Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F36 I0 R1
|
179 |
8076.5 |
8499890 |
98.3% |
8355391 |
135.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,073,132 |
C→A |
18.0% |
S404R (AGC→AGA) |
ybaT → |
amino acid permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,073,132 | 0 | C | A | 18.0%
| 510.7
/ 79.3
| 229 | S404R (AGC→AGA) | ybaT | amino acid permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/134); new base A (10/32); total (62/167) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CTGCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTCGCACTG > NZ_CP022686/4072994‑4073271
|
tGCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGCTTCTATTCGTTGGTACGTTGGTTATGGTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATGTACAGGCTCTGGACCCAGGGCAGACg > 5:805988/1‑140 (MQ=255)
tGCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGTCTTTATATACAGTCTCTGGTCGCAGGGCAGACg > 4:570776/1‑140 (MQ=255)
cTATCTGGCGCTGTTAGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGTGATTCACGCCTCGTTGCAGATTCATATCGTAGGTACGTTGGTTATGTAGTTGGTGATCGTTGGCTATATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGCCAGccc > 8:967531/1‑137 (MQ=255)
aTCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTg < 8:390888/138‑1 (MQ=255)
aTCTGGCGGTGTTGGTGGGGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTg < 7:79255/138‑1 (MQ=255)
aTCTGGCGGGGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGGCATGATATTCACGCCTCGGTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTgcg < 1:750069/140‑1 (MQ=255)
cTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGTTATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTgcg < 7:145909/138‑1 (MQ=255)
tGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTg > 5:65352/1‑140 (MQ=255)
gggTGTTTGTGGTGGCGATCGGCCTGAGTCATTTGATTCACGCCTCGATGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTTTGTTGTTGGTGAGCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGata < 1:683104/139‑1 (MQ=255)
cGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGata < 3:985105/140‑1 (MQ=255)
cGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGata < 3:140311/140‑1 (MQ=255)
cGGTGTTTGTGGTGGCGAGCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGata < 5:951998/140‑1 (MQ=255)
tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGat < 4:661869/140‑1 (MQ=255)
tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGACGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATTGat > 1:339859/1‑140 (MQ=255)
gtggCGATCCGCCTGCGTCATGATCTTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 4:94769/140‑1 (MQ=255)
gtggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCTTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 5:322254/140‑1 (MQ=255)
gtggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg > 6:524865/1‑140 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 7:686607/138‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 1:252463/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg > 1:1014517/1‑140 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 1:211770/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGGTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 4:380321/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGATGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 6:769846/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATGCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 7:478412/138‑1 (MQ=255)
gATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCAc < 1:43674/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTGATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGATATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTTTTGGCGCACTCTTa < 7:34696/138‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTCTCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 2:280754/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 1:753917/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 5:272180/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 3:346479/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 3:448743/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 4:870847/140‑1 (MQ=255)
gTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCa < 7:418672/138‑1 (MQ=255)
tCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAg > 8:429469/1‑138 (MQ=255)
tatatTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTAt < 1:927793/139‑1 (MQ=255)
ttCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTAAGCCGTATtgtg > 4:996700/1‑140 (MQ=255)
cACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATtgtg < 7:182612/138‑1 (MQ=255)
cACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGc > 1:154328/1‑140 (MQ=255)
cACGCCTCGTTGCAGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTACCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGc > 5:637655/1‑140 (MQ=255)
cGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCaa < 3:998827/140‑1 (MQ=255)
ccTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGAGCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCaa < 8:703413/138‑1 (MQ=255)
ggtGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGGTTTATCTACAGTATCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTTATATGTATTATTTGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAAAGGTCa > 6:456838/3‑140 (MQ=255)
tGCCGATTCTTATCGTTGGTCCGGTGGTTATGTTGTGGGTGAGCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCa < 7:105308/138‑1 (MQ=255)
tGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATg < 3:57844/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTTTGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg < 5:144716/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg < 3:826343/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg < 1:321086/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg < 6:625888/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg < 6:170636/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCGCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGACTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg < 3:84842/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGGGAGCGTGGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg < 6:852424/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGGTACGGTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg < 2:939060/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGCTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGa < 8:900765/138‑1 (MQ=255)
ggTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaaa < 2:425336/139‑1 (MQ=255)
cGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaaa < 4:384544/140‑1 (MQ=255)
cGTTGGTACGTTGGGTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaaa < 4:453681/140‑1 (MQ=255)
cGTTGGTACGGTGGGTATTTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaaa < 4:794236/140‑1 (MQ=255)
cGTTGGGACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGGGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaaa < 4:1053156/140‑1 (MQ=255)
ggTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGt > 2:116534/1‑140 (MQ=255)
tACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGtat < 3:547292/140‑1 (MQ=255)
gTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGtata < 7:893722/138‑1 (MQ=255)
gTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTa > 8:944789/1‑91 (MQ=255)
gTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTa < 7:944789/91‑1 (MQ=255)
gTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTGGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATTGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAAc < 2:817904/140‑1 (MQ=255)
ggTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtc < 5:524865/140‑1 (MQ=255)
ggTTAGGTTGTTGGTGCTGGTTGGCTTTTTCTCGATGCTCTGGGGCGAGGGGAGACGTGCGCTGATATGGATTTTTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTGATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtc < 6:953286/140‑1 (MQ=255)
tATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 7:584400/75‑1 (MQ=255)
tATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtctct < 3:421793/140‑1 (MQ=255)
aTGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtctctc > 2:344180/1‑140 (MQ=255)
aTGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtctctc > 5:831997/1‑140 (MQ=255)
tgttgtTTGGGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGAGCGCTGATATGGAGTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATctctct < 4:619202/140‑1 (MQ=255)
tgttgtTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATctctct < 6:1037401/140‑1 (MQ=255)
ttgGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCtgtg < 8:189634/138‑1 (MQ=255)
ttgGTGATCGGTGGCTGTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGGGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgcg < 1:884771/140‑1 (MQ=255)
tgggTGAGCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGGGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgcg < 6:719451/138‑1 (MQ=255)
gTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgcgc < 7:617588/138‑1 (MQ=255)
gTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAg < 6:226125/140‑1 (MQ=255)
tCGTTGTCTTTATCTAAAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTTGCGCACTCTTACTCAGCCGTATTGTGTCAATGGTCATGAAGCGCAATAATACCGTATAACATCTATCTGTGCGCAGTACt < 3:458322/140‑1 (MQ=255)
tCGTGGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACt < 6:657607/140‑1 (MQ=255)
tCGGTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACt < 2:168530/140‑1 (MQ=255)
tttgtatttATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCCGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTTGCACTGGTCATGAAGCGCAATAACACCGTATACCATCTCTCTGTGCGAAGTACt < 8:17464/132‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATTGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 6:34975/140‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGATGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 6:91560/140‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 2:421347/140‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 4:912497/140‑1 (MQ=255)
ttGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCGGCGAAGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAATAGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTTCTTcc > 5:82957/1‑140 (MQ=255)
cAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCAGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAACACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGAATTATTgtgg > 5:913954/1‑140 (MQ=255)
aGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg > 1:566115/1‑46 (MQ=255)
aGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 2:566115/46‑1 (MQ=255)
ggctctGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATAAGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAGCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTgtggtg < 1:608304/138‑1 (MQ=255)
tctcTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGAATT‑TTgttgtg > 8:23981/1‑138 (MQ=255)
tGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCCGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCg > 8:522827/1‑138 (MQ=255)
tCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGa > 3:352553/1‑140 (MQ=255)
cAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGATCGatat > 2:1060305/1‑140 (MQ=255)
gggCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTc > 3:259755/1‑140 (MQ=255)
gggCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTc > 5:205727/1‑140 (MQ=255)
gggCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGGGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTc > 2:705465/1‑140 (MQ=255)
gCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAACCCGTATAACATCTCTATGTGCGCAGTACTTCCTGTAGTATTGTGGTGGCGGTCGATATTc > 8:63309/1‑138 (MQ=255)
gCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTc > 8:872400/1‑138 (MQ=255)
aGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTTTTGTGGTGGCGGTCGATATTCGCAc > 1:84961/1‑140 (MQ=255)
|
CTGCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTCGCACTG > NZ_CP022686/4072994‑4073271
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
