Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F21 I0 R2
|
316 |
65.6 |
5147759 |
97.4% |
5013917 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
275,785 |
G→A |
42.0% |
V413I (GTA→ATA) |
mmuP → |
predicted S‑methylmethionine transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 275,785 | 0 | G | A | 42.0%
| 27.5
/ 59.1
| 50 | V413I (GTA→ATA) | mmuP | predicted S‑methylmethionine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/10); new base A (13/8); total (32/18) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 |
TGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGT > W3110S.gb/275723‑275854
|
tGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGt > 1:1054549/1‑71 (MQ=255)
tGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGt > 1:2267282/1‑71 (MQ=255)
gCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGtt > 1:2285559/1‑71 (MQ=255)
tAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctgt > 1:2293171/1‑71 (MQ=255)
tAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctgt > 1:4907845/1‑71 (MQ=255)
gCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCt < 1:3107480/71‑1 (MQ=255)
gCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCt < 1:386839/71‑1 (MQ=255)
ttGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGcc < 1:1443813/67‑1 (MQ=255)
ttGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:2540284/71‑1 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctgtgc > 1:781878/1‑64 (MQ=255)
gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggtgg > 1:4028700/1‑71 (MQ=255)
tGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgat > 1:2485386/1‑55 (MQ=255)
tGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCt > 1:4689511/1‑71 (MQ=255)
aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTAtt < 1:362552/43‑1 (MQ=255)
aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt > 1:1485202/1‑71 (MQ=255)
aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt > 1:2793376/1‑71 (MQ=255)
aTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgcgct < 1:655463/54‑1 (MQ=39)
ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgc < 1:655646/52‑1 (MQ=255)
aCATTATCGCGCGCAGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtg > 1:2604393/1‑49 (MQ=39)
cATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTa > 1:195427/1‑39 (MQ=255)
cATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTa > 1:2226506/1‑39 (MQ=255)
cATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTg < 1:42253/70‑1 (MQ=255)
aTTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt < 1:116030/65‑1 (MQ=255)
aTTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt < 1:1599025/65‑1 (MQ=255)
tATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgctgtg > 1:4158305/1‑50 (MQ=255)
tATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGc < 1:1754473/70‑1 (MQ=255)
tATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCAAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCt > 1:239084/1‑71 (MQ=255)
aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg > 1:4953362/1‑42 (MQ=255)
aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg > 1:4374200/1‑42 (MQ=255)
aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg > 1:3657807/1‑42 (MQ=255)
aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg > 1:4061446/1‑42 (MQ=255)
aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTg > 1:5060172/1‑71 (MQ=255)
aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTg > 1:1651294/1‑71 (MQ=255)
aTCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTg > 1:2009773/1‑71 (MQ=255)
tCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTgg < 1:191289/71‑1 (MQ=255)
tCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTtgtgctg > 1:1424655/1‑46 (MQ=255)
cgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTc > 1:2329338/1‑71 (MQ=255)
ccGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGa > 1:342632/1‑71 (MQ=255)
cGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGAt > 1:2765246/1‑71 (MQ=255)
tGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctgt < 1:2992893/37‑1 (MQ=255)
tCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAgcg < 1:1467473/70‑1 (MQ=255)
cGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGc > 1:2832826/1‑40 (MQ=255)
cTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCa > 1:1979707/1‑68 (MQ=255)
tGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTggg > 1:2717031/1‑47 (MQ=255)
tGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCagag > 1:4307636/1‑70 (MQ=255)
tGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCagag > 1:4833038/1‑70 (MQ=255)
gTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAAt < 1:3446387/71‑1 (MQ=255)
gTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAgaga < 1:4987874/69‑1 (MQ=255)
gTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAgaga < 1:2630249/69‑1 (MQ=255)
aGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGt < 1:2614559/71‑1 (MQ=255)
|
TGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGT > W3110S.gb/275723‑275854
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
