Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F2 I0 R1
|
122 |
5985.5 |
7364544 |
98.3% |
7239346 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→C |
20.4% |
Q797H (CAA→CAC) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | C | 20.4%
| 99.0
/ 3.4
| 117 | Q797H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/41); new base C (4/17); total (48/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTG > NZ_CP022686/4440195‑4440469
|
cTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCAGCAACAACCGGTAGCACAGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGTTTGAACCGACGCCGCAGTATAAGCAGCAGCAATATCaa > 3:452974/1‑140 (MQ=18)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 2:483998/140‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCGGCCGCAAGATCACCAGCCGca > 2:671975/1‑140 (MQ=21)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACACGTTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACAGCAGCCGCAGGAGCACCAGCATCAAAAACAgcagcagca > 2:548428/1‑140 (MQ=14)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAgcagca > 1:18807/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGcaac > 3:756092/1‑140 (MQ=255)
gcGCAACTACAGGTAGCACCGGAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACTACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 1:942770/139‑1 (MQ=21)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCAGccaca > 1:806478/1‑140 (MQ=255)
cagCAACAACCGGTAGCAAGGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 7:676790/138‑1 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCCACAGCACcaac > 5:900797/1‑138 (MQ=21)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCATGATCATCAGCAGcaaca > 6:248130/1‑138 (MQ=17)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAAcc < 2:188354/140‑1 (MQ=255)
aacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCAGGTTGCCCCGCAGCCGCAGAATCCTCAGCCGCAAAATCCGCAGCCGCAACAACCgg > 6:617851/1‑138 (MQ=18)
acCGCTAGCTCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGGAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTg < 4:178468/140‑1 (MQ=255)
ccGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATAAGCAGCAGCCGCAACAACCGGATGc > 2:749045/1‑140 (MQ=21)
gTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAAAACCCggaagcccc > 3:864884/1‑133 (MQ=21)
aGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCACCAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACAGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCCGCAGCCGCAACAACCGGTTCCACCgc > 7:498507/1‑140 (MQ=21)
aGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCATTATCAGAAGCCGCAACATCCGGTTGGAcctc > 3:815484/1‑138 (MQ=21)
gCACCGCAGGAGCAATCTCAGCAGCCGCATCAACCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCTGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 1:308634/140‑1 (MQ=25)
aCCGGAGCAGAAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCATGATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCATCAGCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc < 2:67349/140‑1 (MQ=21)
aCCGCAGGAGCATTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc < 8:365873/140‑1 (MQ=255)
gcagcagcaATCGCAGCCGCCGGAACAACCTGAAGCACCGCAGCCGCATGATCAGCAGCCGCAACCACCCGAGGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagc < 4:526099/140‑1 (MQ=21)
gcagcagcaATATCTCTAGGCGGAAGAACAGGTAGCACCTCAGCAGCATTATCAGCAGGCTCAACTTCCGGTTGCACCTCAGCCGCATTCTCATCAGCCTAAATATCATCATCCTCAACAACCGGTTGCACCgcagcagc < 2:607816/140‑1 (MQ=16)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagca > 3:576851/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCCCAGCCGCAGTATACGCTGCCGCAATATCAACAGCCGCCTCAACCCGTTGCACCgcagcagcc > 7:679513/1‑139 (MQ=21)
agcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGATGCCCCgcagctgc > 6:562049/1‑138 (MQ=18)
atatCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 5:890768/138‑1 (MQ=255)
tctgtagcagcAAGATCCGGAAGAACCGCAGCCGCATGATCAGCAGCATCAACTTCCGGTTGAACCGCTGCAGCAGTCTCAGCAGCCTCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCagcagc < 4:838088/135‑1 (MQ=16)
tgcagcagcaAGAACCGGTAGCACCGCCGCCGCAGGCTCAGCAGGAGCATCTACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCagcagc < 6:547191/137‑1 (MQ=25)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCATACTCAGCAGCCacaa > 3:319410/1‑140 (MQ=21)
ccGCTACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCTTCAGCCGCAACAACCGTTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 3:485032/140‑1 (MQ=255)
ccGCATCCACAGGTAGCACCGCAGCCGCATGCTCATCAGGCTCATCATACTTCTGCACCTCATCCGCAGGCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 7:644707/140‑1 (MQ=16)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCCTCCGCAGTAGCAGCAGCCGCATCAACCGGAGGCACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 4:631633/140‑1 (MQ=25)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCAAAATCACCCGCCGCAACAACCGGATGCCCCGCAGCAGAAATATCAGCAGCCccaa > 5:429976/1‑138 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 3:615563/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCACCAACCGGTTGCACCCCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCCTCAGCCGCCACATCCCGATGCACCGCAGCAGCATAATCAGCGGCcacatcc > 2:136979/1‑137 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 2:338715/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 3:928230/140‑1 (MQ=255)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCg > 3:731536/1‑140 (MQ=255)
acaacCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCAc > 8:640690/1‑107 (MQ=255)
tAGCAACGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAACTACCTCTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcag < 8:696474/140‑1 (MQ=25)
aatcACCGCATACGCAGTATCAGCAGCCTGAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcag < 1:860958/137‑1 (MQ=37)
acgtccgctgccgtagTATCATCAGCCGCAATATCCGCTTGCACCGCATCCTCAGTCTCAGGTTACGCAATATCTACAGCCGCAACAACCGGTTGGACCGCAGCATCAATATCAGCTTCCACAACAGCCGGTTACAgagc < 2:270588/136‑1 (MQ=255)
aGCACCGCAGAAGCATTATCAGCAGCCGGAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGAAGGAGCAGCATCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagc < 4:811279/140‑1 (MQ=37)
aCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 1:575084/140‑1 (MQ=255)
aCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGCTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 7:535265/140‑1 (MQ=255)
aCCGCAGCCGCAGGATGAGCAGCCGCATCAACCGGAGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagca < 6:772706/138‑1 (MQ=37)
ccgcagccgcagGATCAGCAGCCGCAACAACCTCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 5:170100/138‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagGATCAGCAGCAGCATGATCCGGTAGCAACGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 2:733095/140‑1 (MQ=37)
ccgcagccgaagTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCTGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 6:21674/138‑1 (MQ=255)
ctgatccgcagTATCTGCTGGCTGAACATCCGGTTGCTCCGCTGCCTCAGTCTCAGCAGCCGGAATATCACCAGCCGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGGCGGTTACACAGCAGCCg < 8:534456/135‑1 (MQ=18)
ctcctccgcagTATCAGCAGCAGCAAGAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCAATATCATCAGCAGCAACAACCTGTTGAACCGCTGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 3:823631/135‑1 (MQ=255)
cgcatccgcatGCTCAGCAGCAGCAACAACCGCACGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 4:795323/140‑1 (MQ=25)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 6:254637/138‑1 (MQ=255)
cagccgcagTAGCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa < 4:922200/140‑1 (MQ=255)
agccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGc > 6:411888/1‑138 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCCCCGCAGCAGCAAGATCAGCCGCCACAACAGCCGGTTAGACCGCAGCCGCa > 6:435010/1‑138 (MQ=25)
gtcgcagcagCCGCAACTACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGGAGCATTATCAACAGCCTCAACAACCGTTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATcagc < 4:225016/136‑1 (MQ=25)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACATCCGGTTGACCCGCAGCAGCAAGATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGccc > 3:910120/1‑139 (MQ=37)
cagcCGCATCAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCa < 3:227257/140‑1 (MQ=255)
gcagCAACAACCGGTTGCACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCGAAAACCGGTTGAACCGCCGCAGAATTATCAGCAGCACCAACAGCCGGATACCCAGCAGCCGCACTCTCACCAGCCGcccc > 8:245764/4‑137 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGATACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 4:42191/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCACTATCAGCAGCCGCAAc > 7:701859/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAAAAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGAAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAc > 4:818664/1‑140 (MQ=255)
ccGCATCCACCGCTTGCACCGCAGCCGCCGTCTCTTGAGGAGCAATATCCACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 2:460763/140‑1 (MQ=18)
ccGCATCAACCGGAAGCACCGCATCAGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCCTCAGCCTCATCTACCGGTTGCACCTCAGCAGCAAGTTCAGCAGCCACAACATCCGCTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCaa < 6:20382/138‑1 (MQ=18)
ccGCAACCACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGCTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCaa < 5:731204/138‑1 (MQ=18)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGGACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAAc > 6:240146/1‑138 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCTATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATAAGCAGCCACAACAGGCGGTAACTCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCTACAg > 3:183701/1‑140 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCCACCACCGGTGCCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCCCCAGCCGGTTACGCAGCAGCCGCAGTCTCGGCCGCCGCACCAg > 8:573826/1‑140 (MQ=18)
gCAACAAACCGTTGCACCGCTGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCTCAACAACCTGATGCACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCACAATAGCCGGTTACACTGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 3:380477/140‑1 (MQ=21)
caacCGGATGCACCGCAGCCGAAGGATCTGCAGCAGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGt < 1:875184/140‑1 (MQ=18)
caacCGCTTGCACCGCAGCCGCACTATCAGCACCCCCAATATCACCAGCCGCAACACGCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGt < 2:501661/140‑1 (MQ=21)
atGCTCCGAAGCCGCAGTCTCTGCAGCCGCAATATCATCAGCCTCTACATCCGCTGGCACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCTCACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca < 2:918092/139‑1 (MQ=18)
cACCGCAGCCGCATGATATTCTGCCTCAATATCAACATCCTCAACAACCGGATGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 8:427836/140‑1 (MQ=18)
cccgccgccgcagGATCAGCAGCCGCAAGATCAACAGCAGCAACAACCGGATGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACCGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcaca < 6:794752/137‑1 (MQ=21)
ccgcatccgcagTCTCTGCATCCGCAACATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 2:409413/140‑1 (MQ=18)
ccgcagccgcagTAGCAGCAGGATCAAGCTCAACAGCCGCCACATCCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 2:711136/140‑1 (MQ=18)
ccgcagccgcagGAGCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCAACGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 2:782326/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcacTCTCTGCAGCAGCATGATCACCAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 4:572280/140‑1 (MQ=18)
ccgcagccgaagCCTCAGCAGCCGCATTATCACCAGCAGCACCAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 4:916069/140‑1 (MQ=21)
cgcagccgcagTATCGGCAGCCGCAATATCAACAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCAAAGCCg > 1:297765/1‑140 (MQ=255)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 8:188266/140‑1 (MQ=255)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCCGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCGCCGGTTGTACCACAGCCg > 1:486656/1‑140 (MQ=255)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGc < 6:854647/138‑1 (MQ=255)
gcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATCAGCCGGTTGTACCACcgccgc > 2:259884/1‑140 (MQ=255)
tacgaagTCTCATCAGGAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 1:233830/135‑1 (MQ=18)
tCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCt < 5:264828/138‑1 (MQ=255)
agcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCtt > 3:561880/1‑140 (MQ=255)
cagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTcc > 4:81621/1‑139 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGAACCACAGCCGCAGGATCCCCTGCTTCATc > 4:605618/1‑140 (MQ=255)
ctcAATATCATCAGCCGCAACAACAGGTTGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 8:535980/138‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 3:622519/140‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 8:415261/102‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc > 7:415261/1‑102 (MQ=255)
cAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 5:501821/1‑138 (MQ=255)
atatCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt > 8:260907/1‑140 (MQ=255)
ttCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt < 5:248130/137‑1 (MQ=255)
ttCAACAGCCGCAACAACCTGTTGCAACGCATGAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCAGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 1:318426/139‑1 (MQ=255)
atCAACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACATCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 4:910120/140‑1 (MQ=255)
|
CTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTG > NZ_CP022686/4440195‑4440469
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
