Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F2 I0 R1
|
252 |
7301.5 |
9636800 |
98.5% |
9492248 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,073,132 |
C→A |
14.7% |
S404R (AGC→AGA) |
ybaT → |
amino acid permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,073,132 | 0 | C | A | 14.7%
| 613.3
/ 73.7
| 259 | S404R (AGC→AGA) | ybaT | amino acid permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/155); new base A (14/25); total (79/180) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TGCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTCGCACT > NZ_CP022686/4072995‑4073270
|
tGCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCGGATTCTTATCGGTGGGACGTTGGGTATGGTGTGGGTGATGGTTGGCTTTATCTACCGTCTCGGGTCCCAGGGCAGCCg > 6:833107/1‑140 (MQ=255)
gCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGt > 8:634907/1‑140 (MQ=255)
gCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCGTTATCTACAGTCTCTGGTCACCGGGCAGACGt > 5:834555/1‑140 (MQ=255)
cTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCg < 2:28669/138‑1 (MQ=255)
aTCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTgcg < 4:640650/140‑1 (MQ=255)
aTCTGCCGGTGTTTGTGGTGGCGTTGCGCATGAGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGTTTCTTATCGTTTGTTCGTTGGATATGTTGTTGGTGATCGTTGTCTTTATATACATTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCTTgcg < 5:1158323/140‑1 (MQ=255)
ggCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGa > 8:938211/1‑140 (MQ=255)
cGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCGCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGGTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGa < 2:563706/138‑1 (MQ=255)
cGGTGCTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGata < 7:251713/140‑1 (MQ=255)
tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGGTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTGTATCTACATTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGTat > 7:455965/1‑140 (MQ=255)
ttggtggtgGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGGTGGTACGGTGGTTATGTGGTTGGGCAGCGTTGGCTTTATGTCCAGGCTAGGGAGCCCAGGCAGACGAGCGGCGCTATGGat > 6:509780/4‑140 (MQ=255)
gtggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 8:131476/140‑1 (MQ=255)
ggCTATCCGCCTGCGTCATGATCTTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTTCGTTGGTTATGTGGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTTGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 7:894139/140‑1 (MQ=255)
ggCGCTCCGCCTGCGTCCTGATATGCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTGGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGGCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 1:662103/138‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCGTGCGTCATGATTTTCTCGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTTCGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACTGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 2:1199303/138‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGTTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 7:526146/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 1:627795/138‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTgg < 2:755896/138‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 8:108682/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 7:485532/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 3:726457/140‑1 (MQ=255)
ggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGGTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGgcg < 8:180474/140‑1 (MQ=255)
aTCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCa < 1:1143732/138‑1 (MQ=255)
tCCGACTGCTTCATGATATTCAAGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTTAGCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGGCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCActc < 3:879127/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCCAGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCAACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 5:682269/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTTGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 4:646812/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTTTGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 3:1142936/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACt < 3:975990/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTa < 1:1063099/138‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTa < 1:275847/138‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 3:790029/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTATATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTa < 1:479779/138‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATAGTTGGTACGGTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 3:618953/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCTCGGTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 8:303327/140‑1 (MQ=255)
cTGCGTCATGATATTCACGCCGCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTTCAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACt < 5:416449/140‑1 (MQ=255)
gTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGc < 3:293962/140‑1 (MQ=255)
tCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGGCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAg < 2:649371/138‑1 (MQ=255)
aTGATATTCACGCCTCGTTGCCGAATCTTATCGTTGGAACGTTGGATATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTGTCTGGTCGCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGGGCACTCGTAGTCAGCCtg > 8:530256/1‑139 (MQ=255)
gATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCtt > 2:187901/1‑138 (MQ=255)
gATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTAt < 6:172692/140‑1 (MQ=255)
atatTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTa < 1:71360/138‑1 (MQ=255)
atatTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTGGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTAtt < 7:656354/140‑1 (MQ=255)
aCGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCa > 5:331029/1‑140 (MQ=255)
cgccgcGTTGCCGCTTCTTATCGGTGGGACGGTGGGTAGGTTTTGGGTGATCGGCGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCCGCCGTGCGCTGATCTGGATTATTGGCGCACTATTACTCAGCCTTATTGGGGCaa < 4:496822/140‑1 (MQ=255)
cGCCTCGGTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCaa < 3:18644/140‑1 (MQ=255)
gTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTTTGGCAATGGTCa > 5:165126/1‑140 (MQ=255)
gTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCa > 5:751027/1‑140 (MQ=255)
gTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATAAACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGAGTTGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAAAGGt > 2:112110/1‑138 (MQ=255)
tGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTTATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGGCCCAGGGCATCCGTGCGCTGATATGGATTATTTGCGACCTCTTAATCAGACTTATTTTGTAAATGGTCa > 2:235424/1‑138 (MQ=255)
cGATTCTTCTCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATTGTCATGAAg < 4:1036552/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTTATCGTTGGTACGGTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg < 5:101492/140‑1 (MQ=255)
gATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTTCAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCTATGGTCATGaa < 1:117505/138‑1 (MQ=255)
aTTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAgcg < 5:946386/140‑1 (MQ=255)
ttATAGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGCTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGCGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCGATCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATTGTCCTGAAGCACAAt > 6:330477/1‑140 (MQ=255)
aTCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaa < 7:13518/140‑1 (MQ=255)
aTCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaa < 3:696500/140‑1 (MQ=255)
aTCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaa < 8:244549/140‑1 (MQ=255)
ggTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGt > 8:752693/1‑140 (MQ=255)
gTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGta < 4:350847/140‑1 (MQ=255)
gTACGTTGGTTATGGTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGta < 5:544367/140‑1 (MQ=255)
ttGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACa < 7:743580/140‑1 (MQ=255)
ggTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACa < 2:402499/138‑1 (MQ=255)
tATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtctct < 5:519687/140‑1 (MQ=255)
tATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtct < 2:35932/138‑1 (MQ=255)
tATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtctct < 6:751027/140‑1 (MQ=255)
aTGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTAATGAAGCCCAATAAAACAGTATAACAtctctc > 5:917988/1‑140 (MQ=255)
tgttgtTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACAtctct < 1:243987/138‑1 (MQ=255)
tgttgtTGGTGATCGGTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATctctct < 6:658731/140‑1 (MQ=255)
tgttgGTGAGCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGGCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCtg < 1:511171/138‑1 (MQ=255)
gttgGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTgcg < 6:414575/52‑1 (MQ=255)
gttgGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgc > 3:1209449/1‑140 (MQ=255)
ttgGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgcg < 4:809994/140‑1 (MQ=255)
tgGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgcgc > 7:97836/1‑140 (MQ=255)
tGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTTATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATAGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTAAAACATCTCTCTGTGCGCa > 2:35250/1‑138 (MQ=255)
tGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTgc < 2:511160/135‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCa > 1:428295/1‑138 (MQ=255)
tGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGt < 7:197393/140‑1 (MQ=255)
tCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTa < 2:10008/138‑1 (MQ=255)
tCGTTGGCGTTATCTACAGTCTCTGGGCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTCGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACt < 4:219921/140‑1 (MQ=255)
ggtGGCTTTATCTACAGTCTCTGGGCACAGGGCAGACGTGCGCTGATATGGATTATTCGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 6:105714/138‑1 (MQ=255)
gTTGTCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTTCTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACt < 1:170240/138‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 6:123049/140‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 6:577943/140‑1 (MQ=255)
gTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGACGTTCGCTGATATGGATTATTGTCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTTGAAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACt < 1:1218202/138‑1 (MQ=255)
gTTGGCTGTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTc < 4:958106/140‑1 (MQ=255)
ggCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTcc < 2:1215752/138‑1 (MQ=255)
ggCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTg < 4:1209968/140‑1 (MQ=255)
ggCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTg < 3:475597/140‑1 (MQ=255)
cTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGta < 4:543610/140‑1 (MQ=255)
tttATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTTATATGGATTATTTGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATTACATGTCTATGTGCGCAGTACTTCCTGaat < 3:509577/140‑1 (MQ=255)
tttATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGtat < 4:146775/140‑1 (MQ=255)
ttATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCCGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGATCAGTACTTCATGtatt > 8:675899/1‑140 (MQ=255)
aGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACAATTACTCAGCCTTATTGTGTCAATGGTCATGAATCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATAATTctggt > 4:417221/1‑140 (MQ=255)
ctGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg > 7:277441/1‑79 (MQ=255)
ggTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCgg > 2:859041/1‑138 (MQ=255)
cAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGatat > 6:289051/1‑140 (MQ=255)
cAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGatat > 4:300484/1‑140 (MQ=255)
gggCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCCGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTc > 8:488207/1‑140 (MQ=255)
aGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTCGc < 1:1024389/138‑1 (MQ=255)
aGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTCGCAc > 3:1103322/1‑140 (MQ=255)
|
TGCTATCTGGCGGTGTTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTTATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGATATGGATTATTGGCGCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCGTATAACATCTCTCTGTGCGCAGTACTTCCTGTATTATTGTGGTGGCGGTCGATATTCGCACT > NZ_CP022686/4072995‑4073270
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
