Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F35 I0 R1
|
195 |
10216.4 |
8585726 |
98.3% |
8439768 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,706,032 |
G→T |
16.0% |
intergenic (‑642/‑13) |
yqgB ← / → metK |
acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,706,032 | 0 | G | T | 16.0%
| 298.7
/ 7.4
| 151 | intergenic (‑642/‑13) | yqgB/metK | acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (69/52); new base T (26/3); total (96/55) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.01e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGTTGCT > NZ_CP022686/1705894‑1706167
|
ttaaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGACAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGAGCCGCT‑ACCACAGAAAATCGACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 4:742322/138‑1 (MQ=255)
tacaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCATGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 8:152581/137‑1 (MQ=255)
tAAAATATCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 2:494558/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 1:483300/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 1:706546/140‑1 (MQ=255)
aaaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGt < 4:593755/140‑1 (MQ=255)
aaaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGt < 3:355247/140‑1 (MQ=255)
aTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGGTCCGCG‑ACCACCCAAAATACCCACAACACTTTGAGCTAAACAAATTCTCTTTAtgtg > 5:71555/1‑138 (MQ=255)
aaGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGa < 6:67272/137‑1 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGTTCAGCT‑ACCACACCAAATACACACCACAGTTTGTGCGAACCAAAATATCGTTTGGTGAtttt > 3:303958/1‑140 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGGTCCGCT‑ACCCCAGAAAATCAACCCCACAATTTGAGATAACCCAATTCTGGTTATGTGGTAtt > 1:27712/1‑140 (MQ=255)
ccAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGTGTGCGCT‑AGCACAGAAAAAACACCCAAAACTTTGGGGGAAACAAAATTTGGTTTGTTTATATTAAata > 8:967004/1‑140 (MQ=255)
tAATCCATCCATACCGATTAACACTCATACTGCCAGTGTTTTTAACCTTCAGAGTCGTGGTAGTATCCGCT‑ACCACAGATAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATT‑TGGCaaaa < 1:860167/140‑1 (MQ=255)
tAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCaa < 5:519207/138‑1 (MQ=255)
aaTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCT‑AACACAGAAAATACACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTATAGTTATGGGTTATTAAAAT‑AGGCaaaaa > 2:686159/1‑139 (MQ=255)
tccatccaTACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAacac < 3:835431/140‑1 (MQ=255)
tccatccaTACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAacac < 4:550419/140‑1 (MQ=255)
catccatACCGATTAACACTCAGACTGACAGTGGGTTTAACCTGCAGAGACGTGGGAGGATCCGCTAACCAC‑CAAACTCCACCCCAAACATAGCCCGAACCAAAATAGCATGAGGGGCTATTAAATA‑TGGAAAAaccc > 6:336155/1‑136 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGTTCCGCT‑ACCACAGAAAATACACACAACAGGTTGAGCTAAACAAATTCTCTTTAGGTGATATTTAATA‑TGGCAAAACACCatt > 4:334865/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGGTACGCG‑ACCACAGAAAATCCACCCAACACTTTTTGCGAACCAAATTGTCTTTAGGTGGTATTAAATA‑TTGCAAAACACCttt > 4:193754/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACAAAAAAGTTTGAGCTAACCAAATTATATTTATGTTATATTAAATT‑TTGCAAAAAACCttt > 2:732636/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGATCCGGG‑ACAACAGAAAAAACACACCACATATTGTTCTAACAAAATTATGTTTATGTGATATTAAAAA‑TGGGAacacacaaat > 7:877072/1‑136 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGGACCGCG‑ACCACAGAAAATACACCCAACACTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TTGCAAAACACCatt > 7:706314/1‑140 (MQ=255)
ccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCG‑ACCACAGAAAATACAAACAAAAGTTTTAGCTAAACAAATTATATTTATGTGATATTAAATA‑TTGCAAAAAAccgt > 6:753607/1‑136 (MQ=255)
catACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCttttt < 2:91830/140‑1 (MQ=255)
atACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATAAGCG‑ACCACAGAAAATACACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTAACTTTATGTGATATTAAAAA‑TTGCAAAAAACCattt > 6:671461/1‑138 (MQ=255)
tACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACCCT‑ACCAACGAAAAAACAAACAACACTTTGAGCTAACCAAATTATCGTTATGTGATATTTAATA‑TTGCAAAAAACCtttttta > 3:260357/1‑138 (MQ=255)
aCCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGATCCGCG‑ACCACAGAAAATCCACACAACACGTTGAGCGAACCAAATTGTCTTTAGGTGTTATTAAATA‑TGGCAAAACACCGTTTTACg > 8:193719/1‑140 (MQ=255)
aCCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGCTCCGCG‑ACCACAGAAAATAAACAACACAGTTTTAGCTAAACAAATTATCTTTAGGTGATATTAAATA‑TTTCAAAAAACCGTTTTaag > 1:412766/1‑138 (MQ=255)
cGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGTTACGCT‑ACCACAGAAAATACACACAACATTTTGAGCTAAACAAATTCTATGTAGGTGATTTTAAATA‑TGGCTAAACACAATTTTaag > 6:560483/1‑136 (MQ=255)
gATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTcc < 2:238110/140‑1 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATACGCT‑AACACCAAAAAAACACACAACAGTTTGAGCTTACCAAAATATATTTATGTGATATTAAATA‑ATGCAAAACACCATATTACgagcg > 4:92566/1‑136 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGGTCCGCT‑ACCACAGAAAATACACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTAACTTTAGGTGATATTAAAAA‑TTGCAAAACACCATTTTACGTCCg > 3:416804/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCCCAGAAAATCCACACCACAGTTTGAGCGAACCAAATTATCTTTTGGTGATATTTAATA‑TTGGAAAACACCTTTTTTCGTGCg > 4:705107/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCG‑ACCACAGAAAATCCACAAAACACTTTTAGCTAACCAAATTATCTTTATGTGATATTAAATA‑TTGCAAAAAACCTTTTTAAGTCCg > 1:596352/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGGTACCCT‑CCCACCACAAAAACACACAACACTTTGAGCTAACCAAATTATGTTTATGTGATATTAAATA‑TGGCAAAAACACATTTTACggacc > 7:462532/1‑136 (MQ=255)
ttAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGAAACGCT‑ACAACAACAAAAACAACCAACACTTTGAGCTAACCAAAATAAATTTATTTGATATTTAAAA‑TTGCAAAAAACCTATTTACGtggcc > 8:298935/1‑136 (MQ=255)
ttAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGGTACGCT‑ACCCCAGAAAATACACACAACAGTTTTAGCTAACCAAATTGTCTTTATGTGATATTAAATA‑TTGCAAAACACCATTTTAAGTACGa > 4:906643/1‑140 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAg < 5:679515/138‑1 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTc < 1:551949/140‑1 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTc < 4:196118/140‑1 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TTTCAAAACACCTTTTTACGTACGAGTc < 2:784093/140‑1 (MQ=255)
acacTCAGACAGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAg < 5:362330/138‑1 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 7:2269/140‑1 (MQ=255)
aGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATACGCA‑ACCACAGAAAAAACCCACAACAGTTTGAGCTAACCAAAATCTCTTTAGGTGATTTTTAATA‑TGGCAAAACCCCTTTTTACGGGCGAGTGCGtctg > 2:1009450/1‑139 (MQ=255)
aGACTGCCAGTGTTTTTAACATGCAGAGTCGTGGTAGGTTACGCG‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTGTCTTTTGGTGATTTTTAATA‑TTGCAAAACACCGTTTTAAGTCCGCGTCCGtctg > 8:894777/1‑139 (MQ=255)
caCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCT‑ACCACAGAAAATACACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGtct < 6:238444/137‑1 (MQ=255)
aCTGCCAGTGTTTTTACCCTGCAGAGTCGTGGTTGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCCCCCAAAAATTTGAGATAACCAAATTGTGATTAGGTGATATTAAATA‑TGGGTAAAAACCATTTTTAGTACCAGTCCCtctc > 6:493431/1‑138 (MQ=255)
aCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTGTGATCCGCT‑AACACAGAAAATACCCCCAACAGTTTGTTCTAACCAAAATCTATTTATGGGATATTAAATA‑TTGAAAACAACCATTTTTAGTCCGAGTCCGtcgg > 6:887336/1‑136 (MQ=255)
aGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGATACGCG‑ACCACAGAAAATACACACAACAGTTTGAGCGAAACAAAATATATTTTTGTTATATTTAAAA‑TTGCAAAAAACCTGTTTTCGTCCGAGTCCGGCTATGAAaggg > 8:552144/1‑139 (MQ=255)
ttgttttAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCAt < 3:120614/137‑1 (MQ=255)
ttttAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCt < 3:840213/140‑1 (MQ=255)
ttAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGa < 4:649685/140‑1 (MQ=255)
gCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCG‑ACCCCAGCAAATCCACACAACACGTTGAGCTAAACAAATTCTCTTTATGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCATTTTAAGTCCGAGTCCGGCTCTGTAGGGCGTACTGGCaaaa > 6:722119/1‑138 (MQ=255)
tCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACACCAGTTTTGGCTAACCAAATTCTCTTTTTGTGATATTTAATA‑TTGGGAAACACCGTTTTTAGTCCGCGTGCGTGGGGGAAGGGCATCCGGGCAAAAATGcgggg > 2:616793/1‑136 (MQ=255)
tCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGGCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAc < 8:808242/140‑1 (MQ=255)
tGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGATCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCaa < 4:267152/140‑1 (MQ=255)
tGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAcc < 5:923942/138‑1 (MQ=255)
tGGGAGGGTCCGCG‑ACCCCAGAAAATACCCACAACCATTTGAGAGAACCAAATTATATTTAGGTGATATTAAATA‑TTGGAAAACCCCAGTTTTAGTCCGAGGACGGGTCGGAAGGGCAGCCGGACCAAATTGGTGGCCaa > 4:294757/1‑140 (MQ=255)
gggATCCGCT‑ACCACAGAAAATACCCCCAACACGTTGAGCGAACCAAATTGTAGTTTGGTGGGATTAAATATTTGCAAAAC‑CCGTTTTAAGTGCGCGTCCGTCACTGAAGGGCATACAGACAAAAATTGAGACCaaaa > 6:352302/2‑137 (MQ=255)
ggATCCGCT‑ACCACAGAAAATACACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACAACTTTTTAAGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTTCTGCCCAAAtctc > 2:959793/1‑140 (MQ=255)
aTCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATctctt > 1:1108925/1‑139 (MQ=255)
aTCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCAGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTg > 7:565460/1‑140 (MQ=255)
aTCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACATTTTTACGTCCGAGTCAGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACAAAATCTCTg > 8:823361/1‑140 (MQ=255)
atacgagaCCACAGAAAATACACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATAAACTTTATGTGATATTAAAAA‑TGGCAAAACACCTAATTAATTCCGAGAACGTCTATGAAGTGAATCATGACAAAATTTATGACCTAATATCTg > 7:116832/8‑140 (MQ=255)
ccGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGCCAAAATTGCTGACCAAATCTCTg > 5:487999/1‑138 (MQ=255)
ccGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGAt > 4:895827/1‑140 (MQ=255)
cGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg > 2:388390/1‑140 (MQ=255)
cGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg < 4:318483/140‑1 (MQ=255)
cGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg > 4:153651/1‑140 (MQ=255)
gCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGc < 3:906643/140‑1 (MQ=255)
gCT‑ACCACAGAAAATACACAAAACAGTTTGAGCTAAACAAATTCTCTTTATGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACATTTTTACTTCCGAGTCAGTCTCTGAAGGGCATACTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGc < 2:764424/140‑1 (MQ=255)
ccT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGc < 2:458488/139‑1 (MQ=255)
ccACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCg > 5:135964/1‑138 (MQ=255)
caGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGTCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCAGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTATTa > 7:973206/1‑140 (MQ=255)
gAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAATTTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGttttt > 5:484732/1‑137 (MQ=255)
aaTCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGCCCAAATCTCTGATGCAGTTTTTGAcgc > 7:782284/1‑140 (MQ=255)
aaTCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGAcgc < 3:448908/140‑1 (MQ=255)
aaTCCAAACAACAGTTTGAGCTAACCTAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACATTTTTATGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGAAAAAATTGCTGACCAAATCTCTGTTGCCGTTTTAGCcgc < 1:660086/140‑1 (MQ=255)
aTCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGAcgcg < 3:319017/140‑1 (MQ=255)
aTCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGAcg < 6:645107/138‑1 (MQ=255)
tCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGa < 2:425760/140‑1 (MQ=255)
acaGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATCTTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGCGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAACTCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCg < 5:789344/138‑1 (MQ=255)
acaGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGaa < 7:595620/140‑1 (MQ=255)
agtatcaGCTAACCACATTCTCTTTAGGTTATATTTAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGGCCTTCTCTGAAGGGGATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGAAGCCTTTTTAGACGCGATCCTCGaa < 5:731868/132‑1 (MQ=255)
aGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGaa < 5:535357/138‑1 (MQ=255)
aGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACa < 2:212318/140‑1 (MQ=255)
tGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGAt > 7:829557/1‑140 (MQ=255)
tGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTAGAACAgg > 5:891035/1‑138 (MQ=255)
gCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACa < 4:467673/133‑1 (MQ=255)
gCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCg > 8:30615/1‑140 (MQ=255)
tAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCg > 6:881456/1‑138 (MQ=255)
aaCCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAc < 2:732019/92‑1 (MQ=255)
aaCCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAc > 1:732019/1‑92 (MQ=255)
aaCCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACTCGATCCTCGAACAGGATCCGaaa > 4:857467/1‑140 (MQ=255)
aaCCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGaaa > 3:559085/1‑140 (MQ=255)
aCCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAg > 4:671147/1‑140 (MQ=255)
cAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCa < 8:877072/140‑1 (MQ=255)
aaTTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCAcg < 3:909146/140‑1 (MQ=255)
tctcTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCAcgc > 6:10015/1‑138 (MQ=255)
|
TAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCT‑ACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGTTGCT > NZ_CP022686/1705894‑1706167
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
