/549 nt) |
fimA |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| * |
? |
REL606 |
= 2774196 | NA (NA) | 151 (0.990) |
63/66 |
0.0 |
99.2% |
noncoding (1343/1343 nt) |
IS186 |
repeat region |
| ? | REL606 |
4524522 = |
1 (0.010) | coding (494/549 nt) |
fimA |
major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772892‑2772854
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACG < REL606/4524527‑4524492
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:4786659/37‑1
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:1285987/37‑1
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:9690024/1‑37
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:4426285/1‑37
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:8177223/1‑37
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:15785/37‑1
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:2181443/1‑37
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:6940706/37‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:3758633/37‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:4550833/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:5093553/37‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:5460316/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:5724763/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:6554491/37‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:7219155/37‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:4293402/37‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:8291140/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:8757195/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:1852573/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:11228393/37‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:2958345/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:1154243/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:8528745/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:6856263/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:4214039/37‑1
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:3530765/1‑37
AGGCGTAATACCACAACCCGTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:5212847/37‑1
GGCGTAATACCACGACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:8694951/37‑1
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:7056411/37‑1
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:2652528/37‑1
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:10645702/37‑1
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:6794307/1‑37
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:10074849/37‑1
GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:5995164/1‑37
GCGTAATACCACAACCATTAAGTTAGCGCTTATGGGc > 2:3346173/1‑36
CGTAATACCGCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT < 2:7413462/37‑1
CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT > 2:4999501/1‑37
CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTANGGGTT < 2:10616205/37‑1
GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG > 2:4159903/1‑37
GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG < 1:4442488/37‑1
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC < 2:9573235/37‑1
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC < 1:91326/37‑1
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC < 2:9363986/37‑1
TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC < 1:3502738/37‑1
AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG > 1:1112690/1‑37
TACCACAGCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC < 2:8738505/37‑1
TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC < 1:6398934/37‑1
CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC > 1:7774979/1‑37
CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCt < 2:7140880/37‑2
CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC < 1:7618014/37‑1
CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC > 1:957129/1‑37
ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCG > 1:748187/1‑37
ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCG > 1:5209881/1‑37
CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG < 2:2021430/37‑1
CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG > 2:9765607/1‑37
ACCCTTAGGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT < 2:5751124/37‑1
ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT > 2:10860329/1‑37
ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT < 2:9113527/37‑1
ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT > 1:2279602/1‑37
ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT > 1:2390974/1‑37
CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG < 1:11229711/37‑1
CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG > 2:6108100/1‑37
CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC < 1:10433638/37‑1
CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC > 2:5147225/1‑37
CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCA < 1:10290877/37‑1
TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA < 2:8068998/37‑1
TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA > 1:4990042/1‑37
TAAGTTACCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGGTGCAAA > 2:6427316/1‑37
AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT < 2:3729465/37‑1
AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT > 2:4826060/1‑37
GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA > 1:10112507/1‑37
TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAA > 1:4739800/1‑37
TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 2:11171877/37‑1
TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC > 1:7857395/1‑37
TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC > 2:9012395/1‑37
TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 1:10690264/37‑1
TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 1:7712766/37‑1
AGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACG > 2:7000238/1‑37
GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC < 1:842478/37‑1
GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC > 1:3677425/1‑37
GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC > 2:5545733/1‑37
CGCTGATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG < 1:4565671/37‑1
CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC > 2:9292549/1‑37
CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC < 1:5662339/37‑1
CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC > 1:1802479/1‑37
TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG > 1:4105704/1‑37
ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG > 2:395592/1‑37
TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAACTAACGCGCCTGGA < 2:8370632/37‑1
TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA > 1:7827024/1‑37
TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA > 2:892001/1‑37
TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA < 1:166353/37‑1
TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA < 2:2998663/37‑1
TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA > 2:5377107/1‑37
GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA < 1:7557503/37‑1
GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA > 1:9302322/1‑37
GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA < 1:5886448/37‑1
GGGTTGCGGCCCCGGCTGCAAAATAACGCGCCTGGAA > 1:3217044/1‑37
GGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAAC > 2:820042/1‑37
GTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACG < 2:2617641/37‑1
GTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACG < 2:6961809/37‑1
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772892‑2772854
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACG < REL606/4524527‑4524492
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
