Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A4 F1 I2 R1 | 780 | 68.3 | 3343050 | 93.5% | 3125751 | 102.9 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,454,292 | C→A | G122G (GGC→GGA) | paaA → | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,454,292 | 0 | C | A | 100.0% | 159.3 / NA | 49 | G122G (GGC→GGA) | paaA | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (23/26); total (23/26) | |||||||||||
TATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCA > NC_000913/1454158‑1454425 | tATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCggatggc > 2:1088665/1‑139 (MQ=255) ataGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGa < 1:934193/139‑1 (MQ=255) ccgAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGa < 2:1400493/130‑1 (MQ=255) ccgAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGa > 1:1400493/1‑130 (MQ=255) ccgAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGc < 1:437485/139‑1 (MQ=255) ccgAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGc > 2:437485/1‑139 (MQ=255) aaaCACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGAt < 1:1436672/139‑1 (MQ=255) aaaCACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGAt < 1:1031367/139‑1 (MQ=255) tGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAgg < 1:1262064/139‑1 (MQ=255) cgcCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTg > 2:1556633/1‑139 (MQ=255) cTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCAct > 2:905009/1‑139 (MQ=255) cTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCAct > 2:906928/1‑139 (MQ=255) aaaaaTGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCAc < 1:646132/132‑1 (MQ=255) aaaaaTGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCAc > 2:646132/1‑132 (MQ=255) aaaaTGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATg < 1:981445/139‑1 (MQ=255) aaaaTGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATg < 1:1556633/139‑1 (MQ=255) 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aGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGc > 1:1278317/1‑139 (MQ=255) gggCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGAt > 1:696465/1‑46 (MQ=255) gggCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGAt < 2:696465/46‑1 (MQ=255) ggCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATg < 1:920999/80‑1 (MQ=255) ggCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATg > 2:920999/1‑80 (MQ=255) atatCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCg < 1:1496552/80‑1 (MQ=255) atatCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCg > 2:1496552/1‑80 (MQ=255) atatCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGc > 1:906606/1‑91 (MQ=255) atatCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGc < 2:906606/91‑1 (MQ=255) atatCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGaaa > 2:1045917/1‑101 (MQ=255) atatCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGaaa < 1:1045917/101‑1 (MQ=255) ggTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCAc < 1:73999/62‑1 (MQ=255) ggTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCAc > 2:73999/1‑62 (MQ=255) aTCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCa < 1:1088665/139‑1 (MQ=255) | TATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCA > NC_000913/1454158‑1454425 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |