Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F44 I1 R1
|
19 |
65.8 |
3201541 |
96.2% |
3079882 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
NC_000913 |
3,247,848 |
IS2 (+) +5 bp |
coding (76‑80/663 nt) |
yqjA → |
general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
NC_000913 |
= 2070271 | NA (NA) | 76 (1.160) |
51/198 |
0.3 |
96.0% |
noncoding (1/1331 nt) |
IS2 |
repeat region |
| ? | NC_000913 |
= 3247852 |
3 (0.050) | coding (80/663 nt) |
yqjA |
general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
| * |
? |
NC_000913 |
2996361 = | NA (NA) | 60 (0.920) |
45/198 |
0.6 |
95.0% |
noncoding (1331/1331 nt) |
IS2 |
repeat region |
| ? | NC_000913 |
3247848 = |
3 (0.050) | coding (76/663 nt) |
yqjA |
general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2070173‑2070271
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTATTCCTGGTGAATC < NC_000913/3247852‑3247754
TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA < 1:43651/100‑1
TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA < 1:1498705/100‑1
TCAATCATCTGTCCTCCAATGAATAGTCTAAAAACTGGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGACATTCAGCGGGCCAGTCTAA < 1:1342444/100‑1
CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAT > 2:1394933/1‑100
ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGC > 2:1389666/1‑100
ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGC > 1:478700/1‑100
TCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGC > 1:650578/1‑99
TCATCTGTTCTACAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCC < 1:1480226/100‑1
CTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑C > 1:1549989/1‑100
TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CA > 2:502275/1‑100
TTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATC < 2:1233504/100‑1
TTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATC > 2:1489809/1‑100
CCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATG > 1:134448/1‑100
CAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGG < 1:224154/100‑1
nATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGA > 1:277966/2‑100
ATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGAT > 1:136599/1‑100
nGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATT > 1:808107/2‑100
TGACTAGTCTAAGAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATT > 2:1047856/1‑100
TGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATT < 2:911065/100‑1
AGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCA > 2:606596/1‑100
GTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAG > 1:646980/1‑100
TCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTCAGTGATCTTGATTGTCTGGAGATTCATTGGGCCAGTATAATGGCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAG > 1:1112242/1‑99
TCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGG > 1:1573068/1‑100
CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCGAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGG > 1:635492/1‑100
CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCattag > 1:577461/1‑95
CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGG > 1:241778/1‑100
CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGG > 1:1558464/1‑100
CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGG > 2:1451318/1‑100
CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGG > 2:406254/1‑100
TAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCCGGGT > 1:1227736/1‑100
TAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGT < 2:1438848/100‑1
AAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTT > 2:1270536/1‑100
AACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCA < 1:251097/100‑1
ACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAA > 2:147072/1‑100
CTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAA > 2:959241/1‑100
TAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGC < 1:1012587/100‑1
TAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCAAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGC > 1:889977/1‑100
accaaTATCACTTAAATAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCG > 2:1484037/6‑100
AAGACTATCACTGATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCG < 1:1307667/100‑1
CTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCA > 1:1376483/1‑100
CTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCA > 2:229923/1‑100
ATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACA > 1:833093/1‑100
cacttaaaTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGG > 1:429061/9‑100
nTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCT > 2:917652/2‑100
TTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGCTTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCT < 2:1129304/100‑1
ATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTG < 2:134450/100‑1
TTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGC < 1:364576/100‑1
TTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGC < 1:757262/100‑1
TTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCA < 2:780771/100‑1
TAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCA < 1:380831/99‑1
AAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGC < 2:146461/100‑1
TGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAAT > 1:1359147/1‑100
TGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTC < 2:441512/100‑1
TGTATGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTAAAAA > 2:1526550/1‑100
GTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAG < 2:384499/100‑1
TGGAGATTGAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTGTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTC > 1:692228/1‑100
GGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCC > 2:273412/1‑100
GGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCC < 2:520631/100‑1
GGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCC > 2:986269/1‑100
GGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCC > 1:1554184/1‑100
GGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCC < 1:399573/100‑1
TTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCn < 2:277969/100‑2
TTCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCA > 2:640775/1‑100
TCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCAT < 2:1480306/100‑1
TCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCAT > 1:1419161/1‑100
TCAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCAT < 1:1389652/100‑1
CAGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATT < 2:1359161/100‑1
AGGGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTA > 2:103553/1‑100
GGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTATT > 2:1240737/1‑100
GGGGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTATT < 2:136601/100‑1
GGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTATTCC < 2:478704/100‑1
GGCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGACCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTATTCC < 1:765335/100‑1
GCCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTATTCCT > 2:1457022/1‑100
CCAGTCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTATTCCTG < 2:429065/100‑1
TCTAATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTATTCCTGGTGA > 1:1294955/1‑100
AATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTATTCCTGGTGAATC < 1:1360948/100‑1
TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2070173‑2070271
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGCCAAT‑CATCGATGGATTGGCCAGGGTTTCAAAATCCTGCGCCCACAGGGCTTGCAGCAATTGGGTCAAAAGTTCCATTCATTATTCCTGGTGAATC < NC_000913/3247852‑3247754
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
