Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F97 I1 R1
|
15 |
61.0 |
2236302 |
90.0% |
2012671 |
142.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
NC_000913 |
2,536,312 |
Δ1 bp :: IS186 (+) +6 bp :: Δ1 bp |
coding (479‑484/510 nt) |
crr → |
glucose‑specific enzyme IIA component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
NC_000913 |
2514274 = | NA (NA) | 47 (0.790) |
41/278 |
0.4 |
100% |
noncoding (2/1345 nt) |
IS186 |
repeat region |
| ? | NC_000913 |
= 2536317 |
0 (0.000) | coding (484/510 nt) |
crr |
glucose‑specific enzyme IIA component of PTS |
| * |
? |
NC_000913 |
= 2515616 | NA (NA) | 64 (1.060) |
47/280 |
0.2 |
100% |
noncoding (1344/1345 nt) |
IS186 |
repeat region |
| ? | NC_000913 |
2536312 = |
0 (0.000) | coding (479/510 nt) |
crr |
glucose‑specific enzyme IIA component of PTS |
CCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2514418‑2514274
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGACAGTATCGCC < NC_000913/2536317‑2536182
CCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGATTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGGCCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:337312/1‑143
CCCCGGCATGACGTGCCGAAGGACCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATCTGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGAACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:874225/143‑1
gCCGGCATTATGTGCGGAGGTATCCAGTGCTACGGGCGTACCAATAGGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:91901/142‑1
CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTACATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTCGCTCTTATGG > 2:1023347/1‑143
GGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT < 1:48387/143‑1
gccTTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGGGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTT < 2:601856/140‑1
CGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTACTTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGGTAGCGCGTATGGGTTTCACACACGGat > 1:384989/1‑141
AAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGCATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGACAAGTTAAATCATATCAGGCGTAATACAACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTAC > 1:653667/1‑143
CCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACC < 2:952426/143‑1
gcgtGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTT < 2:1114342/139‑1
CGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGCCAGTTT < 2:193797/143‑1
CGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTCATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACGGTTT < 1:787476/143‑1
GCTGACCAATAGGGGCCAGAATTGCTGACCAGATATCGGGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTAAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGAT < 2:403402/143‑1
CTTACCAATATGGGCCAGGATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTGAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATC < 2:369773/143‑1
TTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACGGTTGGAGCA > 1:769186/1‑143
TTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCA > 1:821539/1‑143
TATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAGTCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTT < 2:576206/143‑1
ATGGGCCAGAATTGGTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTG < 2:110406/143‑1
CCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAACCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCCCGGTTACGCTACCGGACCGTTTGATCAGTTCTTTGGTTTC > 1:790322/1‑143
AGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATGCCACCACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACACACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTCTGATTTCGT > 2:184397/1‑143
GAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTC < 1:500867/143‑1
GAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTC < 1:497958/143‑1
AATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATTCACCCACGGGTACGCTACCGGAAAGTTTGACGAGTGCTTTGATTTCGctc > 1:197719/1‑140
TGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTCCCGGACAGTTTGATGAGTTCTTTGATGTCGTCCATGTTG > 1:67229/1‑143
CCAGTTATCGTGAGGGTAATTCATCGGTACGTTAAAGCCTATCAGGCGCTCTACCACATCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGGTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAG < 2:363264/143‑1
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGCCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTCTGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGCCAGTTTGATCAGTTCTTCGATTTCGTCCATGTTGCAGATA > 1:1017060/1‑143
TCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAA < 2:758596/143‑1
CGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAAC < 2:907677/143‑1
TGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACACACGGTTACGCTACTGGACAGTTTGATCAGTTCTATGATTTCGTCAATGTTGGGGGTAACAACCt > 2:1050966/1‑142
agtGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTGAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGA < 2:843120/140‑1
AGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGA < 1:337312/143‑1
GAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCATATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGAGAACAACCGGAG > 1:379875/1‑143
ATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGAGTAATACCACAACCGTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGG < 2:1040807/143‑1
GGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAATTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACT < 2:980357/143‑1
gAATCATATCAGGGCTAATACCACCACCCTTAAGTTAGCTCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTC < 2:465667/142‑1
TCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCT < 1:724592/143‑1
ATCAGGCGTAATACCACAACCCTTCACTTCGGATTTAGGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCA < 1:1050329/143‑1
TCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGCTCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATACCAACCGGCGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAG > 2:529052/1‑143
GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCGGGGTAGACTTGCCTTTCTCTTTCAACAGCcg > 1:927469/1‑141
ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGAT > 1:951531/1‑143
cttCAATCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGTTTAACTCACGGTTACGCTAGCGGAAAGGTGGAACAGGTCTTGGAGTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATC < 1:185896/140‑1
CCACAGCCCTTAAGGTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATC < 1:952284/143‑1
ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGCTCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAA > 1:893947/1‑143
ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGCGCCAGGGTAGACCTGGCCTTCTCTTCCCGCCCCGGCcgcgcca > 2:1060845/1‑136
CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACCTAGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATacaa > 2:619791/1‑139
AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCGTTCTCTTCCAGCAGCGGAAGAGCAAAT > 1:899435/1‑143
CCCTTAAGTGAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTC < 2:765761/143‑1
AAGTTAGCGCTCATGGGCTGCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCCTCCATGTTGGCGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGA < 1:303201/143‑1
gtgAGCGCTTATGCGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGACA < 1:224912/140‑1
GCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGACAGTAg > 2:298838/1‑142
TTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCGGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGACAGTATCGCC > 1:366559/1‑143
CCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2514418‑2514274
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGACAGTATCGCC < NC_000913/2536317‑2536182
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
