Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F2 I0 R1
|
193 |
6708.0 |
8620653 |
98.5% |
8491343 |
136.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,905,170 |
T→G |
15.2% |
V99G (GTT→GGT) |
CIW80_RS24815 → |
coenzyme F390 synthetase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,905,170 | 0 | T | G | 15.2%
| 171.4
/ 4.2
| 100 | V99G (GTT→GGT) | CIW80_RS24815 | coenzyme F390 synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/50); new base G (15/3); total (47/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.97e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CCCTTTAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGCCCGACGGTTTATTTGCCAAAGAGC > NZ_CP022686/4905031‑4905307
|
cccTTTAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCTATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAAACCTGCGt > 3:230504/1‑140 (MQ=255)
cccTTTAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGt > 3:937035/1‑140 (MQ=255)
ccTTTAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGtt < 1:9492/140‑1 (MQ=255)
ttAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAACCCCTGCGTTGGc < 6:993509/140‑1 (MQ=255)
ttAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGc < 6:767745/140‑1 (MQ=255)
ttAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGc < 6:329631/140‑1 (MQ=255)
ttAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGc < 6:1021466/140‑1 (MQ=255)
ttAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGc < 4:17128/140‑1 (MQ=255)
ttAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGc < 3:547932/140‑1 (MQ=255)
cAGTGGCCAATTATTGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCTGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGtt < 7:663007/140‑1 (MQ=255)
cAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGtt < 1:464175/140‑1 (MQ=255)
cAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGtt < 5:221319/140‑1 (MQ=255)
cAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGtt < 8:200386/140‑1 (MQ=255)
aGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTAAAACCCAGAGTTGGAACGttt > 5:669311/1‑139 (MQ=255)
tGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGTGTTAAAACCCAGCGGTGGGAGGtttat > 1:279091/1‑137 (MQ=255)
tGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGGTTTAAAACCCAGCGTTGGCAgggtgag > 7:520879/1‑135 (MQ=255)
tGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCAGCGGTGGCAgggtaag > 6:353248/1‑135 (MQ=255)
tGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTAAAACCCAGCGTTGGCGGGGTCAg > 8:224848/1‑140 (MQ=255)
tGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTAAAAACCAGCGTTGGCAGGTTAAg > 7:541605/1‑140 (MQ=255)
tGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGAATTCAAACCCAGCGGTGGCAgggtgag > 1:725581/1‑135 (MQ=255)
tGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGCGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAg > 2:414356/1‑140 (MQ=255)
tGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGAAGACGCACATCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGACGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAg > 3:758117/1‑140 (MQ=255)
ggCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAgt > 8:101245/1‑140 (MQ=255)
ggCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCGGCGGTGGCAGGTTCAgt > 6:917586/1‑140 (MQ=255)
cAATGATGGATAAAGCGTTCATGAAGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGAGTTGGCAGGTTCAGTGtt < 3:521803/140‑1 (MQ=255)
cAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGATATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGAGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGtt < 7:622775/140‑1 (MQ=255)
cAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGtt < 7:622773/140‑1 (MQ=255)
tgatgGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTggg < 7:460724/140‑1 (MQ=255)
tgatgGATAAAGCGGTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGGTGGCAGGTTCAGTGTTggg < 5:556080/140‑1 (MQ=255)
ctgGATAAACCGTTAATGATGACGCACTTCGAAGAGATGAATACCGCAGGATTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCt < 2:688083/139‑1 (MQ=255)
atgGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCt < 7:188867/140‑1 (MQ=255)
atgGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCt < 4:709834/140‑1 (MQ=255)
tgtttAAAGCGTTAATGAGGAAGCACTTCGATGAGATGAATCCCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCACTGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCtt < 1:985139/136‑1 (MQ=255)
tgGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGGTTTAAAACCCAGCGTTGGCAGGTTCATTGTTGGGCtt > 8:141054/1‑140 (MQ=255)
tgGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGAAGAGTCGTGATTTAAAACCCTGGGGTTGGAGGGTCAGTGTTGGGGtt > 6:1003737/1‑140 (MQ=255)
gATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGTTTTAAAACCCAGCGTTGGCAGGTTGAGTTTTTGGCtttg > 6:135188/1‑139 (MQ=255)
gATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTtc < 1:2509/140‑1 (MQ=255)
aaGCGTTAATGATGACGAACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGAAGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTtcatca < 2:96013/140‑1 (MQ=255)
aaGCGTATATGATGAAGCACTTAGATGAGATGTATACCTCTTGTTTAATGCGCGACTAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAAACCTGCGTTGGCAGGTTTAGTGATGGGCTTtcatca < 8:73395/140‑1 (MQ=255)
aaGCGGTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTtcatca < 7:605258/140‑1 (MQ=255)
aGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGTTTTAAAAAAATGCTTTGGGAAGGTCAGTTTTTGTCTTTAATAA‑g > 2:853785/1‑140 (MQ=255)
tactgatgaCGCACTTCGATGAGATGAATACCGAAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCCATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGGGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACa < 1:451613/137‑1 (MQ=255)
aaTGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACAGCAGTTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTAAAAACCCAGCCTTTGCAAGTTAATTGTTGGGCGTTAATCA‑GGTACaa > 8:320847/1‑139 (MQ=255)
atgaCGCACTTCGTTGAGATGACTACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCggg < 7:800656/140‑1 (MQ=255)
atgaCGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCTGTGAGCAGAGTCGTGTTTTAAAAACCAGCGTTGGCCGGGGGAGGGTTGGGCTTTCATCA‑GGTAcctatgg > 4:110677/1‑134 (MQ=255)
atgaCGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTAAAACACAGCGGGTGCAGGTTCAGGTTTGGGCTTTAATAA‑GGTACATAggg > 2:377070/1‑140 (MQ=255)
gaCGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGTAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGCTTTGAAACCCGGCGTTGGGCGGTTCAGGGTTGGGCGTTGATCA‑GGTACATCggggg > 6:111885/1‑138 (MQ=255)
gaCGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGGGTTAAAACCCGGCGTTGGGAGGTTCAGTGTTGGGGGTTTATAA‑GGTTCCTCGGgtg > 5:258049/1‑139 (MQ=255)
gaCGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTAAAACCCAGCGGTGGCAGGTTCAGTGTTGGGGGTTAATCA‑GGTACaaaggggc > 5:304609/1‑133 (MQ=255)
gaCGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTAAAACCATGCGTTGGGAGGTTGAGTGTTTGGCGTTAATAA‑GGTAGCTCggggg > 6:472511/1‑138 (MQ=255)
gaCGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTAAAAACCTGCCGTGGGAGGTTCAGTGGTGGGCGGTCATAA‑TGTACATCGGgtg > 4:890076/1‑139 (MQ=255)
cGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCGGCGTTGGCAGGTTAAGTGTTGGGCTTTAATCA‑CGTACATCGGgtagg > 6:612173/1‑137 (MQ=255)
cACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGTGCTTTCATCA‑TGTACATCGGGtc‑gtcg < 1:413664/140‑1 (MQ=255)
cTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGTATTAAAACCCTGGCGTGGCACGGTCAGTTTTGGGCATTGATCA‑GGTTCAACGGgtagaggtg > 5:363712/1‑133 (MQ=255)
cTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGGTTTCAAACCCGGCGTTGGCAGGGTCAGTGTTGGGCTTTCATAA‑GGGTCATCCGgtc‑ggaggg > 5:363709/1‑135 (MQ=255)
ttCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGc > 2:497705/1‑96 (MQ=255)
ttCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGc < 1:497705/96‑1 (MQ=255)
gagatgaATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑TGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑tttt < 4:937034/140‑1 (MQ=255)
gagatgaATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑tttt < 6:1025582/140‑1 (MQ=255)
gagatgaATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑tttt < 4:574645/140‑1 (MQ=255)
atgaATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGGTTTAAAAACCAGCGTTGGGCGGGTGAGTGTTGGGGGTTAATAA‑GGTTCATCAGGTG‑GTCGTGGGG‑tgttttt > 7:893036/1‑138 (MQ=255)
cAGGTTTAAAGCGCGCCGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGACTCGTGATTTAAAAACCAGCCATGGCAGGTTCAGTGTTGCTCGTTGATCA‑GTTAGAAAGGGTT‑ATCGTGGGC‑TTTTTgttgttttaccc > 6:393090/1‑134 (MQ=255)
cAGGTTTAAAGCGCGACGACCTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGGATTCAAACCCAGCGGTTGCAGGGTCAGTGTTGGGCTTTCAAAA‑GGTACCTCGGGTG‑GTCGGGGGCGTTTTTtttgtttcccc > 2:574088/1‑135 (MQ=255)
cAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGGTTTAAAACCCAGCGGTGGCAGGGTACGGGGTTGGCTTTAATGA‑GGTACATAGGGTA‑GTCGTGGGG‑TTTTTTTTTTTataccc > 7:457989/1‑135 (MQ=255)
cAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCAGCGGTGGCAGGTTAAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTTAATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTTGcccc > 4:813681/1‑139 (MQ=255)
aGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGc < 5:1052798/140‑1 (MQ=255)
ggTTTAACGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAAAGCGCAGTGAGCAGAGTCGGGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGAACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCa < 8:504544/140‑1 (MQ=255)
ggTTTAAAGCGCGACTCACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGATCAGTGTTGGTCGTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GGCTTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCTCa < 2:218127/140‑1 (MQ=255)
ggTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATATCAAACCCTGCGGTGGCAGGTTCAGTGTTTGTCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑‑‑TGTGTTGTTAGCCCGCACg < 3:114278/140‑1 (MQ=255)
ggTTAAAAGCGCCACGAACTTCTCGATTGGGCAAAGCGCAGTGAGCAGAGGCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTCGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTGAGCCCGCa < 5:534115/140‑1 (MQ=255)
tttAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACg < 3:121540/140‑1 (MQ=255)
tttAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACg < 6:323446/140‑1 (MQ=255)
tttAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGCGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACg < 1:414356/140‑1 (MQ=255)
aaGCGCGACGAACTTCTCGATGGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTGCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACCTCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCa < 6:106237/140‑1 (MQ=255)
agccagacgaACTTCTCGATTGTGAACTGCTCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTGGGGCTTTCATCC‑GGTCCAGCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTGTTGTTGGTCGCACGCACGAGCaa < 1:335912/135‑1 (MQ=255)
aGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTTGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCaa < 3:928623/140‑1 (MQ=255)
cgacgaACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGGTTTAAAACCCGGCGGTGGGAGGGTCAGTGTTTGGGTTTGATCAGGGTACA‑GGGGGC‑GGGGGGGGG‑GTTTTTTTTTTAGCCCGCCCCGGCAACaaa > 8:916395/1‑138 (MQ=255)
tgtgCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGgtgt < 7:342596/140‑1 (MQ=255)
tgCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTAAAAACCTGCGGTGGCAGGGTCAGTGTTGGGCTTTAAAAATGGTA‑AAAGGGGG‑GGCGGGGGC‑TTTTTTGTTTTTTCCCCCCCGAGGAACAGAATTGGGCCGCCGGtgtgg > 6:504090/1‑139 (MQ=255)
tgCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTAAAAAACAGCGGTTGGAGGTTGAGTGTTTGGGTTTAATAA‑GGTACCTAAGGGC‑GTAGTGGGC‑GTTTTTTTTTTTTCCCCCACGAGCAACAGAAGTGTGCCCCCGgtgggg > 2:150762/1‑137 (MQ=255)
gCACTGCGCAGTGATCAGAGTCGTTCTTTCAAACCCTGCGGTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGGTGTGCt < 6:266990/140‑1 (MQ=255)
tGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGGATTCAAACCCAGCGTTGGGAGGTTCATTGTTGGGCGTTCATCA‑GGGAAAAAGGGTG‑GGCGTGGGG‑GTTTTTTTTTTTTGCCGCACCGTCCACATAAGTGGGCCGCCGgggttgaggcc > 6:600286/1‑133 (MQ=255)
gcgcAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGGTGTGCTGGCaa < 4:956802/140‑1 (MQ=255)
cgcAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGc > 6:633824/1‑39 (MQ=255)
cgcAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGc < 5:633824/39‑1 (MQ=255)
aggcGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGCCCGa < 7:98085/137‑1 (MQ=255)
cGTGGTTTAAAACCCTGCGTTGGCAGGTTGAGTGTTGGGGGGTCATAC‑GGTTCATCGGGGCGGAGGGGGGG‑TTTTTTTTTTTTGCCGCCAC‑AGCAACAAGTGTGGGGCGCCCGGGGGGGGGGAAAAGTGGTGccccgcgg > 2:773223/1‑135 (MQ=255)
cGTGCTTTCAAAACCAGCCTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCGTTGATCA‑GGGACATCGGGTC‑GTAGTGGGC‑GATTTGTTTTTATGCCCCCCCAGCCACACATGTTGGCCGCCCGTGTGCTGGCAAAACTGGTGCCCCACgg > 6:769031/1‑140 (MQ=255)
tttCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGCCCGACGGTTTAt < 7:117666/140‑1 (MQ=255)
aaaCCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGG‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCCCGCGCAACATCTGTGGGCCGCCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGCCCGACGGTGTTTTTGc > 7:265001/1‑140 (MQ=255)
aaaCCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTTTTGTTAACCCCCACGAGCAACACATGTGGGCCGCCCGGGTGCTTGGAAAAATGTTGACCGACGGTTTAttttg > 1:93631/1‑138 (MQ=255)
aaaCCCTGCGTTGGCAGGTTCAGGGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGG‑ATTTTTTTGGTAGCCCGCACGAGCAACCGATGTGGGCCGCCCGTGTGCTGGCAAATGTGTTGCCCGCCCGTTTAATTGc > 8:361183/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGCCCGACGGTTTATTTGcc < 2:639958/140‑1 (MQ=255)
aCCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGGC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGCCCGACGGTTTATTTGCCa < 5:274177/140‑1 (MQ=255)
tGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGA‑TTTTTTTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGTGACGGCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGACAGGCGGTTTATTTTCCAAagg > 3:88681/1‑139 (MQ=255)
tGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GGCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGCCCGACGGTTTATTTGCCAAaga < 8:520879/140‑1 (MQ=255)
tGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GGCGGGGGG‑GTTTTGTTGTTTGCCCGCCCGAGACACAGATTTGGGGGGCCGGGGGGGGGGCAAAAGGTTTGGCCGCCGGGTTTTTTGCGaaatc > 3:328582/1‑138 (MQ=255)
tGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGGACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑GTTTTGTTGTTAGCCCGCACGCGCCACAGCTGTGGGCCGCCGGGGTGCAGGCAAAAGTGGTGGCCGACGGGGTAGTTGGCCAaga > 5:517995/1‑140 (MQ=255)
tGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTACATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGGCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGCCCGACGGTTTATTTGCCAAaga > 3:261762/1‑140 (MQ=255)
cGTTGGCAGGTTAAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGCCCGACGGTTTATTTGCCAAAGAGc < 6:315282/140‑1 (MQ=255)
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CCCTTTAATCAGTGGCCAATGATGGATAAAGCGTTAATGATGACGCACTTCGATGAGATGAATACCGCAGGTTTAAAGCGCGACGAACTTCTCGATTGTGCAATGCGCAGTGAGCAGAGTCGTGATTTCAAACCCTGCGTTGGCAGGTTCAGTGTTGGGCTTTCATCA‑GGTACATCGGGTC‑GTCGTGGGC‑TTTTTGTTGTTAGCCCGCACGAGCAACAGATGTGGGCCGCCGGTGTGCTGGCAAAAGTGTTGCCCGACGGTTTATTTGCCAAAGAGC > NZ_CP022686/4905031‑4905307
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
