Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I1 R2
|
164 |
48.3 |
4710601 |
85.3% |
4018142 |
55.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
275,785 |
G→A |
V413I (GTA→ATA) |
mmuP → |
predicted S‑methylmethionine transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 275,785 | 0 | G | A | 100.0%
| 178.4
/ NA
| 55 | V413I (GTA→ATA) | mmuP | predicted S‑methylmethionine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (27/28); total (27/28) |
AGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAG > W3110S.gb/275730‑275839
|
aGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATAtt > 1:2004432/1‑60 (MQ=255)
aGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATAtt > 1:2883342/1‑60 (MQ=255)
tGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtg < 1:2455203/59‑1 (MQ=255)
gAGTGCATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtg < 1:4281609/58‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgct < 1:1112251/60‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgct < 1:4231946/60‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgct < 1:3683407/60‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgct < 1:1551974/60‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgct < 1:4520469/60‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgct < 1:1816616/60‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgct < 1:2614221/60‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtg < 1:2415985/58‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtg < 1:2158304/58‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtg < 1:1748297/58‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtg < 1:3232363/58‑1 (MQ=255)
gTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtg < 1:482467/56‑1 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGcc > 1:4237664/1‑58 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGcc > 1:4639269/1‑58 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGcc > 1:437501/1‑58 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGcc > 1:11507/1‑58 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGcc > 1:1473035/1‑58 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGcc > 1:1597819/1‑58 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:1996349/62‑1 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:1248337/62‑1 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:3141065/62‑1 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:2694196/62‑1 (MQ=255)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:2663023/62‑1 (MQ=255)
tccATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:4284432/59‑1 (MQ=255)
tACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:4601381/61‑1 (MQ=255)
tACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:2992419/61‑1 (MQ=255)
aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGGCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:4400843/55‑1 (MQ=255)
cgcgcgCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTgtgt > 1:194035/1‑62 (MQ=255)
cgcgcgCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTgtgt > 1:2184592/1‑62 (MQ=255)
gcgcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGtt < 1:683068/62‑1 (MQ=255)
gcgcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGtt < 1:3866344/62‑1 (MQ=255)
gcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGc > 1:2790269/1‑62 (MQ=255)
gcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGc > 1:2486523/1‑62 (MQ=255)
gcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGc > 1:4196780/1‑62 (MQ=255)
gcCGTGGTATCCGCTGCTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGc > 1:2492086/1‑62 (MQ=255)
gTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTgg < 1:1166098/62‑1 (MQ=255)
gTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGGGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTgg < 1:3166682/62‑1 (MQ=255)
gTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGAGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTgg < 1:1939706/62‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATcc > 1:964957/1‑62 (MQ=255)
cTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATcc > 1:4318987/1‑62 (MQ=255)
cTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATcc > 1:2888072/1‑62 (MQ=255)
cTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATc > 1:506884/1‑61 (MQ=255)
gCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGtt > 1:835006/1‑40 (MQ=255)
gCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAg > 1:33640/1‑59 (MQ=255)
gCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAg > 1:3136359/1‑59 (MQ=255)
gCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAg > 1:2425069/1‑59 (MQ=255)
gCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAg > 1:4644562/1‑59 (MQ=255)
gCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAg > 1:215751/1‑59 (MQ=255)
gCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAg > 1:581790/1‑59 (MQ=255)
gCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAg > 1:1549176/1‑59 (MQ=255)
gCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAg > 1:1137485/1‑59 (MQ=255)
|
AGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAG > W3110S.gb/275730‑275839
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
