Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F20 I0 R1
|
33 |
26.4 |
1163560 |
84.9% |
987862 |
142.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,287,423:1 |
+T |
76.9% |
intergenic (‑52/‑341) |
acs ← / → nrfA |
acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,287,423 | 1 | . | T | 76.9%
| 139.5
/ 45.9
| 65 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/9); new base T (29/20); total (36/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGC > NC_000913/4287281‑4287559
|
aTTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTAGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑g > 2:194194/1‑143 (MQ=255)
tttgATCCATCGGCTTGTACGTCTTAGGTTTTAGCAGGGAATGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑ttt < 1:360447/142‑3 (MQ=255)
gttgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGGGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑tta < 1:286322/143‑3 (MQ=255)
tgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGGGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGGTAATAATATGTGGAATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑Aagg > 1:231410/1‑143 (MQ=255)
aTCGGCGCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAGTGGTCTGCGATGTTGGTAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTGATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGGTAATAATAGGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTAtt < 1:373321/143‑1 (MQ=255)
tCGCCTCGTATTGCTGAGTGTTTATCAGGCACCGGTTTGCGTTGTTGGTATGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCCCGGTGGAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTg < 1:514704/143‑1 (MQ=255)
cgcgctctgctgTAGGTTTATCAGGCTGCGGTCTGCGATGTTGCCAGGAATGGGGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCTTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGt < 2:266281/137‑1 (MQ=255)
gttgtgctgAGGGTTTAGAAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGAGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGttt < 1:520099/139‑1 (MQ=255)
gTACCGCTGCGGGTTTATCGGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGttt < 2:389561/143‑1 (MQ=255)
aCTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGGAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTg < 1:22263/143‑1 (MQ=255)
ttgctgAGGTTTTATCAGTCATCCGTCTTCGACGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTTTGTATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTCGGATGTTAATAATATGTGTCTTAAGCGTTATAT‑GTT‑AGTGGTATTGGCAGTTTTGt < 2:15117/142‑1 (MQ=255)
tgctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGtt > 1:329602/1‑143 (MQ=255)
gctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGttt > 1:540208/1‑143 (MQ=255)
ctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTATCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGAGTATTGGCAGTTTTGttaa > 2:231116/1‑141 (MQ=255)
aGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTa > 2:136893/1‑143 (MQ=255)
aGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAAGGGTGTGTTTGTGACTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTACTTGTAGGATGTTAATCATCTGTGGCGTCGGCGTTATAT‑GTT‑AGGGGTATTTGCAATAATGTgtagta > 1:42855/1‑143 (MQ=255)
tttATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCCTAGGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTATATTTAGAATATg > 1:177082/1‑143 (MQ=255)
aGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTATTGTTTAGTATTTGGGCGAc > 1:185410/1‑143 (MQ=255)
gCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGTCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTCATAATATGTGGCTTACGCGTTACAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGAATAGTAATTGAAAGACAGa > 1:221525/1‑143 (MQ=255)
gCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATGTTGCACCGCGTAAGCGTTAAAT‑GTT‑CGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAg > 1:576439/1‑143 (MQ=255)
gCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGAATAAGCATTAAAT‑GAT‑AAGGGAATTGGCAATTTTGTTTAGTATATGGGCGACAg > 1:150370/1‑143 (MQ=255)
aCGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTCAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATc > 2:142220/1‑143 (MQ=255)
aCGGTATGTGATGTTGGTAGTTATGGTGTGTTTGTAAATTTGGCTCAGGGTTTGGTTGTCCGTGTAGGATGGTAAGAAGATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑TGAGGGGGATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATc < 1:187928/143‑1 (MQ=255)
cGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaaaa > 1:285920/1‑143 (MQ=255)
gATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTATTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAg > 1:417594/1‑143 (MQ=255)
tgCATGAATGTTGTGTTGGTGAATTTGGCTCATGCGTTTGTTCTCCTTATTGGATGTTAATTATATGTTGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGTGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAAtt < 2:227550/142‑1 (MQ=255)
ggCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGCGTATTGGCAGTTTTGTTAAGAAAATAGACGACAGATAAAGCAAAAGTAGAAt > 1:30927/1‑143 (MQ=255)
ggTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCATTGTAGGATGTGGATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATAG‑TGCAAAt > 1:390130/1‑143 (MQ=255)
gtgtgtGGGATTTTGGTTCATGTTTTTGGGGTCTTTGTAGGATGTTAGTTATATGGTGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATaaa < 2:548892/143‑1 (MQ=255)
tttGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTGCAC‑GTT‑AGGGGAATTGGCAGTGTGGTTCAGCATTTGGGCGACAGATCACGCAACAGCAGAATTG‑TGCACACAAACgc > 2:431828/1‑142 (MQ=255)
tgtgAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAg > 2:440168/1‑143 (MQ=255)
aaTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGt > 2:141177/1‑143 (MQ=255)
ggCGCATGCTTTTGTTCTCCTTTTAGGATGTTAATATTATGTTTTTTTTTCTTTAATT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTGTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGTAGGGTAAttt < 1:1456/143‑1 (MQ=255)
cTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGAAGTATTAATAAATATTTGGGAGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAAttttt > 1:149657/1‑143 (MQ=255)
tCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGTATGTTTATCATAGGTTGCATTATCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGAATTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGa < 1:146936/143‑1 (MQ=255)
tgattttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAGTATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAg < 1:556236/140‑1 (MQ=255)
gCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTCTTTGTGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATATTTGAAGGt > 2:463528/1‑143 (MQ=255)
ttttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTc < 1:194194/143‑1 (MQ=255)
tttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACTGTTCACGCAATAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAAGTTTTGAAGGTCa > 1:5150/1‑143 (MQ=255)
ttGTTTTCCTTGTAGGATGTTGATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTCGTATGTGGGGGACAGCTGACGTAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAg < 2:83278/143‑1 (MQ=255)
ttGTTCTCCTTGTAGGATGTTGATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGc < 2:378011/143‑1 (MQ=255)
ctcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaaca > 1:424950/1‑143 (MQ=255)
tcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaacaa > 1:559822/1‑143 (MQ=255)
tcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaacaa > 1:408850/1‑143 (MQ=255)
tcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGGAGAAGTTGCATTG‑TGCAAACGATCGGCTGGTGAATTTGTGGAGGTCAGACACaaa > 2:218318/1‑143 (MQ=255)
cTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATATTTGAAGGTCAGCAACaaaa > 1:213959/1‑143 (MQ=255)
gTAGGAGGTTACTAAGATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTGTGTTCCGTCTCCGGAGGAGAGATCAC‑CAGCAGCAGGACTGCTACAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGtt < 1:578607/143‑1 (MQ=255)
tAGGAGGTTAATATATTATGGCATTAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGa < 2:131693/143‑1 (MQ=255)
aGGCTGTGAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGAAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGa < 2:374722/143‑1 (MQ=255)
aGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGTGATTGATTTTTTTATAGTAGATTTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAAGTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGa < 1:134803/143‑1 (MQ=255)
gATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGAtt > 1:68362/1‑143 (MQ=255)
gATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGAtt > 1:354388/1‑143 (MQ=255)
gATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGAtt > 1:378231/1‑143 (MQ=255)
tGTTAATAATGTGTGTGATAAGCGTTAACTGG‑T‑AGGGGTGTGGGCAGTTTTGTTTAGTATTTTGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAATGTCAGCAACAAAAGTTGATTaa < 2:152406/143‑1 (MQ=255)
taataaTATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGAGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTc > 2:19700/1‑143 (MQ=255)
aataatATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCt > 2:421008/1‑143 (MQ=255)
ataataTGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCtt < 2:280464/143‑1 (MQ=255)
aataTGTGCGATAAGCCGTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATGTGAGCGACAGATCACGCAGAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTg < 2:164491/143‑1 (MQ=255)
ttacgtgGCATAAGCGTTAAAG‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATGTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTCATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGa < 2:307421/139‑1 (MQ=255)
atatGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGGAGTTGTGTTGAGTATTGGGGGGAGGGATCACGCAAAGGGAGAATGG‑TGCGAATAAACGGCAGGGTAATTGGTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAGTCTTTGa < 1:566809/143‑1 (MQ=255)
atGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAgg > 2:431900/1‑143 (MQ=255)
tgGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCCAACGTAGTCTTG‑TGCAAATAAACGACAGGGTAAAATTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACa > 1:171335/1‑143 (MQ=255)
aTAAGTTTTAAAT‑G‑T‑AGTGGTATTGGCAGTTTTGTGTAGAATGTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa < 1:81696/143‑1 (MQ=255)
aTAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGTGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa < 2:53494/143‑1 (MQ=255)
tAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa < 2:378061/143‑1 (MQ=255)
ttAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATAAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatg > 1:556678/1‑143 (MQ=255)
tAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGTCGGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgc < 2:329602/143‑1 (MQ=255)
tAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGACGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgc > 1:142567/1‑143 (MQ=255)
|
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGC > NC_000913/4287281‑4287559
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
