Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F52 I0 R1
|
35 |
30.0 |
1250572 |
90.4% |
1130517 |
142.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,287,423:1 |
+T |
100% |
intergenic (‑52/‑341) |
acs ← / → nrfA |
acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,287,423 | 1 | . | T | 95.1%
| 242.7
/ 4.3
| 82 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base T (39/38); total (41/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGC > NC_000913/4287281‑4287559
|
aTTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑g > 1:315017/1‑143 (MQ=255)
gATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑ttaggg > 1:130592/1‑138 (MQ=255)
aTACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGGTGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑gggg > 2:548772/1‑143 (MQ=255)
tCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTg > 2:17719/1‑143 (MQ=255)
tCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGAATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGCATTg > 2:296801/1‑143 (MQ=255)
tCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGATGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTCTGTTCTCCTTGTAGGACGTTACTAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGAATTg > 2:302325/1‑143 (MQ=255)
gtcgggggAGGTTTTATCAGGCGGCGGTGTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTGGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGtttt < 2:267929/136‑1 (MQ=255)
gctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTTAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGttt < 1:407938/143‑1 (MQ=255)
gctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGttt > 1:158464/1‑143 (MQ=255)
gctgAGGGTGTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGCATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGttt < 1:200436/143‑1 (MQ=255)
ctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATACTATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑G‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTa > 2:235099/1‑143 (MQ=255)
ctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTa > 1:347135/1‑143 (MQ=255)
gAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGt > 2:118423/1‑143 (MQ=255)
gTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAttt > 1:244220/1‑143 (MQ=255)
catgCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCGCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGa < 2:10022/140‑1 (MQ=255)
ggCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGGATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACa < 1:315519/143‑1 (MQ=255)
ggCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACa > 1:468135/1‑143 (MQ=255)
aaCGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGAt < 1:445304/143‑1 (MQ=255)
aCGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATc < 1:574472/143‑1 (MQ=255)
cGGTCTGCGATTTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCa < 2:203509/143‑1 (MQ=255)
cGGTCTGCGATGTTTGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCa < 1:105705/143‑1 (MQ=255)
cGGTCGGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCa < 2:466213/143‑1 (MQ=255)
tGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACGGATCACGCaa > 1:39607/1‑143 (MQ=255)
tGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaa > 2:320185/1‑143 (MQ=255)
cGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaaaa > 2:531938/1‑143 (MQ=255)
gATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTAATGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAg > 1:222994/1‑143 (MQ=255)
aTGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGGTGTTAATACTATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCACAAGt > 1:267263/1‑143 (MQ=255)
tGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGCGAATGTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATCGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTa < 1:303679/143‑1 (MQ=255)
ttGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGa > 1:145143/1‑143 (MQ=255)
gCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAAtt > 2:479526/1‑143 (MQ=255)
cAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGAGCTACAG‑C‑C‑ATTGGATATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATGACGCAAAAGTGGAATtg > 1:142090/1‑143 (MQ=255)
ggAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATtgtg < 1:537297/143‑1 (MQ=255)
aaTGGTGGGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCa < 1:524046/143‑1 (MQ=255)
tGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCaaa > 2:432257/1‑143 (MQ=255)
gtgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATa > 2:191650/1‑143 (MQ=255)
gtgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTGAGTATTCAGGCCATAGATTACGCCAAACTAGACTTGTGCCAATa > 2:100433/1‑143 (MQ=255)
tgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaa > 1:368170/1‑143 (MQ=255)
tgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaa > 1:263074/1‑143 (MQ=255)
gttgttGTGATGTTGGCGCAGGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaaa < 2:211467/139‑1 (MQ=255)
gtgtTTGTGATTTTGGTTGATGC‑GTTTGTTCGTCTTGTAGGATGTTGATTATGTGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCATGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaaa < 2:41919/143‑1 (MQ=255)
gtTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATACACg > 2:328668/1‑143 (MQ=255)
tgtgAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAAGATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCa < 1:8537/143‑1 (MQ=255)
tgtgAATTTCGGTCATGCTTTTTGTTGTCGTT‑TAGGTTGTTAATAATCTTCGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTTTTTAGTATTTGGGTGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCa < 2:49333/143‑1 (MQ=255)
gtgAATTTGGCTTGTGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCATGAGTAGAATTGTGCAAATAAACGCCAg < 2:545452/143‑1 (MQ=255)
gtgAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAg > 2:566182/1‑143 (MQ=255)
gtgAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAg > 1:318375/1‑143 (MQ=255)
aaTTTGGCTCATGC‑TTGTGTTGTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGt < 2:138834/143‑1 (MQ=255)
aTTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCAGAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTa < 1:170383/143‑1 (MQ=255)
tttGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGAGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTaa > 2:338170/1‑143 (MQ=255)
tCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACTGCAGGGAAATTTTTg > 2:212529/1‑143 (MQ=255)
tCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGCGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGGATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTg > 2:483482/1‑143 (MQ=255)
aTGC‑TTTTGTTCTCCTTTTAGGATGTTAGTAATATGGGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGaa < 1:280161/143‑1 (MQ=255)
aTGC‑TTTTGTTCTCCTCGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGaa > 2:46046/1‑143 (MQ=255)
aTGC‑TTTTGTTATCCGTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTACAT‑GAT‑T‑TCGTGAGTTTCAGTGTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGaa < 1:619414/143‑1 (MQ=255)
gtggttttGTTGTCTTTGGAGGATGTTAATGATATGTGGCATAGGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATGGGCAGTGTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGaa < 2:486377/139‑1 (MQ=255)
c‑TTTTGTTCTTCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGt < 2:197116/143‑1 (MQ=255)
tttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGGTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCa < 2:12461/143‑1 (MQ=255)
ttGTGCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAg < 2:600089/143‑1 (MQ=255)
ctcttctTGTAGGATGTTAATAATCTGTGGCATAATCGTTAGAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAGTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaa < 2:61905/142‑1 (MQ=255)
tctacatgtgGGATGATAATAATATGTGGGATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGAAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAAAGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaac < 1:291347/137‑1 (MQ=255)
ctcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGTAAATGTAGAATTGCGCAAGTAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAgcagca > 2:573444/1‑143 (MQ=255)
tcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaacaa > 2:246196/1‑143 (MQ=255)
tcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaacaa > 1:62541/1‑143 (MQ=255)
tcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTAAGcaacaa > 2:210980/1‑143 (MQ=255)
tAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTg > 2:418187/1‑143 (MQ=255)
ggATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑A‑GGGGTATTGGCAGTTCTGTGTAATAATGGTGCGACAGATCACGCAGAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGAAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAGAGTTGAtt > 1:260982/1‑143 (MQ=255)
tGTTAATGAGAGGGGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTaa < 2:448943/143‑1 (MQ=255)
taataaTATGCTGCATGAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGGATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTc < 2:366864/143‑1 (MQ=255)
aataatATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCt < 1:74290/143‑1 (MQ=255)
aataatATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGACAGTTTTGATTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTAAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCt > 2:189613/1‑143 (MQ=255)
ataataTGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGTGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCtt < 1:131226/143‑1 (MQ=255)
taataTGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 1:548772/143‑1 (MQ=255)
taataTGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 2:315017/143‑1 (MQ=255)
actatGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTg < 2:166298/141‑1 (MQ=255)
gtaggtgGCATAAGCGTTAACTGG‑T‑A‑GTGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGa < 1:148862/139‑1 (MQ=255)
atGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACTGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAgg < 2:255408/143‑1 (MQ=255)
tgGAATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAAc < 2:328114/143‑1 (MQ=255)
ggaTAAGCGTTGAAG‑G‑TGA‑GGGGTATTGGCAGTTTTGGTTAGTATTTGGGGGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACAt < 2:265112/141‑1 (MQ=255)
cATAAGCGTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATg < 1:516593/143‑1 (MQ=255)
gTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGCACATGCAGTTat > 1:75722/1‑143 (MQ=255)
gTTAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGACCATGCCGTTat > 2:530060/1‑143 (MQ=255)
ttAAAT‑GTT‑A‑GGGGGATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGAAAAATGCAGTTatg > 2:523305/1‑143 (MQ=255)
tAAAT‑GTT‑A‑GGGGTGTTGGCAGTTTTGGTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTGTGAGGAACATGCAGTTatgc > 1:304790/1‑143 (MQ=255)
tAAAT‑GTT‑A‑GGGGTATTGGGAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGTTATCGCTGTAGTGGGGTTGTGAATGTAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCCGAAATAAAAGTTGATTTATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgc < 2:158464/143‑1 (MQ=255)
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ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGC‑TTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑A‑GGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGC > NC_000913/4287281‑4287559
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
