Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F17 I0 R2
|
162 |
60.6 |
4616657 |
98.5% |
4547407 |
62.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
275,785 |
G→A |
10.0% |
V413I (GTA→ATA) |
mmuP → |
predicted S‑methylmethionine transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 275,785 | 0 | G | A | 10.0%
| 152.1
/ 6.4
| 50 | V413I (GTA→ATA) | mmuP | predicted S‑methylmethionine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/27); new base A (2/3); total (20/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
CGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTT > W3110S.gb/275716‑275855
|
cGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAg > 1:3064795/1‑70 (MQ=255)
gTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGT‑CCAGTAt < 1:4365528/71‑1 (MQ=255)
aTCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTAtt < 1:982548/70‑1 (MQ=255)
caacaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGttt > 1:1918176/1‑71 (MQ=255)
caacaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGtt < 1:3845195/70‑1 (MQ=255)
aacaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGtttt > 1:1135621/1‑71 (MQ=255)
aacaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGttt > 1:2740087/1‑70 (MQ=255)
acaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg < 1:353807/71‑1 (MQ=255)
acaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg < 1:554468/71‑1 (MQ=255)
caaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgt > 1:2738194/1‑71 (MQ=255)
ggTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgct < 1:2771519/71‑1 (MQ=255)
gTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctg < 1:114261/71‑1 (MQ=255)
gCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCt < 1:3609197/71‑1 (MQ=255)
ttGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAgg < 1:3062736/53‑1 (MQ=255)
ttGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAg < 1:4157045/52‑1 (MQ=255)
ttGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:2523683/71‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtg > 1:221902/1‑67 (MQ=255)
aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctgtgc < 1:4007524/59‑1 (MQ=255)
aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt > 1:866514/1‑71 (MQ=255)
aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt < 1:2493434/71‑1 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTgtgt > 1:1119617/1‑71 (MQ=255)
aCATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGtttt > 1:3769348/1‑46 (MQ=255)
aCATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgct > 1:4170787/1‑51 (MQ=255)
ttATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGc < 1:3599465/71‑1 (MQ=255)
tCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTgg > 1:1766628/1‑71 (MQ=255)
gcgcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGc < 1:1612274/70‑1 (MQ=255)
gcgcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGc < 1:3265269/70‑1 (MQ=255)
gcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCAtt > 1:1102396/1‑71 (MQ=255)
cgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTc < 1:3624189/71‑1 (MQ=255)
cgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTc < 1:2170695/71‑1 (MQ=255)
gcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCg < 1:4096866/71‑1 (MQ=255)
gcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCg < 1:1043361/71‑1 (MQ=255)
cGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGAt > 1:3943060/1‑71 (MQ=255)
cGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGAt > 1:61987/1‑71 (MQ=255)
gTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGcc < 1:2676790/41‑1 (MQ=255)
tGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATc > 1:1209618/1‑70 (MQ=255)
gTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAg < 1:2533479/71‑1 (MQ=255)
tATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCa < 1:2653447/60‑1 (MQ=255)
tATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAgc < 1:3929475/71‑1 (MQ=255)
aTCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCt < 1:4410607/37‑1 (MQ=255)
tCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAgcg > 1:902278/1‑70 (MQ=255)
cGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTgtgt > 1:410212/1‑46 (MQ=255)
cTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCa > 1:3704662/1‑54 (MQ=255)
cTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAgcg < 1:3771157/66‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCagag < 1:4511067/71‑1 (MQ=255)
gTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGaa < 1:874884/70‑1 (MQ=255)
gTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAAt < 1:868338/71‑1 (MQ=255)
gTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTc < 1:1362606/54‑1 (MQ=255)
gcaaGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTg > 1:1370552/4‑71 (MQ=255)
gCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTg > 1:3727507/1‑71 (MQ=255)
ccAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGc > 1:1393853/1‑71 (MQ=255)
gTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGtt > 1:3398823/1‑71 (MQ=255)
|
CGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTT > W3110S.gb/275716‑275855
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
