Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F13 I0 R1
|
230 |
5035.0 |
9125430 |
98.4% |
8979423 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,073,132 |
C→A |
10.6% |
S404R (AGC→AGA) |
ybaT → |
amino acid permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,073,132 | 0 | C | A | 10.6%
| 683.0
/ 46.2
| 260 | S404R (AGC→AGA) | ybaT | amino acid permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/163); new base A (4/25); total (72/188) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.21e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TGCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTCGCACTG > NZ_CP022686/4072995‑4073271
|
tGCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACg < 2:1389/140‑1 (MQ=255)
cTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTg < 3:212543/140‑1 (MQ=255)
cTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCCTCAATATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGATGGTACGTTGGTTATGTAGTTGCTGATCTTTGGCTTTATCTACAGTATCTGGTCCCAGGGCAGccc > 7:710741/1‑137 (MQ=255)
aTCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTgcg < 5:1102248/140‑1 (MQ=255)
aTCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTgcg < 2:409682/140‑1 (MQ=255)
aTCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTgcg < 5:899962/140‑1 (MQ=255)
aTCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTgcg < 1:1058540/140‑1 (MQ=255)
tGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTg > 2:1182645/1‑140 (MQ=255)
tGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTg < 6:238843/140‑1 (MQ=255)
gggTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGata < 3:1103314/139‑1 (MQ=255)
ccgggtTTGTGGGGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCGTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGata < 4:1122408/136‑1 (MQ=255)
cGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGata < 2:872018/140‑1 (MQ=255)
cGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGa < 8:732775/138‑1 (MQ=255)
cGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGGTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGGGCGCTGata < 5:442539/140‑1 (MQ=255)
cGGTGGTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATTTTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGAGCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGata < 5:172543/140‑1 (MQ=255)
cGGTGATTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGa < 7:231434/138‑1 (MQ=255)
gtgtTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCTTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATg > 4:455809/1‑140 (MQ=255)
gtgtTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATATACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATg > 4:224401/1‑140 (MQ=255)
gtTTGTGGTGGAGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTATTATCGTTGGTCCGTTGGTTATTTTGTTGGTGATGGTTGGGTTTTTCTACCTACTCTTGTCACAGGGCAGCCGGGCTCTGATCTg > 7:100815/1‑138 (MQ=255)
tgtgGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTATAGTCACACCGCAGCCCTCCGCTGaaataaaaca > 2:910542/1‑134 (MQ=255)
ggtggttGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTTGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGatta < 5:384502/139‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTGAGGCGTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTTGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 1:566477/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATGGTTGGCTTTAGCTACAGTCTCTGGTCCCAGTGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 5:944164/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 8:319476/138‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 1:1019588/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 5:744098/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 5:356798/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 6:12822/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGGCAGGATTTTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGATGGAGATCGTTGGCGTTATCTACCGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 7:343073/138‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCGGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 1:314082/140‑1 (MQ=255)
ggCGAGCCGCCTGCGGCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGGTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 5:964961/140‑1 (MQ=255)
gCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACTCCTCGTTGCCGATTCTTATCGGTGGTCCGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcgc < 5:822348/140‑1 (MQ=255)
gATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCAc < 4:1069665/140‑1 (MQ=255)
gATCCGCCTGCGGCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGGGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcgc < 8:637910/138‑1 (MQ=255)
gtGCGTCATGATATTCACGGCTCGTTGCCGTTTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 5:631743/139‑1 (MQ=255)
cggCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTGGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 1:216987/138‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTa < 7:120919/138‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 3:418634/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 2:1033602/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 4:536647/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 1:139295/140‑1 (MQ=255)
tCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGcc > 5:31555/1‑140 (MQ=255)
ttCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATtgtt > 3:644919/1‑139 (MQ=255)
gCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTAGGTTGGTTATGTTTTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGGTGATATTGATTATTGGCGCACTATTACTCAGCCTTATTTTGGCa > 7:980102/1‑138 (MQ=255)
gCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTTGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATTTGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCaag > 4:623987/1‑139 (MQ=255)
gCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCGGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAAt > 6:1022917/1‑140 (MQ=255)
cGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGta > 3:808019/1‑139 (MQ=255)
cGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGAGTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATgggc > 6:558907/1‑138 (MQ=255)
tGCCGCTTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGGTGGCTTTATCTAAAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATAAGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGACa > 8:911655/1‑138 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg < 1:1003279/140‑1 (MQ=255)
aTTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATg > 1:431372/1‑135 (MQ=255)
aTTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATg < 2:431372/135‑1 (MQ=255)
aTTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAgcg < 4:790181/140‑1 (MQ=255)
aTCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGGTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaa < 1:1106221/140‑1 (MQ=255)
ggTTGGTACGTTGGTTATGTGGTTGGTGATCGTTGTCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaa < 7:840/137‑1 (MQ=255)
ctttGGGACGTTGGTTATGTTGTTGGTGAGCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaaa < 3:107309/138‑1 (MQ=255)
cGTTGGTACTTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACTGTCTCTGGTCCCAGTGCAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTTGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCTATGGTCATGAAGCGCATTaa < 8:1023756/138‑1 (MQ=255)
gTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTAAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaa > 7:853588/1‑138 (MQ=255)
ttGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTTCAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCCCTCTTACTCAGCCTGATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCATTAAAAcc > 6:32662/1‑140 (MQ=255)
ggaCGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTAGCTCCAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCg < 8:669226/136‑1 (MQ=255)
gaaCGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTCGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGACTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGta < 2:673232/138‑1 (MQ=255)
gTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGta < 5:888390/140‑1 (MQ=255)
gTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGta < 3:159513/140‑1 (MQ=255)
ttGGGTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACa < 2:1003509/140‑1 (MQ=255)
tgttgtTGGTTATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTTCGCTGATATGGTTTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCTATGGTCATGAAGCGCATTAAAACCGTATAACATctctct < 5:1021379/140‑1 (MQ=255)
tgttgtTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtctct < 8:52769/138‑1 (MQ=255)
tgttgtTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATctctct < 5:651710/140‑1 (MQ=255)
gttgGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCtgt < 7:795882/138‑1 (MQ=255)
gttgGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgc < 6:417234/140‑1 (MQ=255)
tgGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCg > 3:281512/1‑46 (MQ=255)
tgGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgcgc < 3:507350/140‑1 (MQ=255)
tgGTGATCGCTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGATGATATGGATTATTTGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGTCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACAGTATAACATCTCTCTGTgcgc < 6:366352/140‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGTATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgcg < 8:208098/138‑1 (MQ=255)
gTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAg < 6:14934/140‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGt < 1:681070/140‑1 (MQ=255)
aTCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATAAGGATTATTGTCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCCTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTAc > 6:7757/1‑140 (MQ=255)
gcGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTa < 8:470978/137‑1 (MQ=255)
ggtGGCTTTATCTTCAGTCTCTGGTCCAAGTGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 6:686919/138‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 2:470320/140‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 4:1085195/140‑1 (MQ=255)
gTTGGCATTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGACGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 1:687381/140‑1 (MQ=255)
ttGGCTTTATCTACAGTCTCTTGTCCCAGGGCAGCCGTGAGATGATATTGATTATTTGCGCAATCTTACTAAGCATTATTGTTGCAATGGTCATGAATCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTcc > 3:375815/1‑140 (MQ=255)
ttGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTcc > 4:960176/1‑140 (MQ=255)
ggCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTg < 5:547038/140‑1 (MQ=255)
ttATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTACTGtagt > 5:216486/1‑138 (MQ=255)
cTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCa < 7:303922/62‑1 (MQ=255)
tACAGGCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATtgt < 4:298097/140‑1 (MQ=255)
gTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgc < 4:713813/114‑1 (MQ=255)
gTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCATATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGAATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTgtggtg > 4:154948/1‑140 (MQ=255)
tctGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCg > 1:939943/1‑140 (MQ=255)
tctGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCg > 2:328367/1‑140 (MQ=255)
tGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGt < 4:874318/140‑1 (MQ=255)
ggTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtct > 7:521587/1‑100 (MQ=255)
ggTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTc < 2:620040/140‑1 (MQ=255)
gggCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc > 1:891688/1‑111 (MQ=255)
gggCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGagat > 8:145260/1‑138 (MQ=255)
gCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACt < 7:677486/107‑1 (MQ=255)
ccGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATctctct > 3:997530/1‑91 (MQ=255)
ccGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTCGCACTg > 6:955002/1‑140 (MQ=255)
ccGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTCGCACTg > 3:895089/1‑140 (MQ=255)
|
TGCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTCGCACTG > NZ_CP022686/4072995‑4073271
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
