Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F2 I0 R1
|
252 |
7301.5 |
9636800 |
98.5% |
9492248 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,706,032 |
G→T |
8.8% |
intergenic (‑642/‑13) |
yqgB ← / → metK |
acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,706,032 | 0 | G | T | 8.8%
| 501.5
/ 2.7
| 212 | intergenic (‑642/‑13) | yqgB/metK | acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/62); new base T (22/3); total (147/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGTTGCT > NZ_CP022686/1705894‑1706167
|
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 8:947726/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 5:960126/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 5:244454/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 7:582209/140‑1 (MQ=255)
aaaaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGCTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGCGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 6:1109902/139‑1 (MQ=255)
aaaaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTACCACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTAACACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 8:577331/139‑1 (MQ=255)
tAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGa < 2:374126/138‑1 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGCCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCGACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTTAGCTAACCAAATTATCGTTAGGTgtaatt > 7:910765/1‑135 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGAGCCGCTACCCCAGAAAATACACCCAAAAGTTTGAGCTAACCAAATTGTCTTTAGGGGTTAtt > 7:497193/1‑140 (MQ=255)
cATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGCTACGCTACCACAGCAAATACACCCAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTGTTTAGGTGataatat > 4:1114871/1‑139 (MQ=255)
cATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCAACCACAGAAAATACACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCGATTTAGGTGATAtt > 1:941672/1‑138 (MQ=255)
cATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACCCTACCACCCAAAAACCACACAACAGTGTTATCGAACCAAAATCTAGTTAGGTGataatta > 6:604965/1‑136 (MQ=255)
ccAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTTGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTaaa < 2:819538/138‑1 (MQ=255)
ccAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATCCGCTACCCCAGAAAATACACACAACAAGTTTAGCTAACCAAATTATCTTTTGGTGATATTTAat‑a > 7:378090/1‑140 (MQ=255)
aTGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGCTACGCTTCCACAGAAAAAACACACAACAGGTTGACGGAAACAAATTATCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATggg > 5:82987/1‑139 (MQ=255)
aTGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATACGCGGCCACAGAAAATACACACAACAGGTTGAGCTAACCAAATTCTCGTTAGGTGATATTAAAT‑ATggg > 3:948468/1‑139 (MQ=255)
aaTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑aaaaa > 4:980131/1‑139 (MQ=255)
aaTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑aaa < 2:198289/138‑1 (MQ=255)
aaTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAac < 4:606896/140‑1 (MQ=255)
aaTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGCTAGGATCCCCGACACCAGAACATACACACCACAGTTTTAGCTAAACACATTATCTTTAGTTTATATTAAATAATGGA‑aaaa > 5:1147336/1‑140 (MQ=255)
aaTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGAAGAGTCGTGGTAAGATCCGCTACCACAGAAAATCCAGCCAACAGTTTTAGCGTACCAAATTCTCGTTAGGGGATATTAAAT‑ATGGC‑aacaa > 6:171972/1‑137 (MQ=255)
atccatccATACCGATTAACACTCATAATGCCAGTGTTTTTAACCTTCAGAGTCGTGGTATGATAAGCTAACAAAAAAAAACCACACAAAACTATGAGGTAACCAAATTTGCTTTAGGTGTTATTAAAA‑ATGGC‑AAAaca > 4:316893/1‑140 (MQ=255)
tctatccatACCGATTAACTCTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGATGCGCTACCACAGATAATCCACAATACAGTTTTAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATTGC‑AAAacac < 7:1083379/137‑1 (MQ=255)
tccatccaTACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAac < 1:1186281/138‑1 (MQ=255)
tccatccaTACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCGACCCCAGCAAATACACACAACACTTTGAGCTAACCAAATTCACTTTAGGTGTTTATAAAT‑ATGGC‑AAAac > 1:365569/1‑138 (MQ=255)
ccatccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATACGCAAACACAGAAAATACACACAACAGTTTTAGCTAACAAAAATATCTTTTTGTGATATTAAAT‑ATTGC‑AAAaca > 2:1059023/1‑138 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATCCGCTTCCACAGAAAATACACACCACAGTTTTAGCTAACCAAATTATCGTTTGGTGTTTTTAAAT‑ATTGC‑AAAACACCatt > 3:782952/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGTTCCGCTACCCCCGAAAAACCCCACCAAAGTTTGAGCTAAACCAATTGTCTTTAGGGGTGATTAAAT‑ATTGC‑AAAacaacagt > 5:643670/1‑135 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGGTCCGCGAACACACAAAAAACACACAACATTTTTAGCTAAACCAATTATAATTACGTGATATTAAAT‑ATTGC‑AAAACACCatt > 7:1077870/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATACACCCAACAGTTTGAGCTAAACAAATTATCTTTTTGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCatt > 4:411403/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGTTCCGCGACCACACAAAATACAAACAACACTTTGAGCTAACCAAATAATATTTTTGTGATATTAAAA‑ATTGC‑AAAacactatt > 5:915260/1‑136 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGAGACCCGAACACAGAAAATCCACACAACAATTTGAGCTAAACAAATTATCTTTAGGGGATATTAAAA‑ATGAC‑AAAaccacgtt > 6:377043/1‑134 (MQ=255)
catACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCttt < 2:72703/138‑1 (MQ=255)
atACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATACGCGACCACCCAAAATCCCCACAACAGTTTGAGCTAACAAAAATCTCTTTAGGTGATAATAAAT‑ATGGC‑AAAACAccaatt > 1:132728/1‑134 (MQ=255)
aCCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGCTCCGCGACCACAGAAAAACCACCCAACAGTTTGAGCTAACCAAATTATCTTTAGGTGATATTAAAA‑ATTGC‑AAAACCCCAATTTACg > 4:1197509/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGGTACGCTACCACAGAAAATACACACAAAACTTTGAGCTAACCAAAATCTGTTTATGTGTTATTAAAT‑ATTGG‑AAAAAACCTTTTTAAGTACg > 3:113104/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGTTACGCTAACACAGAAACTCCACACACCATGTTGAGCTAAACAAATTCTCTTTAGGTTATATTAAAT‑ATGGCAAAAACACGttttaagaccc > 4:782425/1‑133 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGTTACGCTGCCACAGAAAATCCCCCCAACAGTTTGAGGAAAACAAATTATATTTATGTGTTATTTAAT‑ATGGC‑AAAAAACCTTTTTAAGTCCg > 8:163577/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCTACCACAGAAAATCCACCCAACACTTTGAGCTAACCAAAATCACTTTTGGTGATATTAAAT‑ATTGC‑AAAACACCATTTTAAGTccc > 3:655108/1‑139 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCGAACCCAGAAAATCCACACAACAGTTTGATCTAACCAAAATCTATTTATGTGATATTAAAT‑ATTGC‑AAAACCCCATTTTACGTccc > 4:248041/1‑139 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGAAGAGTCGTTGTATGTTCCGCTTCAACCGAAAATACCCACAACAGTTTGAGGTAAACAAATTAGAATTATGGGATATTAAAT‑ATTGC‑AAAAAACCGTTTtacgtacg > 8:1046071/1‑140 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGTAAAAAGAAAATCCACACAACCGTTTTAGCTAACAAAATTCTGGTTAGGTGATATTAAAA‑ATGGC‑TAAACAACTTTTTACGTcag > 2:1076768/1‑136 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGATGATCCGCTACCACAGAAAATACACACAACAGTTTTAGCTAACCAAATTATCTTTATGTGATATTTAAT‑ATTGC‑TAAACACCATTTTAAGTCCg > 1:1025087/1‑138 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCAGCTACCACAGAAAATCCACCCAAAAGTTTGAGCGAACCAAATTCTCGTTATGTGTTATTTAAT‑ATTGC‑AAAACCCCGTTTTAAGTCCg > 2:74696/1‑138 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAg < 2:720105/138‑1 (MQ=255)
cacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGGTCCGCGACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTATCTTTAGGTGATATTTAAT‑ATGGC‑AAAACACCGTTTTACGTCCGAGt > 2:1135803/1‑138 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCATAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 7:1056703/140‑1 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTTGTAGGAGCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 4:733051/140‑1 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 8:1137842/140‑1 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 3:435701/140‑1 (MQ=255)
cTCAGACAGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGGCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGAAATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 3:908255/140‑1 (MQ=255)
aGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCGACCACAGCAAATCCCCACAACAGGTTGAGCGAACCAAATTATCTTTAGTTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACCCCATTTTACGTACGATTCCGtctc > 8:825077/1‑140 (MQ=255)
ccAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACATTTTGAGCTAACCAAAATCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATTGC‑AAAACACCTTTTTAAGTCCGAGTCCGTCTGGGAAgg > 4:494155/1‑140 (MQ=255)
aGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGAAACCCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGATGTAACCAAATTATATTTATGTGATATTAAAT‑ATGGA‑AAAACACCTTTTTAAGTACGAGTACCTCGATGAAgg > 2:1157377/1‑138 (MQ=255)
tgtTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCAt < 4:295992/140‑1 (MQ=255)
aCCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACaa < 8:1077870/140‑1 (MQ=255)
cAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGT‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAAt < 2:598548/138‑1 (MQ=255)
agagTCGTGGTAGTGTGCGCTACCACAGAAAATCAACACAACAGTTAGAGCTAACCCAATTATCGTTTGGTTATAATAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTAAGAACGACTTCCTACATGAACGGCAACCTCACaaaaat > 2:855380/1‑136 (MQ=255)
agagTCGTGGGTGGGTCCGCTAACACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAAACAAATTATGTTTATGTGTTTTTAAAT‑ATTGG‑AAAACACCGTTTTTATTGCGAGTCCGTCTCTGAATGGGATCCTGACAAAAtt > 2:1210462/1‑138 (MQ=255)
cGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAcc < 3:316998/140‑1 (MQ=255)
tGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGA‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCaa < 4:870401/140‑1 (MQ=255)
gATACGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATctct < 8:1122371/140‑1 (MQ=255)
aTCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACTTCCGAGTCCGGCTCTGAAGGTCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATctctt > 8:708782/1‑139 (MQ=255)
aTCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGCCCAAATCTCTg > 4:907539/1‑140 (MQ=255)
aTCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTg > 4:347807/1‑140 (MQ=255)
aTCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCGTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAAGCTCTg > 3:235548/1‑140 (MQ=255)
ccGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGCCCAAATCTCTg > 1:657522/1‑138 (MQ=255)
ccGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTg > 1:454152/1‑138 (MQ=255)
ccGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTGTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAACT‑ATGGC‑AAACCCCCGTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGACGGGCATCCTGACATAATTGCTGACCAAATCTCTg > 2:658247/1‑138 (MQ=255)
cGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTATGTGATATTAAAT‑CTGGC‑AAAACACCTTTTTCCGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg < 7:1035418/140‑1 (MQ=255)
cGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg < 7:189572/140‑1 (MQ=255)
cTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg > 2:478500/1‑138 (MQ=255)
aCCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGcc > 2:121864/1‑138 (MQ=255)
ccACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGtt > 5:399018/1‑140 (MQ=255)
acaGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATT‑CTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTa > 6:550287/1‑140 (MQ=255)
caGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATACTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCAGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTa > 7:666580/1‑140 (MQ=255)
aaaTCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACATTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGa > 2:1098807/1‑138 (MQ=255)
tCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGa > 3:145165/1‑140 (MQ=255)
cacaACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATc < 1:859435/138‑1 (MQ=255)
cacaACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCt > 6:249591/1‑140 (MQ=255)
cacaACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCt > 5:741820/1‑140 (MQ=255)
cacaACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCt < 7:710923/140‑1 (MQ=255)
caaaacaGTTTGAGATAAAGAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCt < 6:82987/137‑1 (MQ=255)
aGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACa < 3:702813/140‑1 (MQ=255)
tttGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAgg > 4:710986/1‑140 (MQ=255)
tttGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAgg > 3:1145707/1‑140 (MQ=255)
tttGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGGCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAgg > 8:658592/1‑140 (MQ=255)
tGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAATCACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAgg > 2:956488/1‑138 (MQ=255)
tGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAgg > 2:279348/1‑138 (MQ=255)
gCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCg > 6:147553/1‑140 (MQ=255)
gCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCg < 5:546534/140‑1 (MQ=255)
cTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAAAAGGATCCGa > 3:1066353/1‑140 (MQ=255)
aaCCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCATCGAACAGGATCCGaaa > 4:158540/1‑140 (MQ=255)
aCCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAg > 7:304948/1‑140 (MQ=255)
aaTTCTCTTTAGGTTATATTAAAT‑AGTGC‑AAAACAACTTTTTACGTCCGAGTCCGGCTCTGAAGGGAATCCTGAAAAAATTGATGACCAAATCTCTGATGCCTTTTTAGAAGCTATCCTCGAACAGGATACGAAAGCAcg < 8:858129/140‑1 (MQ=255)
ttCTCTTTTGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCAcgcg < 8:899754/140‑1 (MQ=255)
tctTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGt < 1:1088517/138‑1 (MQ=255)
tctTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCAGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGttg < 8:385625/140‑1 (MQ=255)
ctTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCGTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGttgc > 7:690997/1‑140 (MQ=255)
tttAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGttgct > 6:70607/1‑140 (MQ=255)
|
TAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAT‑ATGGC‑AAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGTTGCT > NZ_CP022686/1705894‑1706167
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
