Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F84 I0 R1
|
42 |
46.2 |
1977590 |
90.0% |
1779831 |
142.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,287,423:1 |
+T |
100% |
intergenic (‑52/‑341) |
acs ← / → nrfA |
acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,287,423 | 1 | . | T | 95.0%
| 343.5
/ 10.7
| 120 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/2); new base T (66/47); total (71/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCAT > NC_000913/4287281‑4287561
|
aTTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑g < 2:671143/143‑1 (MQ=255)
ttgttgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑t > 2:217476/1‑143 (MQ=255)
gttgATACATTGGCGCGTGGTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCGGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑tta < 1:527751/143‑3 (MQ=255)
gttgATACATCGCCTCGTACTGCTGGGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑tta < 1:784696/143‑3 (MQ=255)
ttgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑ttag < 1:901006/143‑4 (MQ=255)
gATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAGTTTGGCTCATGCTCTTGTTCTGCGTGTAGGATGTTGCTACTAAGTGGCATAAGCGATACAT‑G‑ttaggg > 2:474520/1‑138 (MQ=255)
gATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTGGTGAATTTGGCTCATGCTTGTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑ttaggg > 2:490334/1‑138 (MQ=255)
aTACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑Agg‑gg > 2:709514/1‑143 (MQ=255)
aTCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTAtt > 2:103283/1‑143 (MQ=255)
tCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTg > 1:741693/1‑143 (MQ=255)
tCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTAGAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTg > 1:241025/1‑143 (MQ=255)
tCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGCCAACGGCCTGCGGTGTGGG‑CAGGAGTGCGGGGGTTGGGAATGTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGGCGGATGTTGATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑TGGTGGTATTg > 1:211690/1‑143 (MQ=255)
ccTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTGAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCa > 1:58745/1‑143 (MQ=255)
cTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTggacg > 2:834622/1‑140 (MQ=255)
tCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGt < 1:378599/143‑1 (MQ=255)
cGTACTGCTGAGGGTTTATCACGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAACTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGtt < 1:4324/143‑1 (MQ=255)
aCTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGGATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATCT‑T‑ACG‑GGCATTGGCAGCTTTg > 1:273488/1‑143 (MQ=255)
aCTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGGTTTg > 1:976621/1‑143 (MQ=255)
ctgctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGt < 2:962436/143‑1 (MQ=255)
tgctgGGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGGGTGTATTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGtt < 2:799906/143‑1 (MQ=255)
tgctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTGTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGtt > 2:677756/1‑143 (MQ=255)
ctgAGGGTTTATCAGGCAACTGTCGGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCATTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTa < 1:519309/143‑1 (MQ=255)
cggAGGGTTTTACAGGCAACTGTCTGCGGTGTTGGCCACTGCTGGT‑TGTGTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTa < 2:695556/141‑1 (MQ=255)
tgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CGGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCGTGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAACT‑GTT‑CGG‑GGTCTTGGCAGTTTTGTTCAg > 1:631817/1‑143 (MQ=255)
tgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGTCATAAGCGTGCAAT‑G‑TAAGG‑GGTAGTGGCAGTTTTGATTAg > 2:60373/1‑143 (MQ=255)
tgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGTATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAg > 1:930733/1‑143 (MQ=255)
aGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTa > 1:442991/1‑143 (MQ=255)
gTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAttt < 2:328403/143‑1 (MQ=255)
tATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAGTATGAGGCATAATCTGTACAT‑GCT‑AGG‑GTTATTTGCAGTTTTGTTTAGTATTTggg > 2:242652/1‑143 (MQ=255)
tATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTggg < 1:53689/143‑1 (MQ=255)
tATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGACAGTTTTGTTTAGTATTTggg > 2:807461/1‑143 (MQ=255)
aTCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATAGGCAGTCTTGTTTAGTAGTTGGGc > 2:963117/1‑143 (MQ=255)
gCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAg > 1:21419/1‑143 (MQ=255)
gCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTCAGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTACTTGTAGGATGATAATAATAGGTGGCATAAGCGTTAAAG‑GTT‑AGG‑GGTAGTGGCAGTTTTGATTAGTATTTGGGCGACAg > 1:326098/1‑143 (MQ=255)
aaCGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCCTGCTTTTGTTCTCCTTGGAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGAt < 1:470595/143‑1 (MQ=255)
aCGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATc > 1:351336/1‑143 (MQ=255)
cGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCa < 1:709514/143‑1 (MQ=255)
gTCTGCGTTGTTGT‑GTGTGATTGTGTGTTTGTGGTTTTTGCTCAGGCTTGTGTGCTTCTTGTAGTGTGTTAATGATATGTGGCATATGCCTTAAGT‑G‑TGATG‑GGTATGGGCAGTTTTGTTTAGTATTTTGTCGACAGATCACg < 2:925390/143‑1 (MQ=255)
tGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GCTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGAGCGACAGATCACGcga > 2:856492/1‑141 (MQ=255)
tGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATCTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGAGACAGATCACGCaa > 2:593469/1‑143 (MQ=255)
gATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTTGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑TGTATTGTCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAg < 1:700588/143‑1 (MQ=255)
tGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAAGATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTa > 2:744818/1‑143 (MQ=255)
gTTGG‑CAGGAATGCTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAg < 1:818082/143‑1 (MQ=255)
tGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGaa < 1:389060/143‑1 (MQ=255)
tGG‑CACGAATCGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTGCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGaa < 1:293986/143‑1 (MQ=255)
g‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCGTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAAtt > 2:935494/1‑143 (MQ=255)
g‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCATTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGGAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAAtt > 1:313614/1‑143 (MQ=255)
cAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCCAAAGTAGAATtg > 2:300159/1‑143 (MQ=255)
cAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAGAGTAGAATtg > 1:593224/1‑143 (MQ=255)
aGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGGAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGAATGATCACGCAAAAGTAGGATtgt > 1:876905/1‑143 (MQ=255)
gAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTCCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGc < 1:429948/143‑1 (MQ=255)
aaTGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGCATTGTGCa > 2:326634/1‑143 (MQ=255)
aaTGGTGTGTTTGTGAAGTTGGCGCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCa < 1:108313/143‑1 (MQ=255)
aaTGGTGTGTTTATGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCa > 1:15549/1‑143 (MQ=255)
aaTGGTGAGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCa > 2:924660/1‑143 (MQ=255)
tgtgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGAGGTTAGTAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAAt < 1:520274/142‑1 (MQ=255)
tgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTGGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaa > 1:636938/1‑143 (MQ=255)
gttttgttgAATTTTGCTCATGCTTTTGTTCTGCATGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaaa < 2:646541/136‑1 (MQ=255)
tgtgAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTGTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCa > 2:17122/1‑143 (MQ=255)
gtgAATTTGGCTCATGCTGTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAAGAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGGTTTGTTTGGTATTTGGCCGACAGATAACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAACCGGCAg > 2:493204/1‑143 (MQ=255)
tgAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAgg < 1:855499/143‑1 (MQ=255)
tgAATTTAGCTCATGCTTTTGTTCTCCGTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑CGG‑GGTATTGTCAGTTTTGTTTAGTATTCGGGCGACAGATCAAGCAAAAGTAGATTTGTGCAAATAAACGGCAgg < 2:515935/143‑1 (MQ=255)
aaTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTAGGTGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGt > 2:588049/1‑143 (MQ=255)
aaTTTGGCTCATGCTGTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTATTGTTAAGTAGATGGGCGACAGATCACGCAAATGAAGAATTGTGTAAATAAACGGCAGGGt > 2:199562/1‑143 (MQ=255)
tGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAAtt < 1:43226/143‑1 (MQ=255)
tCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATACGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTg > 2:369308/1‑143 (MQ=255)
ctGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGT‑GGTATTGTCAGTTTTTTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGaa < 1:475249/142‑1 (MQ=255)
aTGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGaa > 1:309179/1‑143 (MQ=255)
gCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTCGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGagga > 2:335890/1‑140 (MQ=255)
ttttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACTGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATACACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTc > 2:521117/1‑143 (MQ=255)
ttttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGAGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑TGAGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTc > 2:518660/1‑143 (MQ=255)
tttGTTCTCCTTGTAGGATGTTACTAATATCTGGCAGAAGCGGTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGTAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCa < 1:500355/143‑1 (MQ=255)
ttGTTCTGCTGGTCGGGTGTTAATAATCTGGTGCATGAGCGTTAAAT‑GTT‑ACG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAg < 2:832027/143‑1 (MQ=255)
ttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAg < 1:54892/143‑1 (MQ=255)
tGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGc < 1:675520/143‑1 (MQ=255)
ttCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGCCAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaa > 1:319049/1‑143 (MQ=255)
ttCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaa > 2:539428/1‑143 (MQ=255)
ttCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTGGATTAGTATTTGGGCGACAGATAACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATATTTGAAGGTTAGcaa > 2:466987/1‑143 (MQ=255)
ttCTCCGTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAG‑GTT‑AGG‑GGTAGTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGGAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaa > 1:541508/1‑143 (MQ=255)
ttCTACTAGAAGGATGATAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGAATTGGAAGTTTTGTTAAGTATATGAGCGACAGGTCACGCAAAAGTAGAATTGTAAAAATAAACGAGAGCGAAATTTTAGAAGATAAGcaa > 2:76427/1‑143 (MQ=255)
tcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaacaa > 1:565865/1‑143 (MQ=255)
ccTTGTGGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACaaa < 2:718938/143‑1 (MQ=255)
aGGATGTTAAAGATGTGTGGAATACGCGTCAAAC‑GTT‑GGG‑GGTGTTGGCGGTTTTGTGTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGGATCGTGCAACTAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGCTGa < 2:109078/143‑1 (MQ=255)
gATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGAtt > 2:711438/1‑143 (MQ=255)
tGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAG‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTaa < 2:659061/143‑1 (MQ=255)
gTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAt > 1:191475/1‑143 (MQ=255)
ttAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAATTGAGTAAtt > 2:810562/1‑143 (MQ=255)
aataatATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATCAATTCt > 2:211066/1‑143 (MQ=255)
taataTGTGGCATAATCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑AGTATTGGGAGTTTTGTTTAGTATTTGAGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 1:647750/143‑1 (MQ=255)
taataTGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAATGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 2:77035/143‑1 (MQ=255)
cgtgaGCGTTGAGT‑GTT‑AGT‑GGTATTGGCAGGTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGAGGACGCAGAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATg < 2:14376/139‑1 (MQ=255)
cATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTAGTGGCAGTTGTGTTTAGTATTTGGGCGAAAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATg < 1:12112/143‑1 (MQ=255)
tAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTGCGTTTATTATTTAGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa > 2:72612/1‑143 (MQ=255)
aaGCGTTAGGT‑G‑TGAGG‑GCAACTGTCAGGTTTGGTTAGTATGTGGGCGAGAGATCACGCGAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTTATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAg < 2:5924/143‑1 (MQ=255)
aaGCGTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAg > 1:268750/1‑143 (MQ=255)
gTTAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTAGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGatat > 2:874215/1‑143 (MQ=255)
tAAAT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCGGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgc < 2:355870/143‑1 (MQ=255)
aaaT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATCAACGGCAGGGTAATTTTTGCAGGTAAGCAACAAAAGTTGATTACTTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgca > 1:451964/1‑143 (MQ=255)
aaaT‑GTT‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATCAATTCTTGGAGGAACATGCAGTTatgca > 2:78115/1‑143 (MQ=255)
gaggg‑T‑AGG‑GGTTGTGGCATTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGGAGAATTGTGCAAATAAACGGCATGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgcat < 2:908848/139‑1 (MQ=255)
|
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGG‑CAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGG‑GGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCAT > NC_000913/4287281‑4287561
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
